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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-8 05:22:29 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2024-3-7 23:36
老师我的意思是比如说类似于N-C-C-C-O这样的一个有机物,一个Fe离子沿着这个链,从N这个位点运动到O这个 ...

可以试图用NEB。先优化(可能需要加限制)得到Fe分别在两侧的结构,然后做NEB给出迁移的最理想路径。

例如北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里我讲NEB的部分有下面的例子,考察H+穿越石墨烯的能量变化,可以得到这种图





北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-8 05:26:01 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2024-3-8 01:17
谢谢老师的解答,我确实暂且没找到某个w调控下的LC-PBE泛函用的D3参数;我之前是参考optw的文献,用的几 ...

先弄清楚是否考虑D3会带来多大影响,没体系具体特征的前提下说D3参数怎么来本来就未必有任何意义
诸如CAM-B3LYP带和不带D3优化结果对比一下,倘若没什么差异,根本都没必要管D3参数的事
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发表于 Post on 2024-3-8 09:13:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 AlexGerry 于 2024-3-8 09:28 编辑
sobereva 发表于 2024-3-7 14:51
没事甭写多余的norman,好好看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331 ...

好的,谢谢sob老师。
我的任务是在Linux集群上算的,64核,输出文件没有报错,一直在输出,如果我的方法和基组没有问题的话,那我就可以等它算完吗

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发表于 Post on 2024-3-8 10:12:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-8 05:26
先弄清楚是否考虑D3会带来多大影响,没体系具体特征的前提下说D3参数怎么来本来就未必有任何意义
诸如CA ...

好的,明白,谢谢老师。

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发表于 Post on 2024-3-8 14:11:10 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2024-3-7 18:17
谢谢老师的解答,我确实暂且没找到某个w调控下的LC-PBE泛函用的D3参数;我之前是参考optw的文献,用的几 ...

一般这两个w值只有一个是合理的。需要用其他判据判断哪个w更好,例如和实验/高精度计算吸收波长比较,或者看哪个w和没调控之前的w最接近
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-9 05:37:55 | 只看该作者 Only view this author
AlexGerry 发表于 2024-3-8 09:13
好的,谢谢sob老师。
我的任务是在Linux集群上算的,64核,输出文件没有报错,一直在输出,如果我的方法 ...

和做化学实验一样,做理论计算也必须监控,诸如如果发现规律性震荡了就必须停了,否则之后都是白算
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发表于 Post on 2024-3-10 11:02:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-8 02:19
先要搞清楚原子电荷计算方法多了去了,仔细看
《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn ...

谢谢老师,我想用用OPLS-AA力场算金属离子吸附,然后我把fch文件导入到Multiwfn里面输入7,-16,1可以直接算1.2*CM5电荷,我算的是带电体系,我发现他最后的结果会把电荷调整恢复到真实体系的总带电数,而1.2*CM电荷总带电数会偏高,是不是用最后那个结果电荷和真实体系一致的电荷好一点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-10 14:19:15 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2024-3-10 11:02
谢谢老师,我想用用OPLS-AA力场算金属离子吸附,然后我把fch文件导入到Multiwfn里面输入7,-16,1可以直 ...

净电荷不为0的情况不建议用1.2*CM5,建议用RESP电荷
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发表于 Post on 2024-3-11 16:34:00 | 只看该作者 Only view this author

求助:在计算镧系Yb和Pt的螯合物的结构优化部分出现已经收敛却无法结束运行的情况

我使用的是Gaussian16 对螯合物进行结构优化发现计算了接近50h,而且后面的Freq幅度非常小,能量几乎没有变化,整体的趋势也是收敛的,可是程序却一直不结束。 还请教大神们解解惑,为什么已经收敛却不结束程序?下面是我的输入文件:
%nprocshared=36
%mem=50GB
%chk=PtYb2.chk
#p opt freq PBE1PBE/genecp em=gd3bj int=fine SCRF=(SMD,Solvent=Toluene)

1

0 2

坐标

Yb 0
MWB59
****
Pt 0
MWB60
****
C H O N F 0
6-31g*
****

Yb 0
MWB59
Pt 0
MWB60




202403111629052244..png (144.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

图1

图1

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发表于 Post on 2024-3-11 20:03:53 | 只看该作者 Only view this author
贴出输出文件最后几十行,我们看看
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 09:41:03 | 只看该作者 Only view this author
显然得把末期的曲线放大了看
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发表于 Post on 2024-3-12 10:20:34 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师!
我最近想计算一个反应的反应能垒,反应式如图:

该反应描述的是核黄素单加氧酶辅助酶FAD对酚类化合物进行羟基化的过程,图中的FAD因子的R基团用氢代替,酚类化合物则使用4-溴苯酚。
我计划是分成两个基元反应分别计算能垒:
①FAD分子上与氧相连的羟基加成到溴酚的2号位,形成中间体,FAD分子上的氧则形成C=O双键(这里溴酚上原本的羟基同时会变成醌基,我感觉很难实现,所以就还是保持羟基,可能与图中有所出入);
②溴酚2号位的氢离开苯环并与FAD分子上的氧形成羟基,溴酚变为4-溴邻苯二酚。

遇到的问题:
1.在第一个基元反应中搜寻过渡态一直报错:不收敛或双电子积分计算不出来;
2.第二步倒是找到过渡态了,在IRC路径分析(irc(calcfc,maxpoint=20)pm6   电脑不好所以用这个级别)时,反应物和产物反过来了,即往前20步优化得到的能量最低点是反应物,往后则是产物。而且用b3lyp/6-31g* scrf=smd 级别计算时又和原本的过渡态不一样。

