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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2023-3-3 16:28:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-1 15:46
slight electrostatic 的形容有点夸张
诸如covalent character plays a key role比较得当

老师好,对于配位键Cu-O, ▽2ρ>0导致不能判断共价键,是不是可以给出H<0和ρ>0的数据并讨论就行?在AIM理论中▽2ρ的讨论是不是必须的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-8 22:26:05 | 只看该作者 Only view this author
先挣一个亿 发表于 2023-3-3 13:21
各位老师好,请教一下我在计算CDFT常见量时有的数据得不到是怎么回事啊?读取的BDF的molden文件

根本不能用molden文件,里面都没有体系能量信息
能用什么Multiwfn在屏幕上都提示了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-8 22:27:44 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-3-3 16:28
老师好,对于配位键Cu-O, ▽2ρ>0导致不能判断共价键,是不是可以给出H0的数据并讨论就行?在AIM理论中▽ ...

电子密度必然大于0,没什么可说的

H<0可以拿来说事

▽2ρ不能单独拿来说事
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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发表于 Post on 2023-3-9 09:40:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 orangesea 于 2023-3-9 09:46 编辑

老师您好,想问一下我的体系在B3LYP-D3/6-31G**  (涉及氢转移反应)加IEFPCM隐式溶剂模型优化,单点在B3LYP-D3/6-311+G**下加SMD模型计算,现在想对优化的结构作波函数分析,计算福井函数信息。
Q1 在老师《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》一文中:
3 与弱相互作用无关的情况加不加DFT-D3?
因为D3校正仅仅是基于几何结构计算校正能,与电子态无关,而且只改变能量而不影响体系的波函数,因此对这些问题,加不加D3结果都一样:计算某个结构下的gap、轨道、偶极矩、极化率、NMR、原子电荷、键级、静电势分布等等。

是否理解为用于产生波函数信息的单点文件加不加D3不影响波函数分析?

Q2 在老师《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》一文中:
隐式溶剂模型还会影响体系电子结构,所以gap、偶极矩、键级、原子电荷等等性质也一律受到影响。

是否理解为用于产生波函数信息的单点文件加不加入隐式溶剂模型会对波函数分析产生影响?

Q3 老师您提到波函数分析不需要大基组,那我仍在B3LYP-D3/6-31G**下结合SMD隐式溶剂模型计算单点,产生的波函数信息用来分析合适吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-9 10:51:35 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2023-3-9 09:40
老师您好,想问一下我的体系在B3LYP-D3/6-31G**  (涉及氢转移反应)加IEFPCM隐式溶剂模型优化,单点在B3LY ...

1 是

2 是

3 看具体什么波函数分析。ADCH电荷、LBO键级、Mayer键级等都够了,算静电势、电子密度等直接基于实空间函数的分析基组更大点有益,诸如def2-TZVP
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发表于 Post on 2023-3-9 14:35:35 | 只看该作者 Only view this author
可以请sob老师在Multiwfn绘制红外等光谱的功能里加入一些更精细但又很常用的绘图选项吗?比如算出来的吸收强度和实验没有可比性,显示其数值也没什么意义,这时如果能不显示y轴刻度(刻度线和标签)就会使图像更简洁,再比如可以依个人喜好调整刻度线的朝向(对应Origin里的in, out, none)等。

这个请求可能确实类似于“养了一头牛却想从它的身上长出羊肉来”,但从批量产生光谱的角度考虑Multiwfn似乎又是没有掌握Python, Matlab等工具的新手的唯一解,还是希望sob老师能在条件允许时考虑一下。
「狩りってのは先に焦せった方の負けだ、ハンターも獲物もな」

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-9 15:30:12 | 只看该作者 Only view this author
LittlePupil 发表于 2023-3-9 14:35
可以请sob老师在Multiwfn绘制红外等光谱的功能里加入一些更精细但又很常用的绘图选项吗?比如算出来的吸收 ...

自己ps就完了
刻度朝里朝外这种事无所谓

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发表于 Post on 2023-3-15 20:25:03 | 只看该作者 Only view this author

如何计算轨道贡献

各位老师好:审稿人提了这个问题:The authormentioned "8 valence electrons that come from joint contributions of Cuand Zn atoms" in section 3.1. The author should give Cu and Zn atomscontribute several valence electrons and the percentage of orbital contributionin detail, respectively。请问用什么软件,如何计算呢?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 20:29:22 | 只看该作者 Only view this author
my_aman 发表于 2023-3-15 20:25
各位老师好:审稿人提了这个问题:The authormentioned "8 valence electrons that come from joint contri ...

谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
贴信息的时候把空格带上
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发表于 Post on 2023-3-16 13:45:35 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,在《使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)》一文(514)中:
如果想像上图一样把色彩刻度轴画出来,按照《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)》(http://sobereva.com/443)里面介绍的做法就可以实现。如果你想查询分子表面ALIE极值点具体的值,也效仿此文里面说的做法。

在绘制ESP图像(文443)时,极值点能量的单位在surfanalysis.pdb注释为kcal/mol,而绘制ALIE图像(514时,产生的surfanalysis.pdb中没有注释极值点能量单位,请问是否为eV?

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发表于 Post on 2023-3-16 16:28:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2023-3-16 16:30 编辑
sobereva 发表于 2023-3-8 22:27
电子密度必然大于0,没什么可说的

H

老师好,我从▽2ρ>0,ρ>0从而判断是电荷转移键, 我把ELF等值面图(等值面为0.9 a.u)和临界点CPs.pdb结合起来作图,显示在临界点没有电子凝聚,但氧原子的电子明显向Cu偏移,导致▽2ρ>0,这样说明是否可行,用拉普拉斯等值面图还是ELF等值面图比较好?

1678955405675.jpg (293.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

1678955405675.jpg

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发表于 Post on 2023-3-16 17:07:37 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我算了氟化碳笼中不加,加入一个过剩电子的回转半径,发现只差0.01,请问中性体系下(没有加入过剩电子)计算出的回转半径有意义吗,是否可以用来分析?
2,当氟化碳笼加入一个小分子和一个过剩电子时,是否可以通过总电子密度(电荷为-1)减 含有过剩电子的氟化碳笼的电子密度(电荷为-1) 减 小分子的电子密度来做电子密度差图?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 03:12:51 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2023-3-16 17:07
各位老师好,我算了氟化碳笼中不加,加入一个过剩电子的回转半径,发现只差0.01,请问中性体系下(没有加入 ...

对于电子数很多的体系,相差一个电子对回转半径影响很小。还不如用Multiwfn绘制笼中央的电子密度径向分布函数来对比(两种情况的曲线图绘制在一起),能较为清楚体现过剩电子带来的差异

可以是可以,参考态的选取是人为的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 03:15:46 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2023-3-16 13:45
老师您好,在《使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)》一文(514) ...

单位是a.u.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 03:18:26 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-3-16 16:28
老师好,我从▽2ρ>0,ρ>0从而判断是电荷转移键, 我把ELF等值面图(等值面为0.9 a.u)和临界点CPs.pdb结 ...

这种体系明显不可能有电荷转移键(charge-shift bond),这和极性键完全是两码事
讨论电荷转移键之前先阅读相关文章
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