计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2086#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-28 19:58:12 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-8-28 19:26
谢谢社长,我没有了解过从头算动力学。有些粗陋的问题想请教一下,①如果做AIMD模拟,直接将您博文里的反 ...



那叫热浴,不叫常温热浴,或者说恒温热浴也行,常温是指298.15K。温度足够高的情况下,诸如好几千K,跑的时间够长就会观看到裂解或异构化的发生
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

17

帖子

0

威望

374

eV
积分
391

Level 3 能力者

2087#
发表于 Post on 2023-8-28 22:24:47 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我目前计算的体系里包含下面一个质子转移过程:


反应在水中进行,由于计算资源限制,无法用显示溶剂模型进行计算,采用cpcm方法计算得到的能垒上者要低于下者。
不知道这个计算结果在定性分析中是否有一定的意义?或者说,即使不考虑氢键等强相互作用,可否认为仅考虑溶剂分子的极化,上者的反应也是更容易发生的?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2088#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-29 01:32:27 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2023-8-28 22:24
各位老师好,我目前计算的体系里包含下面一个质子转移过程:

这个示意图太抽象,没确切体现出负电荷位点产生什么影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

17

帖子

0

威望

374

eV
积分
391

Level 3 能力者

2089#
发表于 Post on 2023-8-29 08:55:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-29 01:32
这个示意图太抽象,没确切体现出负电荷位点产生什么影响



老师您好,我们计算的体系中的一例如图,碱是简单烯醇的C原子。

结构中SO3-和吡啶质子在同侧但距离较远(>5Å)
目前只对过渡态和产物进行了简单的AIM和NBO分析,没有发现SO3-和质子以及产物的相互强相互作用,
因此想咨询溶剂化模型是否会对该反应有定性影响?

84

帖子

11

威望

4708

eV
积分
5012

Level 6 (一方通行)

2090#
发表于 Post on 2023-8-29 16:25:28 | 只看该作者 Only view this author
下图是用B3LYP/6-31G*计算级别下后处理分析得到的ADCH电荷,图中蓝色为N原子,红色为O原子,请问图中的结果是合理的吗?为什么N,O显示正电性,应该怎么解释?谢谢各位老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2091#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-29 16:43:18 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2023-8-29 16:25
下图是用B3LYP/6-31G*计算级别下后处理分析得到的ADCH电荷,图中蓝色为N原子,红色为O原子,请问图中的结果 ...

N、O由于电负性大、大多显负电性是对于不涉及pi共轭情况而言的,跟当前情况不同
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

84

帖子

11

威望

4708

eV
积分
5012

Level 6 (一方通行)

2092#
发表于 Post on 2023-8-29 16:47:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-29 16:43
N、O由于电负性大、大多显负电性是对于不涉及pi共轭情况而言的,跟当前情况不同

谢谢老师,那可以理解为N、O的电子被pi电子吸走了一部分吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2093#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-29 16:56:17 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2023-8-29 16:47
谢谢老师,那可以理解为N、O的电子被pi电子吸走了一部分吗?

N、O的pi电子失去一部分
如果考察得更具体,可以用Mulliken布居分析,让Multiwfn把pi和非pi电子数分别给出,下文说了
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

84

帖子

11

威望

4708

eV
积分
5012

Level 6 (一方通行)

2094#
发表于 Post on 2023-8-29 17:03:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-29 16:56
N、O的pi电子失去一部分
如果考察得更具体,可以用Mulliken布居分析,让Multiwfn把pi和非pi电子数分别给 ...

谢谢老师解答

458

帖子

0

威望

1713

eV
积分
2171

Level 5 (御坂)

2095#
发表于 Post on 2023-8-29 17:51:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2023-8-30 09:27 编辑

请问各位老师,在考察S1-Tn的系间穿越过程并绘制下图时所使用的单-三线态能级,应该用每个激发态优化后的结构的垂直发射能,还是用基于S1结构计算出的每个态的能量呢?

21.png (177.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

21.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2096#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-29 23:20:42 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2023-8-29 08:55
老师您好,我们计算的体系中的一例如图,碱是简单烯醇的C原子。

结构中SO3-和吡啶质子在同侧但距 ...

即便在隐式溶剂模型下,SO3-的效果也能体现得出来,毕竟带显著负电荷,产生了明显的局部电场
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

2097#
发表于 Post on 2023-8-30 10:00:40 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,ORCA单点能计算任务结束后误删了.out文件,有什么办法可以在不重算的情况下知道单点能结果吗?谢谢

88

帖子

0

威望

1418

eV
积分
1506

Level 5 (御坂)

2098#
发表于 Post on 2023-8-30 17:55:11 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-8-30 10:00
请教各位老师,ORCA单点能计算任务结束后误删了.out文件,有什么办法可以在不重算的情况下知道单点能结果吗 ...

property.txt里面有
grep "Total Energy" *_property.txt

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
sobereva + 2

查看全部评分 View all ratings

245

帖子

0

威望

780

eV
积分
1025

Level 4 (黑子)

2099#
发表于 Post on 2023-8-30 20:48:17 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-8-29 17:51
请问各位老师,在考察S1-Tn的系间穿越过程并绘制下图时所使用的单-三线态能级,应该用每个激发态优化后的结 ...

基于S1结构的话,好处是和系间窜跃过程、SOC常数直接对应(不出意外应该是基于初态结构计算的)、计算量比较小;基于分别优化后的结构的话,好处是直接对应ΔEST这样的绝热信息。所以我觉得还是看个人需求侧重什么吧,只要写明了是基于哪个结构的就好。

458

帖子

0

威望

1713

eV
积分
2171

Level 5 (御坂)

2100#
发表于 Post on 2023-8-30 21:45:52 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-8-30 20:48
基于S1结构的话,好处是和系间窜跃过程、SOC常数直接对应(不出意外应该是基于初态结构计算的)、计算量 ...

感谢您的解答

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 20:51 , Processed in 0.332407 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list