简单量子化学问题答疑专帖

498746012

wzkchem5 发表于 2023-8-14 14:33
任何第一激发能足够低的分子都可以
你就把基态到激发态的过程看作一个反应就行了，不管多么不利的反应在 ...

谢谢老师

498746012

sobereva 发表于 2023-8-15 03:18
可以，这叫热激发

谢谢老师

糖糖糖豆9988

请教各位老师，在反应物—TS1—中间体产物—TS2—产物的过程中，若以反应物作为参照，TS1的H(0)为60.13 kcal/mol，中间体产物的H(0)为60.95 kcal/mol，TS2的H(0)为63.80 kcal/mol，产物的H(0)为18.56 kcal/mol，即中间体产物的H(0)高于TS1，已知所有结构都是在m062x/6-311G**水平优化，单点能在CCSD(T)/cc-pVTZ水平计算。G(T)也出现这种情况，重新检查IRC曲线，发现在m062x/6-311G**水平时TS1能量虽然较高，但和中间体产物的能量差异就已经很小。请问老师，①这种情况是否说明所找的TS1没有意义呢？是TS1找的不准确吗？

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-9-7 07:57
请教各位老师，在反应物—TS1—中间体产物—TS2—产物的过程中，若以反应物作为参照，TS1的H(0)为60.13 kca ...

说明过渡态理论失效，此时可以说中间体到反应物的逆反应极其快，但不能用过渡态理论计算这个逆反应的速率常数

wanchen

请问下各位老师同学，高斯计算的m062x/6-31g(d)  在ORCA  应该怎么写

Lyy1

各位老师们好，高斯计算出的J 自旋-自旋耦合的单位是Hz，文献上的单位是mHz,我想对比一下计算数据，从网上搜出来的单位转换说是百万分之一，这和我的数据差的不是几个数量级的问题，所以请问老师了解它们之间的换算单位是多少吗

sobereva

Lyy1 发表于 2023-9-7 19:04
各位老师们好，高斯计算出的J 自旋-自旋耦合的单位是Hz，文献上的单位是mHz,我想对比一下计算数据，从网上 ...

前缀的m（毫）通常是指千分之一

15266729604

输出文件：
Entering Link 1 = D:\G09W\l1.exe PID=     13844.

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R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.

******************************************
Gaussian 09:  IA32W-G09RevD.01 24-Apr-2013
                07-Sep-2023
******************************************
%chk=C:\Users\win\Desktop\1.chk
------------------------
# b3lyp/6-311g* opt freq
------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=4,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=3/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=4,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=3/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
-------------------
Title Card Required
-------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
C                     0.00757   1.16265  -1.20811
C                    -0.02275  -0.23219  -1.20796
C                    -0.03864  -0.92942   0.
C                    -0.02275  -0.23219   1.20796
C                     0.00757   1.16265   1.20811
C                     0.02268   1.85999   0.
H                     0.01965   1.71217  -2.16048
H                    -0.03543  -0.78165  -2.16042
H                    -0.03543  -0.78165   2.16042
H                     0.01965   1.71217   2.16048
H                     0.04676   2.95933   0.
O                    -0.07055  -2.35906   0.
H                     0.82702  -2.69963   0.


GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
                           ----------------------------
                           !    Initial Parameters    !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,2)                  1.3952         estimate D2E/DX2                !
! R2    R(1,6)                  1.395          estimate D2E/DX2                !
! R3    R(1,7)                  1.0996         estimate D2E/DX2                !
! R4    R(2,3)                  1.3948         estimate D2E/DX2                !
! R5    R(2,8)                  1.0997         estimate D2E/DX2                !
! R6    R(3,4)                  1.3948         estimate D2E/DX2                !
! R7    R(3,12)                 1.43           estimate D2E/DX2                !
! R8    R(4,5)                  1.3952         estimate D2E/DX2                !
! R9    R(4,9)                  1.0997         estimate D2E/DX2                !
! R10   R(5,6)                  1.395          estimate D2E/DX2                !
! R11   R(5,10)                 1.0996         estimate D2E/DX2                !
! R12   R(6,11)                 1.0996         estimate D2E/DX2                !
! R13   R(12,13)                0.96           estimate D2E/DX2                !
! A1    A(2,1,6)              119.9943         estimate D2E/DX2                !
! A2    A(2,1,7)              119.9972         estimate D2E/DX2                !
! A3    A(6,1,7)              120.0085         estimate D2E/DX2                !
! A4    A(1,2,3)              120.0057         estimate D2E/DX2                !
! A5    A(1,2,8)              119.9808         estimate D2E/DX2                !
! A6    A(3,2,8)              120.0134         estimate D2E/DX2                !
! A7    A(2,3,4)              120.0002         estimate D2E/DX2                !
! A8    A(2,3,12)             119.9999         estimate D2E/DX2                !
! A9    A(4,3,12)             119.9999         estimate D2E/DX2                !
! A10   A(3,4,5)              120.0057         estimate D2E/DX2                !
! A11   A(3,4,9)              120.0134         estimate D2E/DX2                !
! A12   A(5,4,9)              119.9808         estimate D2E/DX2                !
! A13   A(4,5,6)              119.9943         estimate D2E/DX2                !
! A14   A(4,5,10)             119.9972         estimate D2E/DX2                !
! A15   A(6,5,10)             120.0085         estimate D2E/DX2                !
! A16   A(1,6,5)              119.9996         estimate D2E/DX2                !
! A17   A(1,6,11)             120.0002         estimate D2E/DX2                !
! A18   A(5,6,11)             120.0002         estimate D2E/DX2                !
! A19   A(3,12,13)            109.5            estimate D2E/DX2                !
! D1    D(6,1,2,3)              0.0323         estimate D2E/DX2                !
! D2    D(6,1,2,8)            179.9532         estimate D2E/DX2                !
! D3    D(7,1,2,3)           -179.9729         estimate D2E/DX2                !
! D4    D(7,1,2,8)             -0.052          estimate D2E/DX2                !
! D5    D(2,1,6,5)              0.0051         estimate D2E/DX2                !
! D6    D(2,1,6,11)           179.9892         estimate D2E/DX2                !
! D7    D(7,1,6,5)           -179.9897         estimate D2E/DX2                !
! D8    D(7,1,6,11)            -0.0055         estimate D2E/DX2                !
! D9    D(1,2,3,4)             -0.0697         estimate D2E/DX2                !
! D10   D(1,2,3,12)           179.9619         estimate D2E/DX2                !
! D11   D(8,2,3,4)           -179.9906         estimate D2E/DX2                !
! D12   D(8,2,3,12)             0.041          estimate D2E/DX2                !
! D13   D(2,3,4,5)              0.0697         estimate D2E/DX2                !
! D14   D(2,3,4,9)            179.9906         estimate D2E/DX2                !
! D15   D(12,3,4,5)          -179.9619         estimate D2E/DX2                !
! D16   D(12,3,4,9)            -0.041          estimate D2E/DX2                !
! D17   D(2,3,12,13)           89.9842         estimate D2E/DX2                !
! D18   D(4,3,12,13)          -89.9842         estimate D2E/DX2                !
! D19   D(3,4,5,6)             -0.0323         estimate D2E/DX2                !
! D20   D(3,4,5,10)           179.9729         estimate D2E/DX2                !
! D21   D(9,4,5,6)           -179.9532         estimate D2E/DX2                !
! D22   D(9,4,5,10)             0.052          estimate D2E/DX2                !
! D23   D(4,5,6,1)             -0.0051         estimate D2E/DX2                !
! D24   D(4,5,6,11)          -179.9892         estimate D2E/DX2                !
! D25   D(10,5,6,1)           179.9897         estimate D2E/DX2                !
! D26   D(10,5,6,11)            0.0055         estimate D2E/DX2                !
--------------------------------------------------------------------------------
Trust Radius=3.00D-01 FncErr=1.00D-07 GrdErr=1.00D-06
Number of steps in this run=     68 maximum allowed number of steps=    100.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

