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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-14 10:09:02 | 只看该作者 Only view this author
kl19990215 发表于 2024-3-13 18:08
请问各位老师,在用Gaussian或者ORCA进行限制性优化的过程中,能使约束对象比如说一个二面角,能使目标值在 ...

有可能可以,把手册里opt里面坐标定义相关内容认真仔细看一遍。Gaussian在这方面的设定很灵活
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-14 15:36:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-14 10:07
甭用windows版算这种大型任务
一定要用linux版,仔细看下文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

好的sob老师,这会已经在用超算算了,暂时还没有出现之前的状况

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发表于 Post on 2024-3-15 08:37:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-14 10:07
A Chemist's Guide to Density Functional Theory 2ed
在此书里搜cusp。这是写得相对比较易懂的书

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-3-16 17:59:48 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想请教一下,计算阴离子体系的自旋布局时,如果使用Mulliken和SCPA方法,基组是应该加弥散函数还是不加呢?看了卢老师的353博文说的是Mulliken和SCPA方法不能加弥散函数,但是阴离子体系按理来说应该要加才对,所以应该如何呢?谢谢各位,请指教。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-16 20:23:55 | 只看该作者 Only view this author
Yaohui 发表于 2024-3-16 17:59
各位老师好,想请教一下,计算阴离子体系的自旋布局时,如果使用Mulliken和SCPA方法,基组是应该加弥散函数 ...

非要加弥散函数就用Multiwfn通过Hirshfeld方法计算自旋布居,不怕弥散函数,下文说了
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html
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发表于 Post on 2024-3-18 08:53:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-16 20:23
非要加弥散函数就用Multiwfn通过Hirshfeld方法计算自旋布居,不怕弥散函数,下文说了
谈谈自旋密度、自 ...

明白了,感谢卢老师

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发表于 Post on 2024-3-18 09:34:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 primashen 于 2024-3-18 16:30 编辑

请问老师,博文“振动分辨的电子光谱的计算”(http://sobereva.com/223)中提到的计算方法,是否也适用于有机开壳单自由基和双自由基振动分辨吸收/荧光光谱的计算。谢谢各位老师。

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发表于 Post on 2024-3-18 10:23:11 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问调控范围分离泛函w参数的办法该如何恰当的应用在溶液相的激发态计算中呢?主要痛点是在LR溶剂模型本身会高估激发能,因此溶液相中和真空中需要的HF组分/准确交换项的多少是显著不同的;然而带着溶剂模型进行optw的操作的时候又会遇到各种不适配(比如J值极大或者J随ω持续单调减小到设定区间最小值)的情况,请问此时有更好的处理方法吗(10.1002/jcc.26101这种直接调整泛函参数的暂且不论)?

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发表于 Post on 2024-3-18 14:08:47 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想请教一下关于【T态(比如T2)能级比S态(比如S1)能级高,但能差在0.3 eV(也有文章说在0.37 eV)以内,那么还是可以发生系间窜越】该怎么理解呢?在用ORCA计算ISC rate时,输入的此时如果要发生系间窜越,输入的delta_Est数值是负数,算出的ISC rate也是负数呀。如果可以发生系间窜越,那么S态窜越到能量更高的T态时的额外能量输入又应该来自哪里呢?

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发表于 Post on 2024-3-18 16:43:34 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-3-18 07:08
各位老师好,想请教一下关于【T态(比如T2)能级比S态(比如S1)能级高,但能差在0.3 eV(也有文章说在0.37  ...

额外能量来源于热能。
delta_Est确实是负数,但并不意味着ISC rate也是负数,应当是很小的正数。从个人经验看,如果实际算出来是负数,可能是maxtime不够,也就是correlation function的propagation没有收敛
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2024-3-18 16:49:25 | 只看该作者 Only view this author
primashen 发表于 2024-3-18 02:34
请问老师,博文“振动分辨的电子光谱的计算”(http://sobereva.com/223)中提到的计算方法,是否也适用于 ...

算是可以算出来的,但是开壳层体系的激发态往往有严重的自旋污染问题(https://en.wikipedia.org/wiki/Sp ... y_functional_theoryhttps://pubs.aip.org/aip/jcp/art ... f-spin-adapted-open),TDDFT结果可能有很大误差。如果你的体系的基态和激发态碰巧没有明显的自旋污染,那么可以照常用高斯算;否则建议用ORCA或BDF算,用ORCA的DFT/ROCIS、NEVPT2或BDF的X-TDDFT、SDSPT2等自旋匹配的方法算绝热激发能,基态和激发态的Hessian受限于计算量限制可以仍然用普通的DFT、TDDFT方法(对于BDF而言可以用X-TDDFT算激发态Hessian,计算量和普通TDDFT一样)。其他计算细节不受体系是否是开壳层的影响
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-3-19 14:05:00 | 只看该作者 Only view this author
请问研究弱相互作用时阳离子需要加显式的结合水吗?在这项研究中http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html钠离子没加。我的直觉应该是不加,感觉在实际情况下吸附作用应该是吸附的离子本身,而非带结合水的离子?

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发表于 Post on 2024-3-19 16:40:38 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2024-3-19 07:05
请问研究弱相互作用时阳离子需要加显式的结合水吗?在这项研究中http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1. ...

关键取决于你的研究目的。
sob老师那个工作应该是研究的气相里Na+和C18的作用,所以自然不需要也不应该加显式水。如果研究水相里Na+和一个配体的作用,而且这个配体不能把Na+全部包住(例如穴醚就是可以把Na+全部包住的),那么Na+多余的空配位点一般要用水饱和
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2024-3-19 21:13:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-19 16:40
关键取决于你的研究目的。
sob老师那个工作应该是研究的气相里Na+和C18的作用,所以自然不需要也不应该 ...

好的,谢谢老师。我想研究吸附材料对水中重金属离子的吸附,那是要加显式水对吗?我在想加水会不会阻碍了吸附位点,有水就会有位阻。

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发表于 Post on 2024-3-19 21:51:16 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2024-3-19 14:13
好的,谢谢老师。我想研究吸附材料对水中重金属离子的吸附,那是要加显式水对吗?我在想加水会不会阻碍了 ...

需要加水。当然吸附过程中材料可能会取代掉若干个水,假如已知会取代掉所有水,那在做弱相互作用分析时可以不加水,否则吸附时金属保留几个水就要加几个。
另外算结合自由能的时候,反应物(游离的金属离子)必须加足够多的水饱和所有空配位点
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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