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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-2-28 20:34:53 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-2-28 09:37
opt关键词删掉啊,不是跑IRC吗

啊!谢谢
我直接复制了另一步IRC输入文件的关键词,不知道里面什么时候多了这个opt=noeigen的关键词,看了下log的开头部分又没有,真是糊涂啊
感谢感谢

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发表于 Post on 2024-3-1 16:53:09 | 只看该作者 Only view this author

计算5个垂直激发能,out文件中这个Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) 值是设么意思

计算5个垂直激发能,out文件中这个Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) 值是指某一个激发态的能量,还是整体激发态的能量?

6 s-1.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-2 07:10:41 | 只看该作者 Only view this author
toy000 发表于 2024-3-1 16:53
计算5个垂直激发能,out文件中这个Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) 值是指某一个激发态的能量,还是整体激发 ...

对应的那个激发态的。下文明确说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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2884#
发表于 Post on 2024-3-2 17:26:23 | 只看该作者 Only view this author

磷酸三乙酯Gaussian使用DFT方法优化失败

我之前计算磷酸三甲酯也是这种情况,计算到最后报错了报错信息是
A SOLDIER'S LIFE IS A LIFE OF HONOR, BUT A DOG WOULD NOT LEAD IT.
-- PRINCE RUPERT, FOUNDER OF THE HUDSON'S BAY COMPANY
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in D:\worksoft\Gaussian\G09W\l9999.exe at Sat Mar 02 14:49:56 2024.
Job cpu time:       0 days  0 hours 15 minutes  2.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      1
怎么情况,求大佬帮忙解答!


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发表于 Post on 2024-3-2 17:32:07 | 只看该作者 Only view this author
这信息没有什么意义,你得在输出文件里往上翻,找到真正的报错信息。比如,这个例子可能是超出结构优化最大步数,搜搜看有没有exceeded,找到后截图展示报错信息,最好还能上传输入输出文件(这个意思不是让我们帮你找报错信息,是帮你看gjf文件里关键词合理性、结构优化过程如何)
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-2 23:24:53 | 只看该作者 Only view this author
yang5211314 发表于 2024-3-2 17:26
我之前计算磷酸三甲酯也是这种情况,计算到最后报错了报错信息是
A SOLDIER'S LIFE IS A LIFE OF HONOR,  ...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
以后提问前先把报错放到首页google框搜索栏里搜索再问,这种老生常谈问题回复过无数遍了
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发表于 Post on 2024-3-2 23:26:17 | 只看该作者 Only view this author

IRC报错啥原因?

本帖最后由 zh991027 于 2024-3-2 23:28 编辑

求求各位大神帮帮小弟

202403022325506036..png (12.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

202403022325506036..png

202403022325112698..png (28.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

202403022325112698..png

202403022324081728..png (96.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

IRC.OUT

IRC.OUT

202403022327511547..png (29.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

过渡态

过渡态

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-2 23:52:20 | 只看该作者 Only view this author
zh991027 发表于 2024-3-2 23:26
求求各位大神帮帮小弟

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html

提问前必须先在公社论坛首页google框进行搜索,避免问老生常谈的问题
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发表于 Post on 2024-3-3 10:42:32 | 只看该作者 Only view this author

g09计算gif得到的chk文件用formchk转格式报段错误

请教各位老师这种错误该怎么排查?

202403031041521078..png (13.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

202403031041521078..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-3 10:46:27 | 只看该作者 Only view this author
王子豪_chain 发表于 2024-3-3 10:42
请教各位老师这种错误该怎么排查?

看此文里formchk相关部分
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html

那叫gjf不叫gif
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发表于 Post on 2024-3-3 10:51:44 | 只看该作者 Only view this author
好的,我看下

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发表于 Post on 2024-3-5 17:08:52 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,在对于有机荧光小分子,应该如何计算同分子同一个激发态、不同极小点构象之间转换的势垒大小呢?(我搜索到的两个构象均并不能简单通过1-2个单键旋转来得到,涉及到类似于环己烷船式、椅式的构象转变)

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发表于 Post on 2024-3-5 17:52:46 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-3-5 10:08
各位老师好,在对于有机荧光小分子,应该如何计算同分子同一个激发态、不同极小点构象之间转换的势垒大小呢 ...

可以考虑用NEB等基于路径的方法找过渡态,只需要知道反应物和产物结构
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-6 03:23:38 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-3-5 17:08
各位老师好,在对于有机荧光小分子,应该如何计算同分子同一个激发态、不同极小点构象之间转换的势垒大小呢 ...

