简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-27 23:26:19

Gzh_NJ 发表于 2023-7-27 21:03
卢老师好，请教下老师多中心键级如何应用于非平面的带取代基的苯环上研究芳香性，谢谢卢老师。

直接用就完了，Multiwfn算多中心键级完全可以用于这种体系

15670538028 · 发表于 Post on 2023-7-29 18:41:04

sobereva 发表于 2023-7-27 18:01
用sobEDA
ChemRxiv (2023) DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-n79rz

感谢老师的解答，我在重复第一个例子HOH-NH3时在final部分遇到报错，不知是哪里存在问题？（由于当前所用资源为集群，根据自己的理解略微调整了一些对应内容，前面部分顺利结束，在final部分运行完Gaussian后的输出文件final.log显示" Old file "promol.chk" could not be opened",如图，但是promol部分正常结束,且promol.chk存在于当前文件夹，unfchk promol.fch时正常无报错，以下是final.log与修改后的部分sobEDA.sh

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-29 19:23:35

15670538028 发表于 2023-7-29 18:41
感谢老师的解答，我在重复第一个例子HOH-NH3时在final部分遇到报错，不知是哪里存在问题？（由于当前所用 ...

涉及到远程提交的事我不很清楚，尽量在本机运行。
肯定是你的脚本没改对，在当前目录下找不到promol.chk，也没有什么其它可能原因。

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-7-30 19:47:59

sobereva 发表于 2023-7-27 23:26
直接用就完了，Multiwfn算多中心键级完全可以用于这种体系

谢谢卢老师

15670538028 · 发表于 Post on 2023-8-8 09:39:10

sobereva 发表于 2023-7-29 19:23
涉及到远程提交的事我不很清楚，尽量在本机运行。
肯定是你的脚本没改对，在当前目录下找不到promol.chk ...

老师好，现在已在一台26核服务器上进行，部分70多个原子的体系正常运行没有问题，但是体系达到160个原子以上时在进行promol部分时出现错误，显示No data on chk file.，步骤分解发现是在进行unfchk promol.fch时显示Out-of-memory error in routine UFChkP (IEnd= 171273344 MxCore= 104857600)，Segmentation fault (core dumped)，想问老师除了改用更大的服务器计算还有什么别的办法吗？由于体系较大非常耗时，想问老师是否可以在别的服务器进行unfchk得到promol.chk后继续接下来的过程，而不是重新开始

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-8 21:14:18

15670538028 发表于 2023-8-8 09:39
老师好，现在已在一台26核服务器上进行，部分70多个原子的体系正常运行没有问题，但是体系达到160个原子 ...

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

看里面关于GAUSS_MEMDEF的说明。设置这个，使得unfchk比默认可以用更多内存。

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-8-16 17:41:30

卢老师好，请教下老师我想对体系中这样的3硝基部分(硝仿基团）的稳定性进行分析使用Multiwfn的哪些功能比较合适？之前考虑过3个硝基在一起电子存在离域性，有位老师建议我用DOS来分析，想请教下卢老师在Multiwfn中如何用DOS分析这样的离域性?谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-18 06:38:05

Gzh_NJ 发表于 2023-8-16 17:41
卢老师好，请教下老师我想对体系中这样的3硝基部分(硝仿基团）的稳定性进行分析使用Multiwfn的哪些功能比较 ...

说稳定性的时候必须说清楚什么稳定性，论坛里有过很多次讨论，首页全文搜索框搜，必须得结合机理讨论。而且还得明确谁跟谁比来体现稳定或不稳定。

这三个硝基之间不会有明显的电子离域。DOS用处也不大

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-8-18 10:12:15

sobereva 发表于 2023-8-18 06:38
说稳定性的时候必须说清楚什么稳定性，论坛里有过很多次讨论，首页全文搜索框搜，必须得结合机理讨论。而 ...

谢谢卢老师

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-8-19 15:49:56

请教下卢老师在 Multiwfn中cif文件输入后用红框标记的晶胞参数是否对应文献中的 a b c β。谢谢卢老师。Multiwfn放入的cif文件不是文献中的。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-19 19:01:31

Gzh_NJ 发表于 2023-8-19 15:49
请教下卢老师在 Multiwfn中cif文件输入后用红框标记的晶胞参数是否对应文献中的 a b c β。谢谢卢老 ...

前三个，肯定是a、b、c，但不一定是文献里用的顺序
Beta对应那个

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-8-20 14:35:24

sobereva 发表于 2023-8-19 19:01
前三个，肯定是a、b、c，但不一定是文献里用的顺序
Beta对应那个

谢谢卢老师

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-8-20 14:37:46

本帖最后由 Gzh_NJ 于 2023-8-20 14:39 编辑

卢老师，请教下您文献中这里晶体的堆积系数 packing coefficient 是否可以通过Multiwfn来计算？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-21 05:13:27

Gzh_NJ 发表于 2023-8-20 14:37
卢老师，请教下您文献中这里晶体的堆积系数 packing coefficient 是否可以通过Multiwfn来计算？

我不清楚这个系数怎么定义的，没法确切地回答你

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-8-23 10:17:55

sobereva 发表于 2023-8-21 05:13
我不清楚这个系数怎么定义的，没法确切地回答你

谢谢卢老师，我再多阅读文献和资料。

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