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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 11:10:30 | 只看该作者 Only view this author
junemu 发表于 2024-3-12 10:20
请教各位老师!
我最近想计算一个反应的反应能垒,反应式如图:

又有图又有一堆文字的属于复杂问题,应当单独发帖,更容易受到关注
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2024-3-12 11:28:28 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师!
请问这个体系的体系电荷和自旋多重度该怎么设置,我希望将上面大分子的羟基加成到下面的苯环上。

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发表于 Post on 2024-3-12 11:30:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-12 11:10
又有图又有一堆文字的属于复杂问题,应当单独发帖,更容易受到关注

好的老师,我会注意,在本贴询问时会简化问题

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发表于 Post on 2024-3-12 16:36:20 | 只看该作者 Only view this author
stc980309 发表于 2024-3-12 03:25
谢谢老师解惑

Cycle  11  Pass 1  IDiag  1:

检查是不是内存不够,或者节点偶然出现了硬件问题(如果是这个问题,重新提交一遍就好了)
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2024-3-12 16:39:30 | 只看该作者 Only view this author
junemu 发表于 2024-3-12 04:28
请教各位老师!
请问这个体系的体系电荷和自旋多重度该怎么设置,我希望将上面大分子的羟基加成到下面的苯 ...

加到苯环的哪个位置?加成以后O-O键有没有断?
把这些问题搞清楚,然后查研究酚和有机过氧化合物(例如tBuOOH)反应机理的文献,注意只能查做过计算的或者做了大量机理实验的,没仔细研究机理的实验文章随手画的机理不要信。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-3-12 19:07:30 | 只看该作者 Only view this author

求助在单体调参阶段,计算的log文件一直报错l502,该如何修改

单体在调参阶段,计算的log文件一直在出错。显示为l502。查阅后发现为收敛失败。不知该如何改进能使结果计算出来?


202403121906576546..png (29.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202403121906576546..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 19:43:40 | 只看该作者 Only view this author
mileapo 发表于 2024-3-12 19:07
单体在调参阶段,计算的log文件一直在出错。显示为l502。查阅后发现为收敛失败。不知该如何改进能使结果计 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-12 20:45:43 | 只看该作者 Only view this author

单体在进行调参时,log文件报错l502收敛失败,该如何改正GIF文件使其算出来?

单体在进行调参时,log文件报错l502,经过查阅后发现为收敛失败,该如何改正GIF文件使其算出来?
其他文件都可以算出来。只有这个带电量为-1,自旋为2的算不出

202403122045378124..png (33.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2024-3-12 22:03:10 | 只看该作者 Only view this author
那是GJF
http://sobereva.com/61的方法解决
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发表于 Post on 2024-3-13 18:08:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kl19990215 于 2024-3-13 18:21 编辑

请问各位老师,在用Gaussian或者ORCA进行限制性优化的过程中,能使约束对象比如说一个二面角,能使目标值在一个范围内波动吗,而不是固定在一个值。或者有什么其他方法能实现此目标呢

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发表于 Post on 2024-3-13 20:27:07 | 只看该作者 Only view this author
kl19990215 发表于 2024-3-13 11:08
请问各位老师,在用Gaussian或者ORCA进行限制性优化的过程中,能使约束对象比如说一个二面角,能使目标值在 ...

ORCA可以用MD模块的restraints关键字,搭配MD模块自带的L-BFGS优化器(关键词minimize)来做优化。
高斯不知道行不行,我猜不行,但是或许有人写过相关的脚本,可能可以借助额外的脚本实现
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-3-14 09:27:42 | 只看该作者 Only view this author

opt freq m062x/def2svp优化200个原子COF结构link died,输出文件无报错怎么办

本帖最后由 甲壳虫 于 2024-3-14 09:29 编辑

优化结构过程中一切都好,等到结构的total energy变平之后出现link died具体的out文件已经付上了,希望有大佬可以看一下啥原因,看到有个帖子说是体系过大导致频率算不了,不知道是不是这个,还有该如何解决。已经用了m062x/def2svp和b3lyp/6-31g(d),结果也不行

新建文件夹.rar

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out文件

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发表于 Post on 2024-3-14 09:47:40 | 只看该作者 Only view this author
老师好,想请教一下kato cusp condition是指的什么?在网上搜索了一下看不太懂,能不能麻烦老师用通俗易懂的话说明一下,还想问一下kato cusp condition在量子化学中有什么应用呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-14 10:07:19 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2024-3-14 09:47
老师好,想请教一下kato cusp condition是指的什么?在网上搜索了一下看不太懂,能不能麻烦老师用通俗易懂 ...

A Chemist's Guide to Density Functional Theory 2ed
在此书里搜cusp。这是写得相对比较易懂的书
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-14 10:07:55 | 只看该作者 Only view this author
甭用windows版算这种大型任务
一定要用linux版,仔细看下文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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