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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-29 19:23:35 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2023-7-29 18:41
感谢老师的解答,我在重复第一个例子HOH-NH3时在final部分遇到报错,不知是哪里存在问题?(由于当前所用 ...

涉及到远程提交的事我不很清楚,尽量在本机运行。
肯定是你的脚本没改对,在当前目录下找不到promol.chk,也没有什么其它可能原因。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-7-30 19:47:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-27 23:26
直接用就完了,Multiwfn算多中心键级完全可以用于这种体系

谢谢卢老师
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发表于 Post on 2023-8-8 09:39:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-29 19:23
涉及到远程提交的事我不很清楚,尽量在本机运行。
肯定是你的脚本没改对,在当前目录下找不到promol.chk ...

老师好,现在已在一台26核服务器上进行,部分70多个原子的体系正常运行没有问题,但是体系达到160个原子以上时在进行promol部分时出现错误,显示No data on chk file.,步骤分解发现是在进行unfchk promol.fch时显示Out-of-memory error in routine UFChkP (IEnd=     171273344 MxCore=     104857600),Segmentation fault (core dumped),想问老师除了改用更大的服务器计算还有什么别的办法吗?  由于体系较大非常耗时,想问老师是否可以在别的服务器进行unfchk得到promol.chk后继续接下来的过程,而不是重新开始

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-8 21:14:18 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2023-8-8 09:39
老师好,现在已在一台26核服务器上进行,部分70多个原子的体系正常运行没有问题,但是体系达到160个原子 ...

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

看里面关于GAUSS_MEMDEF的说明。设置这个,使得unfchk比默认可以用更多内存。
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发表于 Post on 2023-8-16 17:41:30 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,请教下老师我想对体系中这样的3硝基部分(硝仿基团)的稳定性进行分析使用Multiwfn的哪些功能比较合适?之前考虑过3个硝基在一起电子存在离域性,有位老师建议我用DOS来分析,想请教下卢老师在Multiwfn中如何用DOS分析这样的离域性?谢谢老师。

202308161739097688..png (33.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-18 06:38:05 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2023-8-16 17:41
卢老师好,请教下老师我想对体系中这样的3硝基部分(硝仿基团)的稳定性进行分析使用Multiwfn的哪些功能比较 ...

说稳定性的时候必须说清楚什么稳定性,论坛里有过很多次讨论,首页全文搜索框搜,必须得结合机理讨论。而且还得明确谁跟谁比来体现稳定或不稳定。

这三个硝基之间不会有明显的电子离域。DOS用处也不大
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发表于 Post on 2023-8-18 10:12:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-18 06:38
说稳定性的时候必须说清楚什么稳定性,论坛里有过很多次讨论,首页全文搜索框搜,必须得结合机理讨论。而 ...

谢谢卢老师
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发表于 Post on 2023-8-19 15:49:56 | 只看该作者 Only view this author
请教下卢老师在 Multiwfn中cif文件输入后用 红框标记的 晶胞参数 是否 对应 文献中的 a b c β。 谢谢卢老师。Multiwfn放入的cif文件不是文献中的。

202308191547185862..png (34.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-19 19:01:31 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2023-8-19 15:49
请教下卢老师在 Multiwfn中cif文件输入后用 红框标记的 晶胞参数 是否 对应 文献中的 a b c β。 谢谢卢老 ...

前三个,肯定是a、b、c,但不一定是文献里用的顺序
Beta对应那个
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发表于 Post on 2023-8-20 14:35:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-19 19:01
前三个,肯定是a、b、c,但不一定是文献里用的顺序
Beta对应那个

谢谢卢老师
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发表于 Post on 2023-8-20 14:37:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Gzh_NJ 于 2023-8-20 14:39 编辑

卢老师,请教下您文献中这里晶体 的堆积系数 packing coefficient 是否可以通过Multiwfn来计算?

202308201439065425..png (131.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-21 05:13:27 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2023-8-20 14:37
卢老师,请教下您文献中这里晶体 的堆积系数 packing coefficient 是否可以通过Multiwfn来计算?

我不清楚这个系数怎么定义的,没法确切地回答你
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发表于 Post on 2023-8-23 10:17:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-21 05:13
我不清楚这个系数怎么定义的,没法确切地回答你

谢谢卢老师,我再多阅读文献和资料。
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发表于 Post on 2023-8-31 19:24:09 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,请教下老师绘制ESP图时极值点悬空(如图所示)该如何处理?感谢老师。

202308311923118919..png (77.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-1 00:26:28 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2023-8-31 19:24
卢老师好,请教下老师绘制ESP图时极值点悬空(如图所示)该如何处理?感谢老师。

8成是你的VMD目录下有之前残留的其它体系的文件所致
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