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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-10-2 10:54:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2023-10-2 20:37 编辑
sobereva 发表于 2023-10-2 06:26
假设你用的是Gaussian
opt freq用M06-2X结合SMD自找难收敛、出小虚频。B3LYP-D3(BJ)明显更适合这种目的 ...

sob老师好,M06-2X结合SMD出了一个小虚频,用opt=tight解决了。计算单点能使用ma-TZVPP加弥散函数了
@/root/ma-def2/ma-TZVPP.txt/N


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发表于 Post on 2023-10-2 12:32:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2023-10-2 23:11 编辑

(已解决,换用大基组,慢慢扫描中间有个极大值)各位老师,我用pm6进行一个取代反应的柔性扫描,为什么曲线有最小点,而不是最大点?
竖着的一排点代表什么意思呢?
这种氟硫交换的机理是不是一个简单的取代反应呢?
desktop.7z (546.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

换成m062x 6-31g*进行扫描还是能量一直上升
11.7z (324.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


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发表于 Post on 2023-10-3 08:47:42 | 只看该作者 Only view this author

求助:尝试多种方法后过渡态优化仍然震荡

本帖最后由 limen 于 2023-10-3 08:52 编辑

请教各位老师,该体系对溶剂敏感,下左图为水溶剂模型下的优化结构,下右图为在水溶剂模型下TS优化过程最后一帧(初猜时把H5向O4移动),l9999报错,优化震荡。
     

HAN4-scrf-ts.rar (1.55 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2023-10-3 12:48:55 | 只看该作者 Only view this author

使用IRI方法分析分子动力学过程中的弱相互作用的输入文件来源问题

老师,参考您使用NCI分析弱相互作用时,是将跑完动力学模拟后的xyz轨迹文件载入Multiwfn进行分析。
如果想采用IRI方法进行分析,将这个xyz轨迹文件通过Gaussian进行优化后产生的波函数文件载入Multiwfn后进行后续的分析吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-3 14:02:16 | 只看该作者 Only view this author
分清楚NCI和aNCI。aNCI是对轨迹进行分析的,NCI和IRI都是对单一结构进行分析的。

仔细看下文的综述
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表!
http://sobereva.com/667http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html

以及下文里的相关介绍
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-3 14:09:19 | 只看该作者 Only view this author
limen 发表于 2023-10-3 08:47
请教各位老师,该体系对溶剂敏感,下左图为水溶剂模型下的优化结构,下右图为在水溶剂模型下TS优化过程最后 ...

初猜里O4-H5距离太近

优化过渡态到最后都没过渡态基本样子了,明显就是初猜的问题,要么本来就没有过渡态。基组太烂,涉及到质子转移的情况显然得给氢加极化函数。重新调整结构,用wB97XD/6-311G**再试,亦可通过柔性扫描判断是否是无势垒过程
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发表于 Post on 2023-10-3 23:39:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2023-10-4 00:18 编辑

各位老师好,用柔性扫描,扫到了一个极大值。这个极大值跟正确的过渡态差不多。然后用同样的方法基组去进行过渡态优化,始终优化跑偏得不到正确的过渡态是什么原因呐?
需要先进行限制性优化吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-4 14:34:22 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-10-3 23:39
各位老师好,用柔性扫描,扫到了一个极大值。这个极大值跟正确的过渡态差不多。然后用同样的方法基组去进行 ...

尝试用calcall,结合较小的步长上限
做一下限制性优化也可以试试
另外对那个极大点做个振动分析看看虚频模式对不对,有没有类似于实际过渡态应有的顺着反应路径的虚频。光通过结构来估计往往不那么靠谱
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sobereva 发表于 2023-9-30 05:48
def2-TZVP时读def2-SVP的轨道

是读取的def2-svp的轨道,但还是一直在震荡。这种情况下要怎么处理呢?

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发表于 Post on 2023-10-4 15:03:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-9-29 16:13
用orca等程序收敛以后,用Multiwfn或MOKIT把轨道传回高斯。高斯的CASSCF收敛远没有它的SCF收敛做得好,不 ...

老师您好,用orca此程序做了计算,收敛了之后用multiwfn做了转换,但是用高斯计算还是不收敛,这种结果下两种程序算出来的有可比性吗?

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发表于 Post on 2023-10-4 16:33:50 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2023-10-4 08:03
老师您好,用orca此程序做了计算,收敛了之后用multiwfn做了转换,但是用高斯计算还是不收敛,这种结果下 ...

没有可比性。如果整篇文章的CASSCF计算不多的话,可以考虑全部改用orca计算。高斯已经收敛的波函数也可以用multiwfn传给orca做初猜
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-10-4 16:35:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-10-4 16:33
没有可比性。如果整篇文章的CASSCF计算不多的话,可以考虑全部改用orca计算。高斯已经收敛的波函数也可以 ...

谢谢老师,那对于gaussian来讲是不是没什么其他的办法帮助收敛了啊?

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发表于 Post on 2023-10-4 16:42:18 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2023-10-4 09:35
谢谢老师,那对于gaussian来讲是不是没什么其他的办法帮助收敛了啊?

办法是有一些的,参见http://gaussian.com/cas/。但高斯对于CASSCF相关的其他计算方面,尤其是加动态相关,是极其欠缺乃至根本做不了的,所以除非投入的沉没成本太高,否则不建议用高斯做CASSCF计算。最简单的一个问题,如果审稿人要求你考虑动态相关,你怎么做?只能改成ORCA、Molpro等软件做CASPT2、NEVPT2。最后总是要换软件,那不如现在就换,节省波函数格式转换、重新在新软件里收敛的时间成本。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-10-4 16:45:18 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我们常见的DFT满足变分原理吗?

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发表于 Post on 2023-10-4 16:48:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-10-4 16:42
办法是有一些的,参见http://gaussian.com/cas/。但高斯对于CASSCF相关的其他计算方面,尤其是加动态相关 ...

好的,谢谢老师,我会尝试用orca重新计算

本版积分规则 Credits rule

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