                          Input orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          6           0        0.007572    1.162645   -1.208106
      2          6           0       -0.022750   -0.232185   -1.207963
      3          6           0       -0.038642   -0.929419    0.000000
      4          6           0       -0.022750   -0.232185    1.207963
      5          6           0        0.007572    1.162645    1.208106
      6          6           0        0.022678    1.859988    0.000000
      7          1           0        0.019648    1.712174   -2.160480
      8          1           0       -0.035430   -0.781645   -2.160420
      9          1           0       -0.035430   -0.781645    2.160420
     10          1           0        0.019648    1.712174    2.160480
     11          1           0        0.046756    2.959328    0.000000
     12          8           0       -0.070545   -2.359063    0.000000
     13          1           0        0.827016   -2.699627    0.000000
---------------------------------------------------------------------
                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4          5
     1  C    0.000000
     2  C    1.395160   0.000000
     3  C    2.416275   1.394834   0.000000
     4  C    2.789957   2.415926   1.394834   0.000000
     5  C    2.416212   2.789957   2.416275   1.395160   0.000000
     6  C    1.395004   2.416283   2.790080   2.416283   1.395004
     7  H    1.099610   2.165553   3.413075   3.889567   3.413136
     8  H    2.165414   1.099655   2.165470   3.412927   3.889612
     9  H    3.889612   3.412927   2.165470   1.099655   2.165414
    10  H    3.413136   3.889567   3.413075   2.165553   1.099610
    11  H    2.165439   3.413175   3.889684   3.413175   2.165439
    12  O    3.723983   2.446440   1.430000   2.446440   3.723983
    13  H    4.128941   2.875681   1.970533   2.875681   4.128941
                    6          7          8          9         10
     6  C    0.000000
     7  H    2.165532   0.000000
     8  H    3.413065   2.494427   0.000000
     9  H    3.413065   4.989223   4.320840   0.000000
    10  H    2.165532   4.320959   4.989223   2.494427   0.000000
    11  H    1.099604   2.494755   4.320770   4.320770   2.494755
    12  O    4.220080   4.609856   2.675237   2.675237   4.609856
    13  H    4.630015   4.978303   3.014943   3.014943   4.978303
                   11         12         13
    11  H    0.000000
    12  O    5.319684   0.000000
    13  H    5.712493   0.960000   0.000000
Stoichiometry    C6H6O
Framework group  CS[SG(C2H2O),X(C4H4)]
Deg. of freedom    19
Full point group                 CS      NOp   2
Largest Abelian subgroup         CS      NOp   2
Largest concise Abelian subgroup CS      NOp   2
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          6           0       -0.017698   -1.162591    1.208106
      2          6           0       -0.017698    0.232569    1.207963
      3          6           0       -0.018433    0.929983    0.000000
      4          6           0       -0.017698    0.232569   -1.207963
      5          6           0       -0.017698   -1.162591   -1.208106
      6          6           0       -0.017751   -1.860097    0.000000
      7          1           0       -0.017568   -1.712253    2.160480
      8          1           0       -0.018433    0.782174    2.160420
      9          1           0       -0.018433    0.782174   -2.160420
     10          1           0       -0.017568   -1.712253   -2.160480
     11          1           0       -0.017571   -2.959701    0.000000
     12          8           0       -0.019258    2.359982    0.000000
     13          1           0        0.885493    2.680959    0.000000
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):      5.6371881      2.5434222      1.7622571
Standard basis: 6-311G(d) (5D, 7F)
There are    92 symmetry adapted cartesian basis functions of A'  symmetry.
There are    59 symmetry adapted cartesian basis functions of A"  symmetry.
There are    87 symmetry adapted basis functions of A'  symmetry.
There are    57 symmetry adapted basis functions of A"  symmetry.
   144 basis functions,   254 primitive gaussians,   151 cartesian basis functions
    25 alpha electrons       25 beta electrons
       nuclear repulsion energy       268.8567840465 Hartrees.
NAtoms=   13 NActive=   13 NUniq=    9 SFac= 2.09D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.

15266729604

相同的输入文件在笔记本电脑上一会就跑完了，请问是什么问题呢？

sobereva

wanchen 发表于 2023-9-7 19:02
请问下各位老师同学，高斯计算的m062x/6-31g(d)  在ORCA  应该怎么写

M062X 6-31G(d)
只不过ORCA只能用球谐型基函数，Gaussian对6-31G*默认用笛卡尔型。要和Gaussian对比，Gaussian计算必须带5d关键词。下文也说了
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573（http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html）

sobereva

15266729604 发表于 2023-9-7 22:45
输出文件：
Entering Link 1 = D:\G09W\l1.exe PID=     13844.

Windows版Gaussian和某些CPU的兼容性问题
此文说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-9-7 17:40
说明过渡态理论失效，此时可以说中间体到反应物的逆反应极其快，但不能用过渡态理论计算这个逆反应的速率 ...

老师，那么这个反应的速率常数还有方法计算吗？遇到这个问题应该如何描述这个反应呢？

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-9-8 01:58
老师，那么这个反应的速率常数还有方法计算吗？遇到这个问题应该如何描述这个反应呢？

用AIMD，其中当核量子效应显著时，需要用PIMD等方法

cokie

各位老师好，我的任务是：《想用理论计算得到的ΔEst和SOC来根据公式计算系间穿越速率kisc》
我的SOC是基于S1态计算的，那么我想计算S1-T1之间的Kisc，所用的S1和T1的能量，是不是也应该是基于S1结构得到的呢？（还是说T1的能量应该用基于优化T1的结构来得到）

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-9-8 15:43
用AIMD，其中当核量子效应显著时，需要用PIMD等方法

不好意思王老师，我之前只看过sob老师介绍的使用AIMD探索可能反应路径的博文，也只使用过简单的kisthelp和MESS程序计算k，对AIMD没有涉及过，请问AIMD如何用于反应速率的计算呢，您有推荐的学习资料吗？