简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

Gzh_NJ

sobereva 发表于 2023-9-1 00:26
8成是你的VMD目录下有之前残留的其它体系的文件所致

谢谢卢老师，问题已解决，是您说的原因

Gzh_NJ

卢老师好，请教下老师如何通过Multiwfn改变绘制的等值面的颜色？我是通过这个博文(http://sobereva.com/483)进行绘制的等值面，谢谢老师。

sobereva

Gzh_NJ 发表于 2023-9-6 10:06
卢老师好，请教下老师如何通过Multiwfn改变绘制的等值面的颜色？我是通过这个博文(http://sobereva.com/483 ...

图形窗口顶端有设置等值面颜色的选项，挨个看一遍就能找到

LittlePupil

请问sob老师，Multiwfn绘制构象平均光谱时是否有办法输出构象平均后的离散竖线？目前一个课题需要对不同频率范围应用不同的FWHM, 希望能导出构象平均后的离散竖线到Origin里进行进一步处理。

P.S.:其实可以分段导出构象平均的吸收曲线数据后到Origin里合并作图，脑抽了

Gzh_NJ

sobereva 发表于 2023-9-6 23:43
图形窗口顶端有设置等值面颜色的选项，挨个看一遍就能找到

谢谢卢老师，在Multiwfn中已找到，请教下老师在VMD中有改变等值面颜色的方法吗?谢谢老师

sobereva

Gzh_NJ 发表于 2023-9-7 19:07
谢谢卢老师，在Multiwfn中已找到，请教下老师在VMD中有改变等值面颜色的方法吗?谢谢老师

graphics - representation里改coloring method，选color ID，选要用的颜色

Gzh_NJ

sobereva 发表于 2023-9-7 20:38
graphics - representation里改coloring method，选color ID，选要用的颜色

非常感谢卢老师，问题已经解决

牧生

该问题在群里问过，但现在又有个新问题。

跑了一段水的模拟轨迹，然后直接用vmd取了液态水中的两个水分子出来，没有进一步优化，想看一下当前瞬时情况下的水分子间的作用。
该二聚体的pdb的内容如下，用VMD、gv和Multiwfn打开都正常，图形看起来都很正常。
ATOM      1  OW  SOL A   1      48.650  10.280  14.060  0.00  0.00           O
ATOM      2  HW1 SOL A   1      48.160  11.040  13.760  0.00  0.00           H
ATOM      3  HW2 SOL A   1      49.080  10.570  14.870  0.00  0.00           H
ATOM      4  OW  SOL A   1      47.840  12.710  13.450  0.00  0.00           O
ATOM      5  HW1 SOL A   1      47.700  13.090  14.310  0.00  0.00           H
ATOM      6  HW2 SOL A   1      46.960  12.540  13.110  0.00  0.00           H
END

用Multiwfn生成输入文件，得到以下的输入文件1.inp。


memory 4 GB

molecule dimer {
0 1
O     48.65000000   10.28000000   14.06000000
H     48.16000000   11.04000000   13.76000000
H     49.08000000   10.57000000   14.87000000
--
0 1
O     47.84000000   12.71000000   13.45000000
H     47.70000000   13.09000000   14.31000000
H     46.96000000   12.54000000   13.11000000
}

set {
    scf_type DF
    freeze_core True
    basis aug-cc-pVTZ
}

energy('sapt2+(3)dmp2')

用psi4做计算一切都正常，得到结合能是正值，表明虽然VMD看到有氢键，但该瞬间水分子间应该是斥力作用。

新问题在此：
但是用Multiwfn载入这个1.inp，或者载入1.out，输入0，想看一下结构，却提示
Error: Data needed by this function is not presented! Check your input file!
Press ENTER button to continue

sobereva

牧生 发表于 2023-9-27 10:27
该问题在群里问过，但现在又有个新问题。

跑了一段水的模拟轨迹，然后直接用vmd取了液态水中的两个水分 ...

Multiwfn不支持从PSI4的输入文件和输出文件里读取结构信息

lurensan

各位老师好，请问阴离子的ESP图全是蓝色吗？还是通过更改范围调整成红-白-蓝的。阴离子的ESP图有什么指导意义

sobereva

lurensan 发表于 2023-9-28 12:28
各位老师好，请问阴离子的ESP图全是蓝色吗？还是通过更改范围调整成红-白-蓝的。阴离子的ESP图有什么指导意 ...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
里面明确说了对于离子体系必须自己改色彩刻度范围
显然关注的是不同位置的相对正负，跟是否是离子没关系

jackffff

sob老师好，最近使用multiwfn绘制分子轨道曲线图，有两个小问题想请教sob老师：
1.使用GAMESS生成gms文件，是不是只能使用C1对称性？
2.对于同一基组同一核间距的情况下，使用wfn和gms文件所得到的HF轨道图或者自然轨道图是不是一致？只是wfn文件记录了原始基函数的信息，并且对于HF只能记录占据轨道。
谢谢sob老师

sobereva

jackffff 发表于 2023-10-11 11:27
sob老师好，最近使用multiwfn绘制分子轨道曲线图，有两个小问题想请教sob老师：
1.使用GAMESS生成gms文件 ...

Multiwfn手册里明确说了If the point group is not C1, Multiwfn will be unable to deal with the output file.

只要记录的轨道是同一个东西，用wfn还是gms形式记录都一样。只不过wfn记录的是原GTF的展开系数，gms记录的是基函数的展开系数以及基函数的定义。此外，wfn只记录占据轨道信息。

jackffff

sobereva 发表于 2023-10-11 12:20
Multiwfn手册里明确说了If the point group is not C1, Multiwfn will be unable to deal with the out ...

好的，感谢sob老师

wudiazhu

各位老师，我看了sob老师http://sobereva.com/176关于芳香性的介绍，仍有一些不太理解的地方，在这里请教一下：
1. 请问芳香性越强是指电子的离域能力越强，还是指构成离域电子的电子密度越大？还是两者对芳香性都有贡献？
2. 共轭效应能影响芳香性吗？例如过渡金属与苯环的d-p共轭。若能，从离域角度，苯环电子能离域到更多的轨道上（金属的d轨道），芳香性增强；从电子密度角度，过渡金属通常为得电子的一方，苯环电子密度减小，芳香性减小。这该如何解释？

先谢谢各位老师了！