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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-9-28 12:31:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-28 11:56
最后一帧已经没过渡态的模样了,都成了氢键复合物了,继续跑下去没戏
先通过柔性扫描等手段弄清楚这个过 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2023-9-29 15:17:23 | 只看该作者 Only view this author
还得请教下sob老师,又做了一个铁配合物的casscf的计算,在def2svp下收敛的很好,但是到了def2tzvp就开始震荡,尝试态平均还是没有收敛,想问下您在这种情况下还有什么方法可以尝试吗?

FeHloca-tzvp.log

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发表于 Post on 2023-9-29 16:13:08 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2023-9-29 08:17
还得请教下sob老师,又做了一个铁配合物的casscf的计算,在def2svp下收敛的很好,但是到了def2tzvp就开始震 ...

用orca等程序收敛以后,用Multiwfn或MOKIT把轨道传回高斯。高斯的CASSCF收敛远没有它的SCF收敛做得好,不收敛不奇怪
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-30 05:48:21 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2023-9-29 15:17
还得请教下sob老师,又做了一个铁配合物的casscf的计算,在def2svp下收敛的很好,但是到了def2tzvp就开始震 ...

def2-TZVP时读def2-SVP的轨道
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-9-30 17:39:28 | 只看该作者 Only view this author

想请教下有机分子在溶剂环境中的溶解自由能计算

老师我想计算的是有机分子在溶剂环境(溶剂环境是两种有机分子构成的)中的溶剂自由能计算。
想问老师在http://sobereva.com/327)这个博文里提到的是环氧乙烷在乙醇中自由能计算。
我的溶剂环境不是乙醇,应该怎么按照博文里提到的去进行操作?请老师指点一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-30 17:50:56 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-9-30 17:39
老师我想计算的是有机分子在溶剂环境(溶剂环境是两种有机分子构成的)中的溶剂自由能计算。
想问老师在( ...

自定义溶剂
怎么定义下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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发表于 Post on 2023-9-30 19:40:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ngaoo 于 2023-10-1 11:03 编辑
谢谢老师

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发表于 Post on 2023-10-1 10:10:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-30 17:50
自定义溶剂
怎么定义下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

sob老师,请问有哪些方法能够适用于溶液环境去计算分子A,B内氢键键能呢[A和B是同分异构体,A内含有一个分子内氢键;而B含有两个分子内氢键]?以及对于A分子中存在H-Ea(氢键键能)能够与其同分异构体B内总氢键键能(H-Eb1+H-Eb2)进行比较么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-1 10:37:27 | 只看该作者 Only view this author
Lym 发表于 2023-10-1 10:10
sob老师,请问有哪些方法能够适用于溶液环境去计算分子A,B内氢键键能呢[A和B是同分异构体,A内含有一个分 ...

计算分子内氢键键能的几种方法
http://sobereva.com/522http://bbs.keinsci.com/thread-15496-1-1.html
很多方法明显可以结合溶剂模型,比如调整构象破坏内氢键

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发表于 Post on 2023-10-2 01:48:44 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我用m062x 6-311+g** em=gd3 smd 进行结构优化和频率计算(体系里有阴离子),使用def2tzvp 进行单点能计算合不合适呢?还是有合适的基组选择。不到50个原子,2696v3的双路机子。

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发表于 Post on 2023-10-2 01:57:50 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-10-1 18:48
各位老师好,我用m062x 6-311+g** em=gd3 smd 进行结构优化和频率计算(体系里有阴离子),使用def2tzvp 进 ...

基组没问题,泛函建议加到双杂化泛函,或改用DLPNO-CCSD(T)更好
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-10-2 02:14:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2023-10-2 02:20 编辑
wzkchem5 发表于 2023-10-2 01:57
基组没问题,泛函建议加到双杂化泛函,或改用DLPNO-CCSD(T)更好

老师您好,使用PWPB95-D3(BJ)或者B2PLYP-D3(BJ) def2tzvp smd模型进行计算怎么样?您有什么双杂化泛函推荐吗

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发表于 Post on 2023-10-2 02:28:18 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-10-1 19:14
老师您好,使用PWPB95-D3(BJ)或者B2PLYP-D3(BJ) def2tzvp smd模型进行计算怎么样?您有什么双杂化泛函推 ...

PWPB95-D3(BJ)一般精度好一点
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发表于 Post on 2023-10-2 02:30:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-10-2 02:28
PWPB95-D3(BJ)一般精度好一点

好的,感谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-2 06:26:47 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-10-2 01:48
各位老师好,我用m062x 6-311+g** em=gd3 smd 进行结构优化和频率计算(体系里有阴离子),使用def2tzvp 进 ...

假设你用的是Gaussian
opt freq用M06-2X结合SMD自找难收敛、出小虚频。B3LYP-D3(BJ)明显更适合这种目的,倘若是B3LYP描述不好的情况诸如大范围显著pi共轭体系,用wB97XD。溶剂模型用IEFPCM,下文说了

单点用def2-TZVP的时候应当给带显著负电荷的原子加弥散。此时M06-2X结合SMD可以用,但如果追求精度,泛函更建议用最好的双杂化泛函之一revDSD-PBEP86-D3(BJ),用法看下文
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344http://bbs.keinsci.com/thread-3997-1-1.html
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