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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

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发表于 Post on 2016-1-26 10:54:22 | 只看该作者 Only view this author
这软件真好,赞!

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发表于 Post on 2016-6-21 20:12:27 | 只看该作者 Only view this author
多谢分享

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发表于 Post on 2016-7-5 16:55:34 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问这个软件可以给出一种离子液体的团簇初始构型吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-6 03:22:17 | 只看该作者 Only view this author
清岚 发表于 2016-7-5 16:55
sob老师,请问这个软件可以给出一种离子液体的团簇初始构型吗?

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-7-6 09:18:17 | 只看该作者 Only view this author
嗯嗯    多谢老师,那这个软件对生成的构型数目有没有限制,如果这个只要一种初始构型,那是不是就不太准确了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-6 09:41:24 | 只看该作者 Only view this author
清岚 发表于 2016-7-6 09:18
嗯嗯    多谢老师,那这个软件对生成的构型数目有没有限制,如果这个只要一种初始构型,那是不是就不太准确 ...


没有限制。
什么叫一种初始构型?如果只得到一个构型,程序显然没法正好给你最合适的。
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发表于 Post on 2016-7-6 09:52:11 | 只看该作者 Only view this author
那我要是做六分子的离子液体团簇,设定多少数目的初始构型合适,一般该怎么判断我要多少种初始构型?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-6 10:01:08 | 只看该作者 Only view this author
清岚 发表于 2016-7-6 09:52
那我要是做六分子的离子液体团簇,设定多少数目的初始构型合适,一般该怎么判断我要多少种初始构型?

体系越大,分子数越多,想找到能量最低结构的几率越大,能承受的计算量越大,就设越大。完全取决于实际情况
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发表于 Post on 2016-7-6 10:47:06 | 只看该作者 Only view this author
嗯  谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2016-7-12 20:14:28 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问如果购买了molclus程序,有相关方面的培训吗?还是只需要看《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577)以及《genmer:生成团簇初始构型的超便捷工具》(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369)这两个帖子就可以了?另外里面的genmer软件是免费使用的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-12 20:34:52 | 只看该作者 Only view this author
清岚 发表于 2016-7-12 20:14
老师,请问如果购买了molclus程序,有相关方面的培训吗?还是只需要看《使用molclus程序做团簇构型搜索和分 ...

使用很简单,不需要什么专门的培训,仔细看并领会molclus那个帖子,genmer那个,还有gentor那个
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
就够了

免费版molclus程序包里的gentor和genmer都是完整的,没有原子数限制。
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发表于 Post on 2016-7-12 20:41:39 | 只看该作者 Only view this author
恩恩    好的   谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2016-7-13 21:36:47 | 只看该作者 Only view this author
老师,我现在用文中的H2O做例子,想按照您写的做一遍,第一步用genmer生成了traj.xyz文件,然后将其粘到molclus目录下,设置参数文件如图, 然后启动molclus程序,发现启动不了。另外还有一个问题,就是我下载的免费版的windows版的,如果用linux版的是不是要把此程序装到服务器上,但是我不懂调用Gaussian是什么意思,因为我看下载的linux版的解压到服务器中并没有molclus.exe等程序?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-13 22:01:19 | 只看该作者 Only view this author
清岚 发表于 2016-7-13 21:36
老师,我现在用文中的H2O做例子,想按照您写的做一遍,第一步用genmer生成了traj.xyz文件,然后将其粘到mol ...

要在原始的settings.ini基础上改,不要写新的settings.ini。否则要读的参数读不到就会出错推出。
linux版molclus可执行文件就是molclus。Windows下可执行文件才总有.exe后缀。
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发表于 Post on 2016-7-14 09:06:19 | 只看该作者 Only view this author
噢噢  谢谢老师    我再试一下

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