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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-9-21 09:09:10 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,请问MPW1B95在高斯关键词中怎么输入

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发表于 Post on 2023-9-21 21:06:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-21 01:26
找过渡态和跑IRC用的基组都不一样,显然不行。好好看下文了解跑IRC常识
在Gaussian中计算IRC的方法和常 ...

好的,谢谢老师的回答。后续如果还有问题还请老师讲一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-22 02:41:43 | 只看该作者 Only view this author
liuhe 发表于 2023-9-21 09:09
各位老师,请问MPW1B95在高斯关键词中怎么输入

https://comp.chem.umn.edu/info/DFT.htm#mpwb1k_and_mpw1b95
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-9-22 10:26:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-22 02:41
https://comp.chem.umn.edu/info/DFT.htm#mpwb1k_and_mpw1b95

谢谢社长!

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发表于 Post on 2023-9-22 21:01:12 | 只看该作者 Only view this author
老师,学生最近想计算一批在不同泛函和基组下涉及C-Cl键断裂的 键解离能,由铁催化的150个原子的体系。
请问,学生直接使用结构优化和频率分析后所读取的焓值(.out文件里的Sum of electronic and thermal Enthalpies,两个断裂片段的焓之和与未断前整体的焓相减)来评估键解离能可以吗?还是需要使用计算出单点能后所读取的电子能量来计算更严格一点?
学生对自己的体系查阅其他计算的文章,发现很多都使用了B3LYP泛函,学生还想再试一下PBE0和M062X以及MN15泛函,老师您看这几种泛函合适吗?
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发表于 Post on 2023-9-22 21:18:22 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2023-9-22 14:01
老师,学生最近想计算一批在不同泛函和基组下涉及C-Cl键断裂的 键解离能,由铁催化的150个原子的体系。
请 ...

需要用更高级别算单点能。此外如果想知道的是键解离的难易,应该看键解离自由能而非键解离能
PBE0可以试一下,此外可以试TPSSh(适当牺牲C-Cl键断裂的精度来满足Fe的精度)。M06-2X不适合过渡金属体系,除非C-Cl键的断裂和Fe关系不大(此时可以牺牲Fe的精度来满足C-Cl键的精度),否则没道理用;MN15用的人不多,不太推荐用。此外单点能可以考虑用DLPNO-NEVPT2算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2023-9-22 22:04:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-9-22 21:18
需要用更高级别算单点能。此外如果想知道的是键解离的难易,应该看键解离自由能而非键解离能
PBE0可以试 ...

感谢老师,我再去查阅一些键解离自由能的文献去。
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发表于 Post on 2023-9-23 02:28:37 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问晶体中分子的荧光发射能是否和算激发态得到的激发能相同?我想在晶体中应该结构不会发生变化。如果不是,应该怎么计算呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-23 05:43:06 | 只看该作者 Only view this author
Priscilla 发表于 2023-9-23 02:28
老师好,请问晶体中分子的荧光发射能是否和算激发态得到的激发能相同?我想在晶体中应该结构不会发生变化。 ...

即便是晶体环境,分子被激发后结构照样会变化,不能忽略这一点
一种做法是用CP2K等程序直接对周期性模型做S1态的TDDFT优化,按常规步骤算荧光
一种做法是用QM/MM或ONIOM(QM:MM),把环境分子当MM部分以背景电荷考虑,也是得先优化S1态,下文我也提到了
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-23 05:46:27 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2023-9-22 21:01
老师,学生最近想计算一批在不同泛函和基组下涉及C-Cl键断裂的 键解离能,由铁催化的150个原子的体系。
请 ...

PBE0算这种键能的精度很平庸,不值得优先考虑。B3LYP也是如此,算BDE完全过时了
如果当前断键的地方跟Fe离得较远,用M06-2X也可以,此时MN15不会比M06-2X更强,没什么考虑的必要。如果是ORCA用户,建议用wB97M-V,几乎一定比M06-2X强
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发表于 Post on 2023-9-23 08:54:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-23 05:46
PBE0算这种键能的精度很平庸,不值得优先考虑。B3LYP也是如此,算BDE完全过时了
如果当前断键的地方跟Fe ...

感谢老师的指点,学生想再算一下Fe-N配位键断裂的键解离能(突然通知再加一些工作量),学生查阅的文献计算细节里看到使用PBE0和TPSSh以及BP86对比计算了不同泛函下的能量差异,您看这几个泛函适合吗?要是不在意计算时间的话,Gaussian用户使用wB97M-V泛函适合吗?
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发表于 Post on 2023-9-23 08:59:00 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,集群上安装的ORCA不能不能跑多核任务,输入命令ompi_info后显示出图片问题,在环境变量里面加上“alias mpirun='mpirun --mca btl vader,self'”也不行,请问怎么解决呢?终端和out文件的报错我也展示出来,麻烦老师们看看,帮助我解决。

202309230855084637..png (16.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

查看mpi版本

查看mpi版本

202309230857545607..png (91.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

终端报错

终端报错

202309230858008113..png (22.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

out文件报错

out文件报错

202309230858192330..png (19.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

ompi_info后显示的问题

ompi_info后显示的问题

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发表于 Post on 2023-9-23 09:37:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-23 05:43
即便是晶体环境,分子被激发后结构照样会变化,不能忽略这一点
一种做法是用CP2K等程序直接对周期性模型 ...

谢谢老师,但是我感觉晶体里的分子往往很难优化,尤其是大分子配合物晶体,它们在晶体里的结构本身就发生了不小的畸变,用opt优化总是陷入收敛不了的境地,不知道如何解决,老师是否有有博文指教呢?

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发表于 Post on 2023-9-23 16:08:43 | 只看该作者 Only view this author
Priscilla 发表于 2023-9-23 02:37
谢谢老师,但是我感觉晶体里的分子往往很难优化,尤其是大分子配合物晶体,它们在晶体里的结构本身就发生 ...

http://sobereva.com/164的方法解决
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-24 03:42:35 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2023-9-23 08:54
感谢老师的指点,学生想再算一下Fe-N配位键断裂的键解离能(突然通知再加一些工作量),学生查阅的文献计算 ...

Gaussian不支持wB97M-V

如果涉及到C-Cl和Fe-N的BDE对比的话,为了权衡考虑,建议Gaussian用户用MN15,ORCA用户用wB97M-V

PBE0、TPSSh、BP86算C-Cl的BDE都不值得推荐
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