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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-19 00:04:46 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-9-18 21:24
之前发过的帖子,老师您让我上传gjf文件,回复那个帖子无法上传文件
问题:学生对使用Packmol创建出的.pdb ...

你这体系多达8700个原子,用Gaussian做DFT优化纯粹是开玩笑,只有分子力场的优化才跑得动

感觉你一点量化计算基本常识、最基本的概念都没有。强烈建议从头好好学学,要不然绝对不可能算出有意义的东西
北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-9-19 00:18:25 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-9-18 16:01
您的意思是在pdb文件里找出现1的地方吗,学生也找了不知道哪个一可以删

我说的是输入文件
我已经帮你找到那个1了,就是我说的第一句话”电荷和自旋多重度之间没有逗号“的自旋多重度
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2023-9-19 10:09:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-18 10:33
提问时把信息交代完整
反应具体是什么、哪个键长长都说清楚,IRC、优化任务的文件也不上传,没法说
在 ...

实在抱歉老师,我重新陈述我的问题。我将初猜的过渡态进行优化,得到的振动模式和虚频都是合理的,进而我去进行irc,将irc两端端点进行结构优化发现生成物也是合理的,但是反应物出现以下问题
1、水分子几乎和酰胺共平面,有和羰基氧形成氢键的趋势;
2、甲硫醇离C原子的距离太远,不利于反应的进行。
我希望反应物结构水分子和甲硫醇在酰胺分子的上方(同一侧),并且S原子和反应位点的C原子的键长合理,我应该如何作出相应的改进?

NN-8.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-20 00:27:36 | 只看该作者 Only view this author
LIUHC 发表于 2023-9-19 10:09
实在抱歉老师,我重新陈述我的问题。我将初猜的过渡态进行优化,得到的振动模式和虚频都是合理的,进而我 ...

涉及到弱相互作用复合物,B3LYP必须带色散校正
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
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发表于 Post on 2023-9-20 16:37:00 | 只看该作者 Only view this author

赝势选择

大家是怎么选择一个新体系的赝势的呢?

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发表于 Post on 2023-9-20 16:49:59 | 只看该作者 Only view this author
《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚》http://sobereva.com/620
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2023-9-20 17:13:32 | 只看该作者 Only view this author
想跟大家请教一个问题,我在做反应机理的时候,遇到了一种情况,催化剂自身发生PT过程放热-18kcal/mol。能垒为18.7kcal/mol。另外一种是催化剂不发生PT过程,直接吸附另外一种反应物放热16.1kcal/mol。想请教一下,在这两种情况下,最优的路线是催化剂自身发生PT过程还是吸附反应物呢.

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发表于 Post on 2023-9-20 18:07:44 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2023-9-20 10:13
想跟大家请教一个问题,我在做反应机理的时候,遇到了一种情况,催化剂自身发生PT过程放热-18kcal/mol。能 ...

把所有反应画在同一张reaction profile图上,然后按http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html的方法判断
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-9-20 19:19:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-20 00:27
涉及到弱相互作用复合物,B3LYP必须带色散校正
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sob ...

感谢老师的回答。
我用EmpiricalDispersion=GD3BJ关键词进行色散矫正,但是用该方法在进行irc时forward和reverse只跑了两步(如下文件),请问老师是我的输入文件有错误么?

NN_3.rar

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发表于 Post on 2023-9-20 22:24:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-18 23:57
各种热力学量怎么算,仔细看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sober ...

感谢sob老师的回答,我的方向对计算化学涉及较弱,我的问题是,不能求出或找到公式中所对应量,尤其是文章所提的Eint(相互作用能)与Ebind(结合能)的区别,我的理解是,我在做优化+频率找到了能量最低的构型,然后做能量计算,通过关键词Fragment,加CP校正做出来的就是Ebind,然后我就不明白文章中的Eint怎么算的,以及零点振动能差和变形能,原文定义部分附上,再次感谢sob老师。

文献截图.jpg (122.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

文献截图.jpg

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发表于 Post on 2023-9-20 23:06:24 | 只看该作者 Only view this author

关于高斯log文件中出现Error: segmentation violation怎么解决

我浏览了《Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项》没有找到对应的解决办法,前来请教,本人计算了一个化合物,log文件显示正常结束。使用formchk口令将chk文件转化时,出现报错如下
segmentation violation
Read checkpoint file 2Ru2PiPMe2.chk
Write formatted file 2Ru2PiPMe2.fchk
Missing data for FChkPn.
Error termination via Lnk1e at Wed Sep 20 23:08:45 2023.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 000000000069af10, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000007206, rsp 00007ffea9fb3338, rbp 00007ffea9fb3390
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000007206, r8  00002b147b2b6740
   r9  0000000000000000, r10 00007ffea9fb30c0, r11 0000000000000202
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000001, r14 0000000000000000
   r15 0000000000000000

文件夹里出现了一个大小为 19bytes 的fchk文件,点开只有一行字显示”No title available“
请问这种情况如何解决?




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-20 23:29:58 | 只看该作者 Only view this author
肖克利 发表于 2023-9-20 23:06
我浏览了《Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项》没有找到对应的解决办法 ...

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

仔细看上文formchk相关使用注意事项。如果还解决不了,把产生此chk文件的gjf上传,并且确信之前任务已经完整跑完了。
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LIUHC 发表于 2023-9-20 19:19
感谢老师的回答。
我用EmpiricalDispersion=GD3BJ关键词进行色散矫正,但是用该方法在进行irc时forward ...

找过渡态和跑IRC用的基组都不一样,显然不行。好好看下文了解跑IRC常识
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
没事甭写多余的IOp

当前又不是优化任务,写莫名其妙的optcyc=90作甚

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-21 01:30:08 | 只看该作者 Only view this author
byss 发表于 2023-9-20 22:24
感谢sob老师的回答,我的方向对计算化学涉及较弱,我的问题是,不能求出或找到公式中所对应量,尤其是文 ...

counterpoise任务直接给你的是相互作用能,不是结合能。自己把变形能纳入进去才是结合能
式2不是一般的结合能的定义,那是结合过程U(0)的变化。平时直接说的结合能在不加限定的情况下,不考虑ZPE
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-21 03:11:00 | 只看该作者 Only view this author
jinboHou 发表于 2023-9-20 16:37
大家是怎么选择一个新体系的赝势的呢?

一般性的选择看下文
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

如果想让别人更有针对性的回复,主动交代细节,看下文
《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚》http://sobereva.com/620
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