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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-8-17 18:01:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 MercuryLamp 于 2023-8-17 18:09 编辑
wzkchem5 发表于 2023-8-17 17:46
可以但未必是最好的做法。在ORCA里产生对称破缺初猜可能更快

好的,谢谢老师,请问输入文件是这么写就可以了吗?
  1. ! UKS PWPB95 D3 def2-QZVPP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop
  2. %maxcore 5000
  3. %pal nprocs 24 end
  4. * xyz 0 1
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发表于 Post on 2023-8-17 19:22:57 | 只看该作者 Only view this author
MercuryLamp 发表于 2023-8-17 11:01
好的,谢谢老师,请问输入文件是这么写就可以了吗?

要用brokensym、flipspin等方法产生对称性破缺初猜,或者读一个对称性破缺初猜波函数。其他没问题
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-8-17 19:36:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-8-17 19:22
要用brokensym、flipspin等方法产生对称性破缺初猜,或者读一个对称性破缺初猜波函数。其他没问题

噢噢好的,谢谢老师,我再看看orca的手册

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-18 06:34:19 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2023-8-17 13:44
石墨稀吸附碱金属原子,几何结构优化基组要不要加弥撒函数。
文献中有的加了弥撒函数,有的没有加弥撒函数 ...

如果用到了3-zeta档次如6-311G*,不是必须加
而且本身碱金属原子往石墨烯上转移的额外电子也不是就定域在很小区域,负电荷没那么密集,至少对于几何优化来说3-zeta不带弥散也够了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-8-18 09:28:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-18 06:34
如果用到了3-zeta档次如6-311G*,不是必须加
而且本身碱金属原子往石墨烯上转移的额外电子也不是就定域 ...

谢谢社长,体系比较大130多外原子,想使用6-31G*大小的基组,必须弥撒不?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-18 10:34:24 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2023-8-18 09:28
谢谢社长,体系比较大130多外原子,想使用6-31G*大小的基组,必须弥撒不?

带不带都算得动,带弥散的话耗时可能高两倍甚至更多。如果你能接受,并且避免审稿人comment的可能,那你就带
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发表于 Post on 2023-8-18 22:13:43 | 只看该作者 Only view this author

高斯复合体结构优化 为什么我计算到一半出错呢

如图 这是关键词以及最后失败显示的这个

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发表于 Post on 2023-8-19 00:27:18 | 只看该作者 Only view this author
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html里面能找到你的答案,此外这个基组选择不知道是否合理,因为我不知道你的体系
不羡大神不羡仙,努力学习每一天

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发表于 Post on 2023-8-19 00:31:55 | 只看该作者 Only view this author
l103 报错多半是结构有问题了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-19 05:07:32 | 只看该作者 Only view this author
2120201241 发表于 2023-8-18 22:13
如图 这是关键词以及最后失败显示的这个

参看北京科音基础量子化学培训班的ppt:


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发表于 Post on 2023-8-19 15:06:47 | 只看该作者 Only view this author
xsc6 发表于 2023-8-19 00:27
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html里面能找到你的答案,此外这个基组选择不知道是否合理,因为 ...

这个是重复文献里的计算 文献中用的这个基组

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发表于 Post on 2023-8-19 15:07:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-19 05:07
参看北京科音基础量子化学培训班的ppt:

谢谢老师 我试一下

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发表于 Post on 2023-8-28 16:41:14 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,对于图示分子结构,如何设计后续反应通道使其尽可能裂解为小分子呢?谢谢老师

202308281640366532..png (1.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

202308281640366532..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-28 16:54:40 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-8-28 16:41
请教各位老师,对于图示分子结构,如何设计后续反应通道使其尽可能裂解为小分子呢?谢谢老师

去文献里找烷烃裂解机理的研究文章,参考相关的过渡态

较自动化的方法是做AIMD模拟,如下面的帖子所示。根据实际跑出来的裂解的结构估计有哪些裂解过渡态
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html
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发表于 Post on 2023-8-28 19:26:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-28 16:54
去文献里找烷烃裂解机理的研究文章,参考相关的过渡态

较自动化的方法是做AIMD模拟,如下面的帖子所示 ...

谢谢社长,我没有了解过从头算动力学。有些粗陋的问题想请教一下,①如果做AIMD模拟,直接将您博文里的反应物[Al(H2O)6]3+和NH3替换为我想要研究的分子,去看其在常温热浴中的变化,从而判断反应途径,思路是这样吗?②这个分子是稳定结构,在此常温热浴中一定会发生裂解变化为其他结构吗?谢谢您

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