简单量子化学问题答疑专帖

yuela · 发表于 Post on 2023-12-31 22:15:55

sai77 发表于 2023-12-31 20:14
Gaussian 常见报错及解决方法
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

谢谢您

不喝可乐 · 发表于 Post on 2024-1-3 18:11:11

计算了Ir-PNP，Ir-PNN，Ir-NNN配体，有无补救措施，或者反驳观点。

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-1-3 20:17:09

没有“色散计算”，如果你说的是色散校正，那你加上色散校正继续优化结构就是了，花不了多少时间，小计算谈不上补救。

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-4 09:39:14

不喝可乐发表于 2024-1-3 18:11
计算了Ir-PNP，Ir-PNN，Ir-NNN配体，有无补救措施，或者反驳观点。

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里问同一问题，注意看群规（http://sobereva.com/QQrule.html），以及论坛置顶的论坛新社员必读贴

jaywang7 · 发表于 Post on 2024-1-4 10:59:36

想请教各位老师们，我们通常所说的能量越低，物质越稳定，现在想比较两种物质在溶剂中哪个更稳定，用的隐式溶剂模型，是不是我分别对这两种物质做一个频率计算，然后比较他们的能量就可以呢？比较的话是比较什么能量，自由能还是电子能量？

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-4 11:15:49

jaywang7 发表于 2024-1-4 10:59
想请教各位老师们，我们通常所说的能量越低，物质越稳定，现在想比较两种物质在溶剂中哪个更稳定，用的隐式 ...

老生常谈的问题，公社论坛首页google框搜稳定性判断

特别是
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
以及
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO（http://sobereva.com/543）

jaywang7 · 发表于 Post on 2024-1-4 11:35:33

sobereva 发表于 2024-1-4 11:15
老生常谈的问题，公社论坛首页google框搜稳定性判断

特别是

好的谢谢sob老师

swxxty · 发表于 Post on 2024-1-5 14:34:09

老师好，我在做完几何优化后想查看优化曲线时，发现optimization这个按钮是灰色的，将输出文件发给同学后在他的电脑里可以正常查看，请问这是我的gaussview设置的问题吗，请问该如何调整，谢谢老师。

yuela · 发表于 Post on 2024-1-5 14:50:56

这个已经是优化了好几次，最后的结构，再次优化了，求大神指点！

Novice · 发表于 Post on 2024-1-5 14:56:43

本帖最后由 Novice 于 2024-1-5 14:58 编辑

swxxty 发表于 2024-1-5 14:34
老师好，我在做完几何优化后想查看优化曲线时，发现optimization这个按钮是灰色的，将输出文件发给同学后在 ...

不要直接双击文件打开或者把文件拖动到GV里打开。先直接打开GV，然后选择GV主窗口菜单左上角的File-Open，弹出打开窗口对话框，勾选该窗口最下面的“Read Intermediate Geo...” 和 “Retain Settings”前的两个选框，再选择你的文件打开。这次操作后以后你怎么打开应该都可以了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-5 15:07:37

yuela 发表于 2024-1-5 14:50
这个已经是优化了好几次，最后的结构，再次优化了，求大神指点！

大概率是内存给得太少
看此文了解内存的分配
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

swxxty · 发表于 Post on 2024-1-5 15:08:03

Novice 发表于 2024-1-5 14:56
不要直接双击文件打开或者把文件拖动到GV里打开。先直接打开GV，然后选择GV主窗口菜单左上角的File-Open ...

好的好的，谢谢老师

KSeGaSn · 发表于 Post on 2024-1-5 15:10:24

各位老师好，最近接触ORCA利用双杂化泛函的激发态计算，有几个问题请求赐教：
1. 请问双杂化泛函在计算激发态时是“相当于进行了CIS(D)”还是确实进行了CIS(D)的计算，这个(D)的校正应该是实打实存在的吧？
2. 请问spin-biased的双杂化泛函是什么意思呢？又该如何选择SCS、SOS、DSD的双杂化泛函呢，这里不考虑benchmark泛函具体的准确性问题，只考虑有没有理论或实操的大方向上就可以推荐和判断用什么样的spin-biased选择？
3. 对于较大的体系来说，双杂化泛函算激发态是否值得选择DLPNO-MP2，耗时应该会缩短但会对硬盘和内存要求显著更高吗？
谢谢各位老师。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-5 18:17:00

KSeGaSn 发表于 2024-1-5 08:10
各位老师好，最近接触ORCA利用双杂化泛函的激发态计算，有几个问题请求赐教：
1. 请问双杂化泛函在计算激 ...

1. 可以理解为做了CIS(D)的(D)部分，CIS部分用TDA代替了，而且(D)部分的公式虽然和CIS(D)的(D)一样，但代的数不一样
2. Grimme发过相关的综述，可以查一下。我个人理解是没有一定的规则说SCS、SOS、DSD分别适合什么场景，因为用SCS、SOS、DSD的双杂化泛函的经验参数，包括但不限于MP2部分的经验参数，都是不同的，即使SCS、SOS、DSD有什么本质区别，加很多经验参数然后拟合一通以后，可能也没什么区别了，更重要的可能是经验参数的个数，以及训练集的大小和范围。
3. DLPNO好像暂时不能用来加速(D) correction，只能加速基态双杂化泛函计算的MP2部分。所以DLPNO对于双杂化泛函的激发态的用处不是没有，但很小

329678001 · 发表于 Post on 2024-1-5 18:30:32

本帖最后由 329678001 于 2024-1-5 18:45 编辑

各位老师好。我想重复一下别人工作，我看输入文件中关键词用了opt=modredundant ，结尾加了
B 1 7 A
B 1 37 A
这个意思是固定了 1，7和1，37两个原子的距离？我看sob老师博文里面固定键长是用的F，不是A啊？很困惑，特来请教一下。

还有一个问题，我提交后出现报错。
Add virtual bond connecting atoms O35       and H18       Dist= 3.61D+00.
Add virtual bond connecting atoms H38       and N4       Dist= 3.33D+00.
Add virtual bond connecting atoms N7       and Cu1       Dist= 4.50D+00.
Add virtual bond connecting atoms N23       and H14       Dist= 4.24D+00.
The following ModRedundant input section has been read:
Unrecognized coordinate type "N"
这里为何会出现Add virtual bond connecting atoms 和Unrecognized coordinate type "N"报错？这个报错为何以前没见过呢？

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

进行DFT计算，对于B3LYP方法涉及到金属，没有进行色散计算。

想请教大家一个问题，我们通常说的能量越低，越稳定。

结构优化一半自己停了link died，怎么回事呀？

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