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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-8-31 10:32:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吴双 于 2023-9-2 14:15 编辑

大家好,我用高斯计算了一个反应,Cr(OH)3 (催化剂模型的简化结构)+ H2O2 = CrO(OH)2 + H2O-OH ΔG= 26.2 kcal/mol。想找一下这一过程的TS。我以产物为初始结构进行了柔性扫描,扫描的键为O-O键逐渐缩短的过程,扫描曲线出现最高点,现在的疑问是,在以柔性扫描曲线最高点结构作为TS初猜的时候,限制的键为哪个呢?(只限制O-O键么)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-31 14:56:05 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2023-8-31 10:32
大家好,我用高斯计算了一个反应,Cr(OH)3 (催化剂模型的简化结构)+ H2O2 = CrO(OH)2 + H2O-OH ΔG= 26.2 ...

不知道你要限制什么,本来就没必要加任何额外限制,带着额外的限制也没法优化到准确的过渡态

甭写多余的CPCM、gfinput
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-8-31 15:54:59 | 只看该作者 Only view this author
请问下各位老师,在做铁催化剂的casscf运算的时候,使用def2svp基组可以正常收敛,但是使用def2tzvp做计算时,能量就一直震荡,这种情况要怎么解决啊

FeHcas1008-tran.log

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发表于 Post on 2023-8-31 16:02:09 | 只看该作者 Only view this author

如何确认过渡态设对了

乙烯和臭氧反应,生成的五元环,在B3LYP 6-31G d 下找其过渡态,虚频震动方向,臭氧不和C=C结合,但最后结果是收敛的

202308311554231333..png (22.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

202308311554231333..png

tsC2H4O3.gjf

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发表于 Post on 2023-8-31 16:28:04 | 只看该作者 Only view this author
跑个IRC看看当前TS对应什么基元步骤;交待一下你想要发生哪个/哪些基元步骤。这样读者才能知道你的预期是什么,算出来是什么,二者哪方面不相符。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-31 16:31:18 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2023-8-31 15:54
请问下各位老师,在做铁催化剂的casscf运算的时候,使用def2svp基组可以正常收敛,但是使用def2tzvp做计算 ...

最终达到收敛限了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-31 16:40:06 | 只看该作者 Only view this author
ZHANGJB 发表于 2023-8-31 16:02
乙烯和臭氧反应,生成的五元环,在B3LYP 6-31G d 下找其过渡态,虚频震动方向,臭氧不和C=C结合,但最后结 ...

跑个IRC便知
提问的功夫IRC都跑完饿了

不要上传chk文件,别人又不知道你用什么版本Gaussian跑的,别人大概率也打不开,白浪费论坛服务器空间
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发表于 Post on 2023-8-31 16:44:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-31 14:56
不知道你要限制什么,本来就没必要加任何额外限制,带着额外的限制也没法优化到准确的过渡态

甭写多余 ...

老师 我用柔性扫描最高点的结构作为初猜,加上关键词opt=(ts, calcfc, noeigentest) 这样寻找过渡态是正确的思路么。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-31 16:46:08 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2023-8-31 16:44
老师 我用柔性扫描最高点的结构作为初猜,加上关键词opt=(ts, calcfc, noeigentest) 这样寻找过渡态是正 ...

通常正确,前提是扫的变量合适,对应反应过程关键性变化的坐标
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发表于 Post on 2023-8-31 16:48:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-31 16:46
通常正确,前提是扫的变量合适,对应反应过程关键性变化的坐标

好哒 谢谢老师

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发表于 Post on 2023-8-31 17:06:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-31 16:31
最终达到收敛限了

谢谢sob老师,能量增加然后打到收敛限也可以吗?中间的能量震荡可以忽略吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-31 17:25:26 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2023-8-31 17:06
谢谢sob老师,能量增加然后打到收敛限也可以吗?中间的能量震荡可以忽略吗?

是的
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发表于 Post on 2023-8-31 19:17:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-31 16:40
跑个IRC便知
提问的功夫IRC都跑完饿了

抱歉老师,我下次注意,没办法删除了

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发表于 Post on 2023-9-1 16:13:10 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我用ORCA 5计算了一个纯有机小分子(46原子)的振动分辨的吸收光谱,其中Herzberg-Teller部分所贡献的强度为负值,想请教一下这是正常的吗?如果是的话应该如何理解贡献为负这样一个结果?
所使用的计算步骤如下:
1. 分子基态的优化及振动分析
! opt freq wB97X-D3 def2-svp def2/J RIJCOSX tightSCF CPCM(THF) noautostart miniprint nopop
2. 分子S1的优化及振动分析
! opt freq wB97X-D3 def2-svp def2/J RIJCOSX tightSCF CPCM(THF) noautostart miniprint nopop
%tddft
nroots 10
TDA false
end
3. 使用ESD模块进行振动分辨的吸收光谱计算
! wB97X-D3 def2-svp def2/J RIJCOSX tightSCF CPCM(THF)  ESD(ABS)
%TDDFT NROOTS 10
END
%ESD
GSHESSIAN "conformer_1_s0.hess"
ESHESSIAN "conformer_1_s1.hess"
DOHT TRUE
STATES 1,2,3
UNIT nm
END
* xyzfile   0   1  conformer_1.xyz
在该步骤的输出文件中K*K为3.198202

202309011559039069..png (46.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202309011559039069..png

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发表于 Post on 2023-9-3 16:46:27 | 只看该作者 Only view this author
haos314 发表于 2023-9-1 09:13
各位老师好,我用ORCA 5计算了一个纯有机小分子(46原子)的振动分辨的吸收光谱,其中Herzberg-Teller部分 ...

HT效应对振子强度的贡献,除了纯粹的HT贡献以外,还有FC-HT交叉项。纯HT项总是正的,但FC-HT交叉项可以是负的。典型例子:假如一个分子的振子强度在平衡位置处最大,那么分子振动就会导致平均振子强度减小。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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