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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-9-15 15:53:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-14 18:26
上传输入文件,否则没法确定你实际怎么写的,容易答非所问

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H                 -3.18653688    3.37186486    6.70678000
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1 3 1.0 5 1.0 36 1.0 47 1.0
2 5 1.5 19 1.5 20 1.0
3 4 1.0
4 21 1.0 58 1.0 69 1.0
5 6 1.5
6 7 1.0 8 2.0
7
8 9 1.0 10 1.5
9
10 11 1.5 19 1.5
11 12 1.0 13 2.0
12
13 14 1.0 15 1.5
14
15 16 1.0 17 1.5
16
17 18 1.0 19 1.5
18
19
20 21 1.5 35 1.5
21 22 1.5
22 23 1.0 24 2.0
23
24 25 1.0 26 1.5
25
26 27 1.5 35 1.5
27 28 1.0 29 2.0
28
29 30 1.0 31 1.5
30
31 32 1.0 33 2.0
32
33 34 1.0 35 1.5
34
35
36 37 1.5 45 1.5
37 38 1.0 39 1.5
38
39 40 1.0 41 1.5
40
41 42 1.0 43 1.5
42
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44
45 46 1.0
46
47 48 1.5 56 1.5
48 49 1.0 50 1.5
49
50 51 1.0 52 1.5
51
52 53 1.0 54 1.5
53
54 55 1.0 56 1.5
55
56 57 1.0
57
58 59 1.5 67 1.5
59 60 1.0 61 1.5
60
61 62 1.0 63 1.5
62
63 64 1.0 65 1.5
64
65 66 1.0 67 1.5
66
67 68 1.0
68
69 70 1.5 78 1.5
70 71 1.0 72 1.5
71
72 73 1.0 74 1.5
73
74 75 1.0 76 1.5
75
76 77 1.0 78 1.5
77
78 79 1.0
79

-C -P -H -N -Br -O 0
def2SVP
****
-Au 0
def2TZVP
****

-Au 0
def2TZVP


您好,这个是我的完整的输入文件

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发表于 Post on 2023-9-15 20:57:02 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问该如何在可视化分子轨道的时候,作图考虑简并性呢?具体来说,我有一个3Donor unit+3Acceptor unit的分子,计算得到H-2、H-1和HOMO轨道的能量极差0.003eV,LUMO、L+1和L+2轨道的能量极差0.03eV,成分都非常接近(分别偏向某一个Donor unit或某一个Acceptor unit)。我对能量信息要求不高,如果近似认为是简并的话,该如何在一幅图里体现三个轨道叠加起来的、分布在所有donor unit上/acceptor上呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-16 01:37:11 | 只看该作者 Only view this author
XZQ123 发表于 2023-9-15 15:53
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写法没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-16 01:39:10 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-9-15 20:57
各位老师好,请问该如何在可视化分子轨道的时候,作图考虑简并性呢?具体来说,我有一个3Donor unit+3Accep ...

在VMD里同时把你认为简并的轨道同时绘制成等值面
或者如果对轨道相位不感兴趣,只对分布在哪里感兴趣,在Multiwfn的主功能6的子功能26里把其它轨道占据数设0,只把简并的轨道的占据数设1,然后主功能5计算电子密度格点数据并绘制成等值面图,得到的就是那些简并轨道的总的概率密度分布图
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发表于 Post on 2023-9-16 08:18:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-14 18:34
问题太抽象,都没给出具体得到的结构图,也没说你期望的是什么结构,又没写清楚计算细节,没法评论
仔细 ...

好的,谢谢老师

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2151#
发表于 Post on 2023-9-16 13:22:46 | 只看该作者 Only view this author

求助,关于高斯opt+freq正常结束后的 vibrations 分析



如图,出现三个接近0的虚频,能否认为这是合理的、优化到势能面局域极小值的结构?

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发表于 Post on 2023-9-16 13:55:24 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-9-15 14:13
与其用DFT/3-21G,不如用半经验方法,例如xTB。比DFT/3-21G可能能快一百倍,精度可能还比DFT/3-21G高

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-16 16:09:13 | 只看该作者 Only view this author
XIEH 发表于 2023-9-16 13:22
如图,出现三个接近0的虚频,能否认为这是合理的、优化到势能面局域极小值的结构?

不能。虚频必须消掉,看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
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发表于 Post on 2023-9-16 22:50:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liuhe 于 2023-9-16 22:56 编辑

Gaussian下做BOMD
想请教一下大家,
1.在Gaussian下如何做BOMD(文献中),输入文件该如何做,得出out文件怎样来分析?

2.像下图的模拟过程是该怎么做出来?VMD是否可以,求赐教,感谢


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发表于 Post on 2023-9-17 01:31:16 | 只看该作者 Only view this author
liuhe 发表于 2023-9-16 15:50
Gaussian下做BOMD
想请教一下大家,
1.在Gaussian下如何做BOMD(文献中),输入文件该如何做,得出out文件 ...

http://gaussian.com/bomd/的方法写输入文件。但是一般而言BOMD大家更倾向于用ORCA、CP2K做,只不过用ORCA、CP2K的人倾向于把BOMD叫做AIMD,造成BOMD主要是用高斯算的假象
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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2156#
发表于 Post on 2023-9-17 14:14:20 | 只看该作者 Only view this author

做DFT-D3(BJ)校正时遇到问题

学生通过Packmol构建盒子产生的.PDB文件,想做DFT-D3(BJ)校正遇到报错
下面是.out文件的报错信息,学生能理解到的是检查PDB文件,但是学生能力还无法检查到.pdb的错误,请老师指点下问题所在
mix.7z (86.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)


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发表于 Post on 2023-9-17 16:07:31 | 只看该作者 Only view this author
卢老师和各位老师好,请问:1、这种图一般被称为什么图。2、一般是通过什么分析得到的。

KimariYB, Postgraduate, XiaMen University
School of Electronic Science and Engineering (National Model Microelectronics College)
Research interests: theoretical and computational chemistry and machine learning

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发表于 Post on 2023-9-17 23:09:04 | 只看该作者 Only view this author
请教一下各位老师,镧系金属元素可以用什么赝势基组呀,最好是高斯内置的,只是简单做一下优化计算。

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发表于 Post on 2023-9-17 23:11:11 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2023-9-17 16:09
请教一下各位老师,镧系金属元素可以用什么赝势基组呀,最好是高斯内置的,只是简单做一下优化计算。

http://sobereva.com/373
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 08:51:24 | 只看该作者 Only view this author
kimariyb 发表于 2023-9-17 16:07
卢老师和各位老师好,请问:1、这种图一般被称为什么图。2、一般是通过什么分析得到的。

轨道相互作用图
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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