可能的原因:
1.最有可能是这个反应不合理:羟基不会主动加成到苯环上破坏大Π键,所以我想是不是应该是羟基上有多余的孤对电子,才会导致羟基不得不脱离FAD分子。而且这个醌基到底会不会形成,氢原子的运动到底是什么样的我一直没搞清楚;
2.计算级别不够:我一直用opt(calcall,ts,noeigen) pm6 搜索过渡态,没有考虑极化和隐式溶剂模型(正常情况下应该是水);
3.这不是基元反应,我的理解出了问题;
4.体系电荷和自旋多重度:我一直用0,2,现在看是不是要分开设置,给FAD上的羟基多加一个电子,让羟基主动对酚进行亲核攻击。

新手入门,请老师们给些意见,或者我应该去思考学习的一些方向。

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发表于 Post on 2024-3-12 10:25:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-11 20:03
贴出输出文件最后几十行,我们看看

谢谢老师解惑

Cycle  11  Pass 1  IDiag  1:
RMSU=  4.16D-09    CP:  1.00D+00  1.11D+00  8.59D-01  7.24D-01  8.80D-01
                    CP:  1.03D+00  1.33D+00  1.30D+00  9.55D-01  7.01D-01
E= -8279.91908175577     Delta-E=       -0.000000000116 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 1.33D-07 at cycle  11 NSaved=  11.
NSaved=11 IEnMin=11 EnMin= -8279.91908175577     IErMin=11 ErrMin= 1.33D-07
ErrMax= 1.33D-07  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 6.06D-11 BMatP= 3.15D-10
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com: -0.336D-04 0.460D-03 0.589D-03 0.392D-03-0.369D-02-0.155D-01
Coeff-Com: -0.330D-01-0.281D-01 0.142D+00 0.372D+00 0.565D+00
Coeff:     -0.336D-04 0.460D-03 0.589D-03 0.392D-03-0.369D-02-0.155D-01
Coeff:     -0.330D-01-0.281D-01 0.142D+00 0.372D+00 0.565D+00
Gap=     0.140 Goal=   None    Shift=    0.000
Gap=     0.140 Goal=   None    Shift=    0.000
RMSDP=3.04D-09 MaxDP=7.05D-07 DE=-1.16D-10 OVMax= 2.06D-06

Error on total polarization charges =  0.05892
SCF Done:  E(UPBE1PBE) =  -8279.91908176     A.U. after   11 cycles
            NFock= 11  Conv=0.30D-08     -V/T= 2.0215
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7597 S= 0.5049
<L.S>=  0.00000000000   
KE= 8.105835327474D+03 PE=-9.298666237149D+04 EE= 3.983199333156D+04
SMD-CDS (non-electrostatic) energy       (kcal/mol) =     -14.46
(included in total energy above)
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7597,   after     0.7501
Leave Link  502 at Mon Mar 11 15:29:13 2024, MaxMem=  6710886400 cpu:           33707.0 elap:             963.7
(Enter /home/abc/g16/l701.exe)
... and contract with generalized density number  0.
Compute integral first derivatives.
R6Disp: Adding Grimme-D3(BJ) dispersion energy 1st derivatives to the gradient.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=  237016 NPrTT= 1571766 LenC2=   86056 LenP2D=  253337.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 8 Len=  415
D1PCM: PCM CHGder 1st derivatives, ID1Alg=3 FixD1E=F DoIter=F DoCFld=F I1PDM=0.
GePol: Maximum number of non-zero 1st derivatives   =     228
Leave Link  701 at Mon Mar 11 15:29:52 2024, MaxMem=  6710886400 cpu:            1372.5 elap:              38.2
(Enter /home/abc/g16/l702.exe)
L702 exits ... SP integral derivatives will be done elsewhere.
Leave Link  702 at Mon Mar 11 15:29:52 2024, MaxMem=  6710886400 cpu:               1.5 elap:               0.0
(Enter /home/abc/g16/l703.exe)
Integral derivatives from FoFJK, PRISM(SPDF).
Compute integral first derivatives, UseDBF=F ICtDFT=           0.
Calling FoFJK, ICntrl=      2127 FMM=T ISym2X=0 I1Cent= 0 IOpClX= 1 NMat=1 NMatS=1 NMatT=0.
FoFJK:  IHMeth= 1 ICntrl=    2127 DoSepK=F KAlg= 0 I1Cent=           0 FoldK=F
IRaf=         0 NMat=       1 IRICut=       1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 0 IDoP0=0 IntGTp=1.
FoFCou: FMM=T IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=      2127 IOpCl=  1 I1Cent=           0 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Symmetry not used in FoFCou.
FMM levels:  10  Number of levels for PrismC:   9
Error: hangup
   rax 000000000000000e, rbx 0000000000000058, rcx 00000cf4d80a02d8
   rdx 00000000000004d0, rsp 00007ffcceed5320, rbp 00007ffcceed7930
   rsi 00000000000004d0, rdi 00000cf4d3565a90, r8  00000cf4d80a02d8
   r9  00000cf4d80a02d8, r10 00000cf4d356e8e0, r11 00000cf4d80a02f0

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发表于 Post on 2024-3-12 10:30:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-12 09:41
显然得把末期的曲线放大了看

谢谢sob老师的回复,还请您过目,曲线末期基本是一条直线。

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4ac.png

8e7.png (100.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

8e7.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 11:08:59 | 只看该作者 Only view this author
stc980309 发表于 2024-3-12 10:30
谢谢sob老师的回复,还请您过目,曲线末期基本是一条直线。

放大程度还不够

并且自行看输出文件最后十几步的四个标准的满足程度,比看图更准确
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