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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-9-8 20:20:37 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-9-8 09:20
不好意思王老师,我之前只看过sob老师介绍的使用AIMD探索可能反应路径的博文,也只使用过简单的kisthelp ...

在这个论坛搜一下就找到了,之前有人发过这方面的帖
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-9-11 16:13:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-9-3 16:46
HT效应对振子强度的贡献,除了纯粹的HT贡献以外,还有FC-HT交叉项。纯HT项总是正的,但FC-HT交叉项可以是 ...

多谢老师指点

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发表于 Post on 2023-9-12 12:49:21 | 只看该作者 Only view this author

一个比较大体系的分子优化求的助


请问,对于这个分子体系,几何结构优化使用#P B3LYP/6-31g* opt nosymm gfinput em=gd3bj这种关键词是否合理呢,因为是第一次算这么多原子的结构。还想请问一下后期如果想再算一下拉曼光谱,现在用的泛函和基组或者关键词的其他部分是否合适呢?

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发表于 Post on 2023-9-12 14:29:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2023-9-12 14:31 编辑

这个分子不大啊,用B97-3c,估计两个小时内就能出结果。
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-12 17:15:00 | 只看该作者 Only view this author
没事甭写gfinput,总是有人写这关键词都不知道怎么想的,好好看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

C8长链可以用甲基代替大幅节约时间,此时用当前级别算起来很容易
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2023-9-13 22:03:41 | 只看该作者 Only view this author
想跟各位老师请教一下,用高斯做柔性扫描,整个曲线可以理解成是一个反应过程么,起点是反应物,最高点为过渡态,终点为产物。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-13 22:11:23 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2023-9-13 22:03
想跟各位老师请教一下,用高斯做柔性扫描,整个曲线可以理解成是一个反应过程么,起点是反应物,最高点为过 ...

不能。起码通常来说你无法估计反应物、过渡态、产物在被扫描的坐标上的精确位置,因此注定不可能扫描的点上正好有对应反应物、过渡态、产物的。
顶多说,假设你扫描的坐标选取得很得当,而且扫描范围够完整,那么在扫描曲线上可能有三个点比较像反应物、过渡态、产物,可以作为优化它们的初猜结构
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发表于 Post on 2023-9-14 15:43:04 | 只看该作者 Only view this author

关于Gaussian过渡态IRC过程的问题

各位楼主你们好,
   我想问一下我过渡态优化出来结构是我需要的,跑IRC过渡态和生成物都是正确的;但是在反应物有两个问题,(1)需要成键的两个原子的键长比较长(2)成键的原子角度也有一定问题

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发表于 Post on 2023-9-14 16:10:24 | 只看该作者 Only view this author
请问,我使用Gaussian 16 b3lyp 3-21G (40个核)计算超600个原子的大分子的红外振动光谱 ,耗时接近25天,如果想要算更大的分子或团簇,使用什么软件合适?(Gaussian耗时太长,难以算更大的体系)

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发表于 Post on 2023-9-14 17:17:33 | 只看该作者 Only view this author

def2系列基组的错误使用

使用def2系列的基组计算Au时额外加了定义赝势的关键词genecp,以及在文件尾部空了一行加上
-Au 0
def2TZVP

请问是否对结果会有影响?
感谢解答




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-14 18:26:08 | 只看该作者 Only view this author
XZQ123 发表于 2023-9-14 17:17
使用def2系列的基组计算Au时额外加了定义赝势的关键词genecp,以及在文件尾部空了一行加上
-Au 0
def2TZV ...

上传输入文件,否则没法确定你实际怎么写的,容易答非所问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-14 18:27:08 | 只看该作者 Only view this author
RES 发表于 2023-9-14 16:10
请问,我使用Gaussian 16 b3lyp 3-21G (40个核)计算超600个原子的大分子的红外振动光谱 ,耗时接近25天,如 ...

实在没辙就用xtb在GFN-xTB级别下做,之后用Multiwfn基于其输出文件也可以绘制红外光谱。但是质量比DFT有很大差距
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-14 18:34:38 | 只看该作者 Only view this author
LIUHC 发表于 2023-9-14 15:43
各位楼主你们好,
   我想问一下我过渡态优化出来结构是我需要的,跑IRC过渡态和生成物都是正确的;但是在 ...

问题太抽象,都没给出具体得到的结构图,也没说你期望的是什么结构,又没写清楚计算细节,没法评论
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

光凭这些信息来说,要么计算方式不对,要么对结果预期得不对,要么你预期的反应物和当前基元反应的反应物之间还有其它反应隔着
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发表于 Post on 2023-9-15 11:38:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-14 18:34
问题太抽象,都没给出具体得到的结构图,也没说你期望的是什么结构,又没写清楚计算细节,没法评论
仔细 ...

不好意思sob老师,我的问题是:在计算纳米金刚石分子(表面有氢覆盖)的红外振动光谱,我使用的服务器核数是40. 一开始我使用的是6-31G(d) 计算较小的金刚石结构,计算到较大体积时(碳原子数400个氢原子数200个左右)便换成3-21G但是耗时大概1个月。有前人对比计算纳米金刚石结构的3-21G和6-31G(d)的相差不大。 我如果要算的体系更大,上千个碳原子Gaussian已经满足不了我的需求,想要问问有什么软件更适合算这种大体系的红外振动光谱。

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发表于 Post on 2023-9-15 14:13:17 | 只看该作者 Only view this author
RES 发表于 2023-9-15 04:38
不好意思sob老师,我的问题是:在计算纳米金刚石分子(表面有氢覆盖)的红外振动光谱,我使用的服务器核数 ...

与其用DFT/3-21G,不如用半经验方法,例如xTB。比DFT/3-21G可能能快一百倍,精度可能还比DFT/3-21G高
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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