不好手动摆过渡态初猜的情况可以尝试用QST2

北京科音基础(中级)量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)里就有个现成的例子:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-6 14:21:38 | 只看该作者 Only view this author

关于高斯计算中计算任务无报错自动终止

  各位老师同学好,最近在使用g16进行结构优化的过程中,总是算几步就自动终止,并且没有看到报错,不知道是什么原因,恳请各位指导,下面是我的输入文件和终止信息。

%chk=OMImAc-opt.chk
# opt=maxcycle=100 freq def2svp m062x

Title Card Required

0 1
C                 -3.91999600    1.16397158   -0.04654000
O                 -4.69550500    0.29846258   -0.51534500
O                 -2.68152300    1.04171258    0.10688800
C                 -4.54923700    2.48645658    0.41531500
H                 -4.81602800    2.39152358    1.47951400
H                 -3.82978500    3.30943958    0.32121200
H                 -5.46745800    2.69503058   -0.14746300
C                 -2.69206900   -0.72350500   -0.62107100
C                 -1.94874000   -1.91592900    1.07319200
C                 -3.17855000   -2.39144300    0.73290700
N                 -3.61476700   -1.63934200   -0.33828500
H                 -2.80233400    0.04991400   -1.37046700
H                 -1.26483900   -2.21334700    1.86135700
H                 -3.78095000   -3.18631800    1.16045600
N                 -1.66020100   -0.88568000    0.20171900
C                 -4.94851900   -1.67399700   -0.92611400
H                 -5.24240800   -2.71908900   -1.08077100
H                 -5.63545500   -1.13633600   -0.26416800
H                 -4.92382600   -1.12638100   -1.87103100
C                 -0.50892300    0.01362200    0.29423700
C                  0.81068200   -0.71340600    0.08936300
H                 -0.57124600    0.51027000    1.27254400
H                 -0.67787800    0.81039400   -0.43878400
C                  1.99669800    0.24088600    0.17766900
H                  0.92953300   -1.51264600    0.84109300
H                  0.80155900   -1.20997800   -0.89532800
C                  3.33919700   -0.44990500   -0.03114900
H                  1.87458300    1.04219000   -0.57069700
H                  1.98986300    0.74227500    1.16074800
H                  3.45834600   -1.25285500    0.71759900
H                  3.34272500   -0.95061500   -1.01519200
C                  4.52699200    0.50134300    0.05571300
C                  5.87093300   -0.18535700   -0.15731900
H                  4.52317200    1.00055000    1.04052600
H                  4.40487900    1.30566400   -0.69063400
C                  7.06057300    0.76512400   -0.07038300
H                  5.99213500   -0.99085200    0.58867800
H                  5.87386900   -0.68419900   -1.14274800
C                  8.39792300    0.06749800   -0.28620500
H                  6.93444500    1.56868600   -0.81518000
H                  7.05339300    1.26181700    0.91433300
H                  9.23811600    0.77224900   -0.21951000
H                  8.55763100   -0.71932300    0.46658900
H                  8.43717100   -0.41054000   -1.27675400

终止信息:


GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
FormGI is forming the generalized inverse of G from B-inverse, IUseBI=4.
Internal  Forces:  Max     0.001085741 RMS     0.000235112
Search for a local minimum.
Step number   5 out of a maximum of  264
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
Mixed Optimization -- En-DIIS/RFO-DIIS
Swapping is turned off.
Update second derivatives using D2CorX and points    1    3    2    4    5
DE= -3.75D-04 DEPred=-3.11D-04 R= 1.20D+00
TightC=F SS=  1.41D+00  RLast= 1.11D-01 DXNew= 7.1352D-01 3.3402D-01
Trust test= 1.20D+00 RLast= 1.11D-01 DXMaxT set to 4.24D-01
ITU=  1  1 -1  1  0
     Eigenvalues ---    0.00308   0.00317   0.00322   0.00323   0.00329
     Eigenvalues ---    0.00333   0.00387   0.00551   0.00801   0.01059
     Eigenvalues ---    0.01403   0.01594   0.01700   0.01916   0.01970
     Eigenvalues ---    0.02053   0.02079   0.02213   0.02705   0.03225
     Eigenvalues ---    0.03387   0.03397   0.03401   0.03412   0.03427
     Eigenvalues ---    0.03458   0.03590   0.03852   0.04541   0.04762
     Eigenvalues ---    0.04767   0.04771   0.04779   0.04795   0.04825
     Eigenvalues ---    0.05420   0.05454   0.05554   0.05852   0.06762
     Eigenvalues ---    0.07071   0.07551   0.07696   0.07954   0.08159
     Eigenvalues ---    0.08417   0.08428   0.08446   0.08472   0.08480
     Eigenvalues ---    0.08764   0.11977   0.12090   0.12265   0.12278
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