简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-19 22:15:40

xiaobai1 发表于 2022-5-19 19:43
我对下面两个结构进行了优化，在gaussian里用chk文件在相同bar值下初步画了下两个物质的ESP图，用multiwfn ...

gview的图都看不清楚结构，按下文绘制，并且把最大点位置和数值标注出来
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

F吸电子，说明被吸走电子的原子原子电荷更大，显然相应原子局部区域静电势会更正。
而且F的局部分子表面上未必有极大点（F很难形成sigma-hole），关注这根本也没有实际意义

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-19 22:44:17

Altair 发表于 2022-5-19 15:45
请问一下各位老师，我想用概念密度泛函理论下的全局指数比较两个都处于三重态分子的全局指数，如果用UKS方 ...

-1 2、1 2

xiaobai1 · 发表于 Post on 2022-5-20 14:14:36

sobereva 发表于 2022-5-19 22:15
gview的图都看不清楚结构，按下文绘制，并且把最大点位置和数值标注出来
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静 ...

谢谢sob老师，昨天那个我表述有问题，今天我把ESP图和ESP最大值都标出来了，极大值点有点多我就没放，最右边的是12个F的，我主要是想看3和12的区别，因为F吸电子，我想F越多的话吸电子能力越强，应该越正才对，但是12个F的ESP值却是最小的，所以就没头绪了

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-21 04:38:39

xiaobai1 发表于 2022-5-20 14:14
谢谢sob老师，昨天那个我表述有问题，今天我把ESP图和ESP最大值都标出来了，极大值点有点多我就没放，最 ...

F的多少和中间那个区域静电势的大小没太直接的联系。虽然F吸电子能力很强，但效果顶多也就影响几个键，影响不到中间那地方去。分子表面静电势受构象影响很大，只有这几个体系都用差不多的构象，才能把F的影响和构象的影响区分开。
对比引入F对电子结构的影响时尽量用类似你最右图那种构象，免得那个链和静电势很正的区域埃得太近产生干扰。

xiaobai1 · 发表于 Post on 2022-5-21 09:43:04

sobereva 发表于 2022-5-21 04:38
F的多少和中间那个区域静电势的大小没太直接的联系。虽然F吸电子能力很强，但效果顶多也就影响几个键，影 ...

明白了，谢谢sob老师

xiaobai1 · 发表于 Post on 2022-5-21 10:46:20

sobereva 发表于 2022-5-21 04:38
F的多少和中间那个区域静电势的大小没太直接的联系。虽然F吸电子能力很强，但效果顶多也就影响几个键，影 ...

sob老师，还有个问题请教一下，我这些构象都是在chem3D里预优化后导出到gaussian中进行结构优化后得到的，我的ESP图也都是用这些优化后的结构做的，有时候优化后的结构构象差异就蛮大的了，您说的把构象尽量弄一致，我可不可以在最右的基础上进行原子的删减，然后提交任务的时候不进行opt直接根据导出的chk文件进行静电势分布的分析呢

taotaoguo · 发表于 Post on 2022-5-21 21:40:05

请问应该如何处理这个问题呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-21 22:33:33

文件路径没写对

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-21 22:34:51

xiaobai1 发表于 2022-5-21 10:46
sob老师，还有个问题请教一下，我这些构象都是在chem3D里预优化后导出到gaussian中进行结构优化后得到的 ...

最好做优化，在那些可视化程序里修改元素后，键长肯定不是非常合理的，电子结构也和实际可能有不可忽视的出入。
我让你做限制性优化就是为了避免骨架整体结构变化

chands · 发表于 Post on 2022-6-17 16:33:49

本帖最后由 chands 于 2022-6-17 16:39 编辑

计算福井函数时是否要用带弥散的基组
社长，计算福井函数的两种方法（1）有限差分法，例如f- = ρ(N) - ρ(N-1)；（2）轨道权重福井函数。

我翻了Multiwfn的手册，对方法（1）你举了苯酚的例子，对(N)，(N+1)和(N-1)都在B3LYP/6-31G(d)级别下计算，对方法（2）Multiwfn手册明确指出
Only closed-shell single-determinant wavefunction is acceptable. Diffuse functions should not be used if you intend to calculate fw+，fw0 and ∆fw, since they utilize virtural orbitals, whose chemical meaning may be severely broken when diffuse functions are employed

我的理解是对方法（1）,(N)、(N+1)和(N-1)的级别要一致，否则会多一重误差。那么问题来了，对(N）是阴离子的情况，如PhO-，无论方法（1）还是（2），优化也要在不带弥散函数的级别下进行吗，或者先用带弥散函数的级别优化，然后换了不带弥散函数的级别算(N)，(N+1)和(N-1)的波函数？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-17 17:52:23

chands 发表于 2022-6-17 16:33
计算福井函数时是否要用带弥散的基组
社长，计算福井函数的两种方法（1）有限差分法，例如f- = ρ(N) - ρ ...

优化时候都可以带弥散函数。产生波函数的级别不需要必须和优化一致

chands · 发表于 Post on 2022-6-17 17:55:07

sobereva 发表于 2022-6-17 17:52
优化时候都可以带弥散函数。产生波函数的级别不需要必须和优化一致

谢谢！

忘不掉的回忆 · 发表于 Post on 2022-6-23 10:11:48

请问老师，我基于这篇文章（http://sobereva.com/442）做能量分解分析，用的B3LYP-D3(BJ)/6-311G**产生的波函数文件可以吗？
谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-23 17:52:06

忘不掉的回忆发表于 2022-6-23 10:11
请问老师，我基于这篇文章（http://sobereva.com/442）做能量分解分析，用的B3LYP-D3(BJ)/6-311G**产生的波 ...

此文的方法只有计算原子电荷的时候涉及波函数文件，对于这一步，你的级别可以

忘不掉的回忆 · 发表于 Post on 2022-6-24 11:30:23

sobereva 发表于 2022-6-23 17:52
此文的方法只有计算原子电荷的时候涉及波函数文件，对于这一步，你的级别可以

谢谢老师，谢谢老师

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