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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-13 18:05:04 | 只看该作者 Only view this author
wudiazhu 发表于 2023-10-13 17:08
各位老师,我看了sob老师http://sobereva.com/176关于芳香性的介绍,仍有一些不太理解的地方,在这里请教一 ...

1 离域性和强度对于芳香性来讲并不是彼此完全独立的。根据Huckel理论,4n+2,如果是n=1,芳香性强总得接近6个pi电子。不过如果说n=2,那确实远比n=1电子密度大,而芳香性没必然性明显区别。

2 你想了解的大抵是Craig芳香性的情况



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发表于 Post on 2023-10-14 13:00:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-13 18:05
1 离域性和强度对于芳香性来讲并不是彼此完全独立的。根据Huckel理论,4n+2,如果是n=1,芳香性强总得接 ...

谢谢sob老师,我去学习一下

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发表于 Post on 2023-10-21 00:11:55 | 只看该作者 Only view this author
分子表面静电势极大点值为负值是不是可以不用考虑,绘图时只只需给出极值为正值的极大点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-21 03:01:39 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2023-10-21 00:11
分子表面静电势极大点值为负值是不是可以不用考虑,绘图时只只需给出极值为正值的极大点?

通常是
Multiwfn的examples\drawESP目录下有个ESPext_noinsig.txt,里面传给Multiwfn的命令就是专门用来自动删除数值为负的极大点和数值为正的极小点用的,这些可以称为insignificant的表面极值点。
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发表于 Post on 2023-10-29 16:13:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2023-10-29 16:19 编辑
sobereva 发表于 2023-10-21 03:01
通常是
Multiwfn的examples\drawESP目录下有个ESPext_noinsig.txt,里面传给Multiwfn的命令就是专门用来 ...

sob老师好,我在使用Multiwfn按照http://sobereva.com/224的教程绘制拉曼光谱时,显示的拉曼散射强度偏小,但是偶尔又能显示正确的强度,例如下两图,我想要用选项19转换出532nm/203.15K下的拉曼强度,并输入了对应计算级别下的频率校正因子,然而多次尝试均显示为图1的结果,散射强度很小,但是之后一次偶然,我绘制出了散射强度与实验比较接近的图2,之后却再也画不出与实验接近的图2了,以下是我的输出文件,请问可能是什么原因导致的呢?

1.png (73.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

1.png

2.png (80.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

2.png

optfreq.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-30 01:37:59 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-10-29 16:13
sob老师好,我在使用Multiwfn按照http://sobereva.com/224的教程绘制拉曼光谱时,显示的拉曼散射强度偏小 ...

问题不明确。图1本来就未必是错的

把Multiwfn里输入的所有命令完整说清楚
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发表于 Post on 2023-11-2 10:59:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2023-11-2 11:18 编辑
sobereva 发表于 2023-10-30 01:37
问题不明确。图1本来就未必是错的

把Multiwfn里输入的所有命令完整说清楚

我在载入ORCA的out文件之后
(1)在Multiwfn中依次输入11、2、0,显示为图①
(2)在选项14中将频率校正因子调整为0.975
(3)在选项19中将波长和温度调为532nm和203.15K
(4)在选项7中将曲线比例调为100
(5)在适当修改横纵坐标的范围之后,用选项23区分了面内振动和面外振动以及几个特征峰的位置,得到了图②
但是图②的拉曼散射强度值仅有十几,和实验的差别很大,但是之后有一次,我用Multiwfn刚一打开out文件时,拉曼图像的强度就比图①大很多,并且之后仅通过上述的(2)(3)(5)操作,就绘制出了图③,请问具体应该如何绘制出类似于图③的样式呢?(PS:红外图像也有这样的情况)以下是我的ORCA的optfreq输入和输出文件,谢谢sob老师。

①.png (36.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 58)

①.png

②.jpg (73.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

②.jpg

③.jpg (81.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

③.jpg

optfreq.inp

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optfreq.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-2 16:07:12 | 只看该作者 Only view this author
第4步本来就是多余的
理论得到拉曼谱只需要关注不同的峰相对高低,不要管绝对数值
如果你所谓的图3的样式是指有下面的spike的那种,做法在此文都明确写了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224
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发表于 Post on 2023-11-7 14:19:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2023-11-8 14:10 编辑
我本是个娃娃 发表于 2018-6-5 15:23
建议改成“简单波函数分析问题答疑转帖”,可以有效地涵盖一些小众向问题

老师您好,我最近分析一个分子的ESP(图1)和ALIE(图2),计算在pbe1/def2-svp/smd,请问N原子的ESP图为何没有极值点?该如何分析亲电反应?

图1.png (472.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 60)

图1.png

图2.png (476.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 62)

图2.png

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发表于 Post on 2023-11-29 22:38:40 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,下面的转动熵的计算公式中的非线性分子的转动惯量IA、IB、IC,与Multiwfn-100-21-all输出转动惯量的The moments of inertia relative to XYZ axes下面的3个值好像不是对应的?请问如何得到转动熵的计算公式中的非线性分子的转动惯量IA、IB、IC?

转动熵.jpg (34.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

转动熵.jpg

moments of inertia.jpg (26.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

moments of inertia.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-30 10:40:46 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-11-7 14:19
老师您好,我最近分析一个分子的ESP(图1)和ALIE(图2),计算在pbe1/def2-svp/smd,请问N原子的ESP图为 ...

没有叫PBE1的泛函

受周围原子影响所致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-30 10:42:31 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2023-11-29 22:38
请问老师,下面的转动熵的计算公式中的非线性分子的转动惯量IA、IB、IC,与Multiwfn-100-21-all输出转动惯 ...

式子里ABC指的是三个主轴,不是XYZ。Shermo程序手册附录有完整、具体的公式
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发表于 Post on 2023-11-30 12:15:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-30 10:42
式子里ABC指的是三个主轴,不是XYZ。Shermo程序手册附录有完整、具体的公式

谢谢老师!请问老师公式中的非线性分子的转动惯量IA、IB、IC是不是分别对应于Shermo程序输出的
Principal moments of inertia (amu*Bohr^2):
6.337337 46.220300 52.557637
这行的3个数值?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-30 12:28:26 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2023-11-30 12:15
谢谢老师!请问老师公式中的非线性分子的转动惯量IA、IB、IC是不是分别对应于Shermo程序输出的
Principa ...

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发表于 Post on 2023-11-30 13:12:22 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师!!!请问老师
Shermo程序输出的
Principal moments of inertia (amu*Bohr^2):
6.337337 46.220300 52.557637
这3个数与Gaussian 16输出的
Principal axes and moments of inertia in atomic units:
                           1         2         3
     Eigenvalues --   这行的三个数应该是对应相同的吧?谢谢老师!!!

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