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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-1-12 11:52:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-1-11 17:04
众所周知,没有完全不能进行的反应,只有进行的快、进行的慢但实验仍然能观察到反应、进行的太慢以至于实 ...

谢谢老师您热情的帮助

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发表于 Post on 2024-1-14 00:22:15 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我用高斯算了一个UiO-66裁剪后的构型,为啥算不了频率呢? GV打开显示如下报错。我也尝试换了基组,仍然不行,不知道这是什么原因导致的,我之前也碰到过类似的情况。
第一次关键词:#p opt freq=noraman B3LYP/genecp em=GD3BJ int=ultrafine scf=xqc  基组6-31g*,SDD。
第二次关键词#p opt freq=noraman B3LYP/def2svp em=GD3BJ int=ultrafine scf=xqc

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202401140020129778..png

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发表于 Post on 2024-1-14 00:31:52 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2024-1-13 17:22
各位老师好,我用高斯算了一个UiO-66裁剪后的构型,为啥算不了频率呢? GV打开显示如下报错。我也尝试换了 ...

参见https://en.wikipedia.org/wiki/NaN
打开输出文件,找到第一次出现NaN或明显不合理的数据(比如本来该非零的数据算出来刚好等于0,本来该有限大的数算出来无限大)的位置,再分析原因
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2024-1-16 23:41:06 | 只看该作者 Only view this author
各位老师们好,请问对于普通(排除多重共振&invest这些本来常规TD就算不好的)TADF体系来说,用TDA-TDDFT计算出的ΔEST和实验上有一定差距是可以接受的吗?我计算两个化合物,实验上S1发射能均为2.340eV,计算结果分别为2.395eV和2.276eV;通过实验拟合得到的结果是146meV和168meV,计算的ΔEST分别为170meV和136meV。发射能数据误差在0.1eV以内,ΔEST误差在40meV左右,审稿人让我解释为什么ΔEST的实验结果和计算结果不相符。我可以以TDDFT本身计算精度和未能充分考虑实验实际条件/构象平均 而并非计算和实验本身的错误来进行回复吗(比如实验测定用的是PMMA膜样品 而计算是以单分子为模型进行的)?

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发表于 Post on 2024-1-17 17:11:04 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2024-1-16 16:41
各位老师们好,请问对于普通(排除多重共振&invest这些本来常规TD就算不好的)TADF体系来说,用TDA-TDDFT计 ...

系统误差40meV肯定是没问题的,审稿人想问的应该是为什么你算的两个化合物的趋势和实验不符。
把原因归结为TDDFT精度、计算和实验条件不符、构象平均等等是可以的,但前提是你得详细解释为什么这些原因所引入的误差不是系统的,而是会把不同化合物的趋势都搞反。再者可以考虑做一个DLPNO-STEOM-CCSD单点计算,看ΔEST趋势能否和实验吻合
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-1-17 23:39:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-1-17 17:11
系统误差40meV肯定是没问题的,审稿人想问的应该是为什么你算的两个化合物的趋势和实验不符。
把原因归 ...

好的 多谢王老师指点。

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发表于 Post on 2024-1-18 12:18:48 | 只看该作者 Only view this author

运行高斯时遇到报错Error termination in NtrErr该如何解决?

本帖最后由 lbl 于 2024-1-18 12:18 编辑

各位老师好,我在使用高斯进行过渡态计算的时候遇到了如下报错信息:Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
输入和输出文件如下:
想请问该如何解决。


TS11.gjf

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TS11.out

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发表于 Post on 2024-1-18 13:24:30 | 只看该作者 Only view this author
请问Gaussian是否能做基于ROHF的EOM-CCSD计算?

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发表于 Post on 2024-1-18 13:55:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2024-1-18 15:17 编辑

各位老师好,我使用pbe1pbe/def2tzvp计算了两个稀土九水配合物的NPA电荷,想分析其稀土的价电子构型,计算结果为:Dy(III) :6S-0.54 4f-8.50 5d-0.17 6p-0.03 7S-0.01 6d-0.01;Yb(III):6S-0.03 4f-13.01 5d-0.21 6p-0.05 6d-0.01。两个单独的稀土离子的外层电子构型分别为4f-9和4f-13。请问Dy(III)的6s和4f轨道的电荷布局该如何解释?希望能得到老师们的解答!万分感受。

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发表于 Post on 2024-1-18 22:33:52 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2024-1-18 06:55
各位老师好,我使用pbe1pbe/def2tzvp计算了两个稀土九水配合物的NPA电荷,想分析其稀土的价电子构型,计算 ...

说明水分子的配体场使得f轨道轻微变形,获得了少量的s成分。这个和比如说硫原子形成SF6的时候,硫的s、p轨道获得少量d成分是一个道理。每个f电子哪怕只有6%的s成分,看起来和纯粹的f轨道没有太大区别,9个f电子加起来也足以解释你看到的0.54个s电子了。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-19 01:11:25 | 只看该作者 Only view this author
wjc404 发表于 2024-1-18 13:24
请问Gaussian是否能做基于ROHF的EOM-CCSD计算?

不能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-19 01:12:09 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2024-1-18 13:55
各位老师好,我使用pbe1pbe/def2tzvp计算了两个稀土九水配合物的NPA电荷,想分析其稀土的价电子构型,计算 ...

此类波函数分析问题应当发到1L提到的波函数分析转帖里问,以后注意
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-19 02:46:54 | 只看该作者 Only view this author
lbl 发表于 2024-1-18 12:18
各位老师好,我在使用高斯进行过渡态计算的时候遇到了如下报错信息:Error termination in NtrErr:
NtrEr ...

程序读不到chk文件。可能%chk路径没写对,如果本来就没那chk文件,把那一大堆check、chk有关的关键词都删了
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发表于 Post on 2024-1-19 11:04:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-19 02:46
程序读不到chk文件。可能%chk路径没写对,如果本来就没那chk文件,把那一大堆check、chk有关的关键词都删 ...

谢谢sob老师,把那些关键词删了确实可以跑了,但是这样会影响结果吗,本人刚接触高斯,可能问题有点多,麻烦sob老师了。

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发表于 Post on 2024-1-19 11:10:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2024-1-19 11:19 编辑
wzkchem5 发表于 2024-1-18 22:33
说明水分子的配体场使得f轨道轻微变形,获得了少量的s成分。这个和比如说硫原子形成SF6的时候,硫的s、p ...

老师您好。这是不是也说明成键轨道主要是在5d轨道,因为积累了更多的电荷?还有您讨论的这个例子,如果方便,希望能分享一篇相关文献,我去仔细学习一下。

本版积分规则 Credits rule

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