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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 08:52:00 | 只看该作者 Only view this author
liuhe 发表于 2023-9-16 22:50
Gaussian下做BOMD
想请教一下大家,
1.在Gaussian下如何做BOMD(文献中),输入文件该如何做,得出out文件 ...

使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html
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发表于 Post on 2023-9-18 10:22:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-16 16:09
不能。虚频必须消掉,看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://soberev ...

请教社长,请原谅我的无知。


我一开始用的是#p opt freq b3lyp/6-311G** em=gd3bj scrf(solvent=h2o,smd),
出现了上述虚频,然后我就把 scrf(solvent=h2o,smd) 改成了 scrf=IEFPCM ,(其他不变)
结果是重新算的五个结构无一例外都在原来的基础上增加了一个虚频,这是为什么?

最后我用#p opt freq b3lyp/6-311g(d,p),
结果是五个中的三个已经算完了而且都没有虚频,我推测另外两个应该也不会有。
但问题是这样得到的结构可靠吗?
如果取这些结构加上溶剂化效应以及色散校正计算单点能,得到自由能变是否可靠?
体系如下:
                           
                                


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发表于 Post on 2023-9-18 10:27:05 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian过渡态优化

请问我在找到有机反应的过渡态之后,通过IRC将其两端端点进行优化,发现生成物是正确的,但是反应物甲硫醇和水没在反应位点的上方(如文件)、并且键长较长,不是预期的反应物。请问该如何解决呀?

qqq.gjf

2.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

反应物结构

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 10:27:29 | 只看该作者 Only view this author
XIEH 发表于 2023-9-18 10:22
请教社长,请原谅我的无知。

照常消虚频就完了
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 10:33:00 | 只看该作者 Only view this author
LIUHC 发表于 2023-9-18 10:27
请问我在找到有机反应的过渡态之后,通过IRC将其两端端点进行优化,发现生成物是正确的,但是反应物甲硫醇 ...

提问时把信息交代完整
反应具体是什么、哪个键长长都说清楚,IRC、优化任务的文件也不上传,没法说
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

以后发帖前仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html,标题不要再违规


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 11:22:04 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-9-17 14:14
学生通过Packmol构建盒子产生的.PDB文件,想做DFT-D3(BJ)校正遇到报错
下面是.out文件的报错 ...

跟pdb文件毫无直接联系
100%关键词没写对
gjf文件也不提供,没法回答
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发表于 Post on 2023-9-18 14:28:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ngaoo 于 2023-9-18 16:14 编辑
sobereva 发表于 2023-9-18 11:22
跟pdb文件毫无直接联系
100%关键词没写对
gjf文件也不提供,没法回答

老师,这是gjf文件里的内容:


请问老师,我没有写Molecule Specification里面的信息,学生目前只有.pdb文件格式,不知道怎么才能得到Molecule Specification里面的信息,请老师指点一下

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发表于 Post on 2023-9-18 16:48:26 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-9-18 07:28
老师,这是gjf文件里的内容:

只写GD3BJ不能起到只做色散校正的目的。原因:(1)那个关键词叫em=GD3BJ,em=不能省;(2)必须指定泛函才能做色散校正;(3)必须指定基组才能做计算。
建议去高斯官网上看看加色散校正的输入文件怎么写,不要以为不写泛函基组只写GD3BJ就是只算色散校正
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-9-18 18:05:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-9-18 16:48
只写GD3BJ不能起到只做色散校正的目的。原因:(1)那个关键词叫em=GD3BJ,em=不能省;(2)必须指定泛函 ...

老师好,我刚才又重新跑了一遍,出现新的报错,请您看一下
因为不能贴文件所以学生复制出来了
out文件:
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
  1
  '
Last state= "Top"
TCursr=       104 LCursr=         1
gjf文件:
# B3LYP/aug-cc-pVDZ EmpiricalDispersion=GD3BJ opt

mix

0,1
  O(PDBName=O,ResName=UNK,ResNum=10001_A)          25.898000000000      5.780000000000     12.643000000000
  C(PDBName=C,ResName=UNK,ResNum=10001_A)          25.200000000000      6.189000000000     11.555000000000
  C(PDBName=C,ResName=UNK,ResNum=10001_A)          24.226000000000      5.360000000000     11.000000000000
  C(PDBName=C,ResName=UNK,ResNum=10001_A)          25.456000000000      7.438000000000     10.991000000000
辛苦老师帮我看看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 18:44:09 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-9-18 18:05
老师好,我刚才又重新跑了一遍,出现新的报错,请您看一下
因为不能贴文件所以学生复制出来了
out文件 ...

去掉所有的(PDBName...)

gjf文件直接上传,不要贴内容
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发表于 Post on 2023-9-18 19:08:17 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-9-18 11:05
老师好,我刚才又重新跑了一遍,出现新的报错,请您看一下
因为不能贴文件所以学生复制出来了
out文件 ...

电荷和自旋多重度之间没有逗号
报错信息已经写得很清楚了,是某一个你写了1的地方出了错,所以就应该找你的输入文件里所有出现1的地方,一个一个排查问题。以后遇到”QPErr --- A syntax error was detected in the input line.“报错,都先按这个方法检查
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2023-9-18 21:24:02 | 只看该作者 Only view this author

能量最小化时遇到问题?

之前发过的帖子,老师您让我上传gjf文件,回复那个帖子无法上传文件
问题:学生对使用Packmol创建出的.pdb文件进行色散矫正,出现报错:

附件是gjf文件,请老师帮学生再看一下哪里需要改正 gjf文件.7z (77.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
由于上传有限制,学生对gjf进行了压缩处理,请老师指正

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发表于 Post on 2023-9-18 21:29:26 | 只看该作者 Only view this author
跟着文章在做真空情况下,计算分子对间的弱相互作用,用Gaussian做了结构优化,频率计算,能量计算,但原文章的这个公式中的量我与计算的对应不上,我不知道做完频率计算,怎么找△EZPE,能量计算如果计算的是结合能,那相互作用能怎么计算,求解答。
Ebind= Eint +△EZPE + Edef

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发表于 Post on 2023-9-18 23:01:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-9-18 19:08
电荷和自旋多重度之间没有逗号
报错信息已经写得很清楚了,是某一个你写了1的地方出了错,所以就应该找 ...

您的意思是在pdb文件里找出现1的地方吗,学生也找了不知道哪个一可以删

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 23:57:07 | 只看该作者 Only view this author
byss 发表于 2023-9-18 21:29
跟着文章在做真空情况下,计算分子对间的弱相互作用,用Gaussian做了结构优化,频率计算,能量计算,但原文 ...

各种热力学量怎么算,仔细看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
以及看Shermo手册附了解热力学数据计算常识知识

你那个公式相当于用U(0 K)求差
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