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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-6 00:13:12 | 只看该作者 Only view this author
杨bb 发表于 2023-8-5 23:36
各位老师帮我看看,为啥我的这个文件无法运行,直接就报错了,代码如下

DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2023-8-11 09:57:55 | 只看该作者 Only view this author

参照文献的方法计算过渡态,总是报错

各位老师好,参照文献的方法计算过渡态,总是报错(l301),不知道是哪边书写出现错误?
文献:(泛函:B3LYP    基组:6-31G(d) ,金属原子用SDD赝势基组)

我写的:


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发表于 Post on 2023-8-11 10:01:56 | 只看该作者 Only view this author
删掉/6-31G(d);添加关键词5D(没错,就是短至2个字母的关键词)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-11 10:09:31 | 只看该作者 Only view this author
都用了genecp了,#里还写基组名做什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-8-11 10:16:17 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2023-8-11 10:01
删掉/6-31G(d);添加关键词5D(没错,就是短至2个字母的关键词)

谢谢老师

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发表于 Post on 2023-8-11 10:16:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-11 10:09
都用了genecp了,#里还写基组名做什么

谢谢老师

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发表于 Post on 2023-8-11 10:17:46 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2023-8-11 10:01
删掉/6-31G(d);添加关键词5D(没错,就是短至2个字母的关键词)

老师,5D这个关键词有什么做用吗?搞不懂文献为什么要加这个关键词

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发表于 Post on 2023-8-11 11:06:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-8-11 11:07 编辑
z0gh 发表于 2023-8-11 10:17
老师,5D这个关键词有什么做用吗?搞不懂文献为什么要加这个关键词

高斯默认设置:
(1)当输入文件#这一行中基组写6-31G(d)时,你可以在输出文件里看到(6D,7F)。
(2)当输入文件#这一行中赝势基组写SDD时,你可以在输出文件里看到(6D,10F)。
(3)当输入文件#这一行中写gen或genecp,即使用自定义或混合基组/赝势时,你可以在输出文件里看到(5D,7F)。

这种默认设置对于用户计算化学反应是危险的。假设我计算一个Fe+有机物->过渡态,恰好我又用了6-31G(d)和SDD,三个输入文件会触发三种设置,有机物触发(1),Fe原子触发(2),过渡态触发(3),导致三个能量不可以比较,有些用户没意识到这个问题,因为所有的计算可能都是正常结束、没报错。所以需要统一加上5D 7F关键词,保证各个文件使用同样类型的基函数进行计算,才能比较能量。原作者说只加5D,这有时候是不够的。
(当然,也可以统一加上6D 10F,不过这属于吃饱了没事做)

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发表于 Post on 2023-8-11 14:30:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 MercuryLamp 于 2023-8-12 10:33 编辑

我想对对过渡态的键长进行约束再用xtb跑动力学产生一些初始构象,但看了xtb的手册,只看到约束两个原子间距离(一个键的键长)的示例
  1. $constrain
  2.    distance: 1, 2, 1.4
  3.    angle: 5, 7, 8, auto
  4.    dihedral: 3, 4, 1, 7, 180
  5. $end
复制代码

现在我想同时约束两个键的键长,不知应该如何写这个输入文件,还请各位老师指点,十分感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-12 02:58:43 | 只看该作者 Only view this author
MercuryLamp 发表于 2023-8-11 14:30
老师们好,我在计算一个较大分子(94个原子)与另一个小分子(29个原子)的过渡态时,得到的活化自由能是一 ...

这种一大堆文字又附带额外文件的问题应当单独发帖,并选择xtb分类,这样才能引起更多人注意
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发表于 Post on 2023-8-12 10:30:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-12 02:58
这种一大堆文字又附带额外文件的问题应当单独发帖,并选择xtb分类,这样才能引起更多人注意

好的,不好意思老师,已重新发帖

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发表于 Post on 2023-8-12 10:41:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,CYLview可以显示NCI分析的图吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-12 23:35:25 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2023-8-12 10:41
sob老师您好,CYLview可以显示NCI分析的图吗?

我从来不用CYLView干这种事,没理由不用VMD结合Multiwfn绘制这种图
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发表于 Post on 2023-8-14 09:19:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-12 23:35
我从来不用CYLView干这种事,没理由不用VMD结合Multiwfn绘制这种图

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-8-14 09:29:27 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,一个金属配合物加热可以从基态跳到激发态吗?

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