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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-1-5 19:35:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-5 15:07
大概率是内存给得太少
看此文了解内存的分配
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

谢谢大神!

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发表于 Post on 2024-1-5 20:54:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 KSeGaSn 于 2024-1-5 21:03 编辑
wzkchem5 发表于 2024-1-5 18:17
1. 可以理解为做了CIS(D)的(D)部分,CIS部分用TDA代替了,而且(D)部分的公式虽然和CIS(D)的(D)一样,但代 ...

好的,谢谢老师,我之前用B2PLYP计算的体系中确实基态MP2只占用了20%的计算时间,主要还是在Davidson迭代上显著耗时(比 (D) correction还慢不少)。DLPNO对内存/硬盘影响不大的话 我还是用上再降一点计算量吧hh

另外老师我还想问一下:
1. 我的体系中有一个Au原子,即使是用普通范围分离泛函计算,用def-TZVP、def2/J、def2-TZVP/C(对轻原子)和def2-TZVP对Au原子来节省计算量,但SCF就出现剧烈震荡并进TRAH;用def2-TZVP(-f)+def2-TZVP就没事,所以是不是ORCA 5中的def2系列辅助基组已经不太适合再套进对于old-def系列基组了?我主要想选一个对轻原子比cc-pVDZ好但又不会像def2-TZVP这么大的基组来算双杂化。
2. 双杂化激发态计算中的relaxed density 和unrelaxed density有明显的区别吗?比如可能对激发态性质造成的影响?或者可以导出激发态弛豫密度(我记得ORCA做不到)?

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发表于 Post on 2024-1-5 23:22:01 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2024-1-5 13:54
好的,谢谢老师,我之前用B2PLYP计算的体系中确实基态MP2只占用了20%的计算时间,主要还是在Davidson迭代 ...

按理说不至于,def2/J的适用范围还是比较广泛的,很多非def2基组用def2/J都没什么问题。可能这个体系SCF震荡的概率本来就存在,但比较小,哪个基组SCF震荡主要是运气问题。
relaxed density理论上更严格,但对于定性分析,unrelaxed density一般够了(如doi.org/10.1002/cphc.202100369)。此外对于双杂化泛函计算而言,其实除了Casida方程是否relax以外,还有是否考虑(D)对密度的贡献的问题,后者计算量应该比较大,也是对于定性分析而言不太需要考虑。以上贴的文章里我既是考虑的unrelaxed density,也没考虑(D)的贡献。至于定量计算是否需要用relaxed density或考虑(D)贡献,那得查相关的benchmark文章了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-1-6 13:10:58 | 只看该作者 Only view this author
老师,想问一下镧系金属与有机物配合后电荷与自旋多重度的设置,比如La(CH3)3这个分子的电荷与自旋多重度分别是0,1。但是Ce(CH3)3的电荷与自旋多重度高斯view显示为(0,2),Ce(CH3)4的自旋多重度是为1的。由于我之前探索机理时计算的金属有机配合物的自旋多重度都是1,所以,想问一下,金属有机配合物的自旋多重度可以为2吗?总感觉不对,但是又想不出来怎么样表示Ce(III)。然后我就按照(1,1)计算的,认为成是阳离子,但是在实验文献中实在没有找到相应的阴离子。按照(0,2)优化的总是显示l502错误

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-6 18:13:00 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2024-1-5 18:30
各位老师好。我想重复一下别人工作,我看输入文件中关键词用了opt=modredundant ,结尾加了
B 1 7 A
B 1  ...

只不过是给冗余内坐标添加了相应的bond项而已,不写F就根本不是固定
没必要效仿
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-1-6 18:22:28 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2024-1-6 06:10
老师,想问一下镧系金属与有机物配合后电荷与自旋多重度的设置,比如La(CH3)3这个分子的电荷与自旋多重度分 ...

