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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-1-19 14:36:46 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,初学量子化学,在进行SobTop中提供的SF6示例分子参数化时,发现使用ORCA与Gaussian振动分析输出的itp文件有很大区别,特别是[ angles ]项,请问是我在优化时设置参数不合理导致结果出错吗?高斯软件中使用的关键词是# B3LYP/def2SVP em=GD3BJ opt=tight freq scrf=(solvent=water) ,ORCA中的是! B97-3c opt freq tightSCF noautostart miniprint nopop和! CPCM(Water)。谢谢老师。

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发表于 Post on 2024-1-19 20:33:11 | 只看该作者 Only view this author
clock1993 发表于 2024-1-19 07:36
各位老师好,初学量子化学,在进行SobTop中提供的SF6示例分子参数化时,发现使用ORCA与Gaussian振动分析输 ...

先把理论级别统一了再说,不然不知道是理论级别不一致导致的问题还是软件不一致导致的问题
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2024-1-19 20:34:48 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2024-1-19 04:10
老师您好。这是不是也说明成键轨道主要是在5d轨道,因为积累了更多的电荷?还有您讨论的这个例子,如果方 ...

和5d关系不大吧,本来你5d占据数也不多。
搜sulfur hexafluoride, hybridization, d orbital
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-1-19 23:49:01 | 只看该作者 Only view this author
各位老师们好,我想请教一个轨道分布的问题。若向一个CO2中注入额外电子形成CO2-阴离子,使用基组是B3LYP/6-311+G(D,P)。想查看e-加入前后的轨道能量并进行后续分析,在基组未变的情况下查看了中性CO2的轨道。原则上中性CO2的LUMO应该是一个反π轨道,但是带着极化函数的中性CO2的LUMO轨道是一个反sigma轨道(如图1),LUMO+1才是反π轨道。若去掉极化函数,中性CO2的LUMO则是反π轨道(如图2)。此外CO2-阴离子的HOMO如图3所示。想问一下老师出现这种情况的原因是什么,我应该怎么选择这个中性CO2。

图1.png (30.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

图1.CO2的LUMO(带极化)

图1.CO2的LUMO(带极化)

图3.png (22.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

图3.CO-阴离子的HOMO

图3.CO-阴离子的HOMO

图2.png (47.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

图2.CO2的LUMO(不带极化)

图2.CO2的LUMO(不带极化)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-20 06:51:50 | 只看该作者 Only view this author
lbl 发表于 2024-1-19 11:04
谢谢sob老师,把那些关键词删了确实可以跑了,但是这样会影响结果吗,本人刚接触高斯,可能问题有点多, ...

不懂的关键词绝对不要加,否则纯属自找麻烦
加的每一个关键词必须都搞懂是干什么的



有机会建议参加北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html),系统、全面教会怎么正确地做计算,就不可能再踩这种坑。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-20 06:54:16 | 只看该作者 Only view this author
clock1993 发表于 2024-1-19 14:36
各位老师好,初学量子化学,在进行SobTop中提供的SF6示例分子参数化时,发现使用ORCA与Gaussian振动分析输 ...

计算级别不同,算出来的Hessian自然不同,sobtop得到的力常数自然也不同
一定要尽可能统一,比如都用B3LYP/def2-SVP(注意为了和Gaussian对应,ORCA里要写成B3LYP/G)
当前没必要带溶剂模型
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-20 06:59:18 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2024-1-19 23:49
各位老师们好,我想请教一个轨道分布的问题。若向一个CO2中注入额外电子形成CO2-阴离子,使用基组是B3LYP/6- ...

根本不需要考虑没带极化函数的情况,毫无意义

图1并没有明显的sigma*特征,明显更像是s型里德堡轨道,注意看下文
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284http://bbs.keinsci.com/thread-840-1-1.html

图3同样体现出s型里德堡轨道特征

里德堡轨道能量本来就可以低于pi*轨道
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发表于 Post on 2024-1-20 09:11:36 | 只看该作者 Only view this author
老师,学生在对一个结构的波函数检查确认是稳定之后,想对这个结构计算单点能。
请问在计算单点能的时候,还需要读取检查波函数显示稳定的chk文件并加上stable=opt guess=read关键词再去计算单点能吗?
波函数检查编写%chk=5ts1_stable.chk
%oldchk=5ts1.chk
# b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3 stable=opt guess=read
单点能计算的编写%chk=5ts1_stable_sp.chk
%oldchk=5ts1_stable.chk
# B3LYP/def2tzvp scrf(smd,solvent=Dichloromethane) stable=opt guess=read empiricaldispersion=gd3
在计算单点能的时候,是否可以不需要再次检查波函数(stable=opt guess=read)呢?
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发表于 Post on 2024-1-20 16:34:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-1-19 20:33
先把理论级别统一了再说,不然不知道是理论级别不一致导致的问题还是软件不一致导致的问题

好的,谢谢老师指导。

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发表于 Post on 2024-1-20 16:35:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-20 06:59
根本不需要考虑没带极化函数的情况,毫无意义

图1并没有明显的sigma*特征,明显更像是s型里德堡轨道, ...

好的,谢谢老师指导。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-20 23:17:56 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2024-1-20 09:11
老师,学生在对一个结构的波函数检查确认是稳定之后,想对这个结构计算单点能。
请问在计算单点能的时候, ...

第二次写guess=read,不用带着stable=opt。但如果这一次和上一次用的基组差异很大,为了保险,这次算单点时也可以带着stable=opt
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发表于 Post on 2024-1-21 09:43:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-20 23:17
第二次写guess=read,不用带着stable=opt。但如果这一次和上一次用的基组差异很大,为了保险,这次算单点 ...

感谢老师的指导。学生平时做优化任务时用的基组是最低级6-31G*,计算单点时用的理想级def2tzvp,请问老师这两个基组能算做的差异很大吗?
道友请留步

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-22 02:36:53 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2024-1-21 09:43
感谢老师的指导。学生平时做优化任务时用的基组是最低级6-31G*,计算单点时用的理想级def2tzvp,请问老师 ...

不小
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发表于 Post on 2024-1-22 08:49:41 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2024-1-22 15:58:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吴双 于 2024-1-23 11:16 编辑

大家好,我用高斯计算过渡态的时候,遇到了一些问题想跟大家请教下。想找一个过渡态的结构是64 66断键,66 49成键的一个结构(如图所示)。对66 49成键过程做了柔性扫描,我取了柔性扫描的最高点,计算了频率,有两个虚频,第一个虚频是我想要的震动,后续放开的结构的时候,一直出现震荡,尝试加入了gdiis和recala=3但是结果都不太理想,想请各位老师帮我看下,我该怎么解决这个问题。还有一个问题想跟各位老师请教下,我观察放开结构的时候发现优化过程倾向于向反应物方向移动,我就缩短了66 49键长(之前是1.22Å现在是1.21Å),做了限制性优化,发现调到1.21Å之后结构变化很大,对于这种现象我也是不太理解具体原因是什么,麻烦老师能给我些建议。

本版积分规则 Credits rule

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