金属配合物自旋多重度超过10的例子都多得是,可以说等于多少都是有可能的
l502错误按http://sobereva.com/61解决。一个自旋多重度SCF能收敛、另一个自旋多重度SCF不能收敛,不代表前者正确而后者错误,应该加关键词解决SCF不收敛问题,而不是靠改变自旋多重度绕开SCF不收敛问题,那样等于是你数学考不及格就去考语文来顶替数学成绩,即使收敛了结果也是没有意义的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2024-1-6 18:37:26 | 只看该作者 Only view this author
去查看了报错的解决办法,但是虽然显示link9999出错,但是并没有找到文章里提到的那种情况,甚至连Optimization stop都检索不到,只有最上面一行有一段大写的英文字母。不知道应该怎样解决才好。

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发表于 Post on 2024-1-6 19:22:36 | 只看该作者 Only view this author
Yi丢丢 发表于 2024-1-6 11:37
去查看了报错的解决办法,但是虽然显示link9999出错,但是并没有找到文章里提到的那种情况,甚至连Optimiza ...

继续往上找
真正的报错信息未必在输出文件最后一屏,很多时候要往上找几百行才能找到
找的时候注意对每一句话做阅读理解,只有理解了一句话才知道这句话是不是报错信息

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-7 05:14:03 | 只看该作者 Only view this author
Yi丢丢 发表于 2024-1-6 18:37
去查看了报错的解决办法,但是虽然显示link9999出错,但是并没有找到文章里提到的那种情况,甚至连Optimiza ...

几何优化任务出现这个>99%的情况都是到了步数上限没达到收敛限

对于优化过渡态来说,一个是震荡导致的不收敛,仔细看下文尝试解决。另一个常见原因是过渡态初始结构太烂,导致往没意义的结构去优化,自行看优化末期的轨迹有没有过渡态结构的特征便知
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164



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发表于 Post on 2024-1-7 18:09:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-1-6 18:22
金属配合物自旋多重度超过10的例子都多得是,可以说等于多少都是有可能的
l502错误按http://sobereva.co ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-1-7 21:16:24 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-1-6 18:22
金属配合物自旋多重度超过10的例子都多得是,可以说等于多少都是有可能的
l502错误按http://sobereva.co ...

老师,如果我只要能量的差值,需要的是相对能量,(0,2)和(1,1)应该都可以吧

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发表于 Post on 2024-1-8 00:41:45 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2024-1-7 14:16
老师,如果我只要能量的差值,需要的是相对能量,(0,2)和(1,1)应该都可以吧

不行,必须结合你的实际问题确定正确的电荷和自旋多重度。确定电荷的方法就是数电子,金属是几价的,带多少电荷,配体各带多少电荷,加起来。自旋多重度靠配体场理论确定
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-1-8 11:53:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-1-8 00:41
不行,必须结合你的实际问题确定正确的电荷和自旋多重度。确定电荷的方法就是数电子,金属是几价的,带多 ...

好的老师

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发表于 Post on 2024-1-8 13:14:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2024-1-8 13:25 编辑

老师们好,我用B3LYP-D3BJ/Def2-SVP在gaussian优化了一个BODIPY衍生物的T2态,激发能均正常,但我发现分子T2-S0有明显的电荷转移,于是我就用了CAM-B3LYP结合Def2-tzvp算了个T2(root=2)的单点。这时我发现T2算的值正常,T1激发能变成了负值。请问:
1. 这可能是什么原因呢?
2. 我需要重新优化T2吗?
3. 需要的话我需要改变泛函吗?
4. 最后想问的就是,如果我改用TDA来做三重态能量计算以避免波函数的不稳定,我需要用TDA来重新优化吗?还是可以基于TD计算出的优化结构,来用TDA+更贵的基组做高精度激发能呢?

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发表于 Post on 2024-1-8 17:14:52 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-1-8 06:14
老师们好,我用B3LYP-D3BJ/Def2-SVP在gaussian优化了一个BODIPY衍生物的T2态,激发能均正常,但我发现分子T ...

T1变成负值是基态波函数不稳定性导致的,HF exchange越多,基态波函数越容易不稳定。
激发态结构优化可以且推荐用TDA算。至于激发态单点,如果分子不太大的话,可以考虑用DLPNO-STEOM-CCSD算,实在算不动可以考虑TDA。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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