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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-3-6 14:28:22 | 只看该作者 Only view this author
如果你没有设置内存和核数的话,大概率是内存不足。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-6 14:54:04 | 只看该作者 Only view this author
zmqq 发表于 2024-3-6 14:21
各位老师同学好,最近在使用g16进行结构优化的过程中,总是算几步就自动终止,并且没有看到报错,不知道 ...

参考北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)的ppt:


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-6 15:10:12 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-3-6 14:28
如果你没有设置内存和核数的话,大概率是内存不足。

感谢老师的回复,我当时在目录里面已经设置了内存,就没有在输入文件里面额外输入了。

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发表于 Post on 2024-3-6 15:10:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-6 14:54
参考北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)的ppt:

感谢老师,我学习一下

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发表于 Post on 2024-3-7 10:22:18 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下,我想做一个金属离子在吸附剂上沿着不同路径运动时候势能面的扫描,这个应该怎么实现呢,?或者说金属离子位于吸附剂不同位置时候对应不同能量的差异该怎么实现呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-7 14:13:45 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2024-3-7 10:22
各位老师我想问一下,我想做一个金属离子在吸附剂上沿着不同路径运动时候势能面的扫描,这个应该怎么实现呢 ...

“对应不同能量的差异” 显然你有坐标就能算能量

“沿着不同路径运动” 没有具体信息没法判断你说的具体情况。有可能通过分子动力学模拟可以得到你想要的运动路径,这个过程中能量变化直接就顺带得到了。不知道你说的吸附剂具体是什么,大概率适合通过CP2K做AIMD模拟研究。
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发表于 Post on 2024-3-7 14:34:45 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian16 计算optical gap,一直不收敛

本帖最后由 AlexGerry 于 2024-3-7 14:37 编辑

老师们好,我正在用Gaussian16计算一个有机体系(132个原子)的optical gap,之前看过sob老师的帖子:正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 16758&fromuid=56169),用TD-DFT算一下激发态。现在已经跑了十天了,还是没有收敛,想知道是不是我设的方法和基组有问题,以下是我的输入文件



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发表于 Post on 2024-3-7 14:50:33 | 只看该作者 Only view this author
(1)你没设置并行计算所需核数,也没告诉大家是否在其他地方有设置。我只能默认你用1核,这样的话算10天是十分正常的。
(2)自己检查结构优化进度。用GaussView打开输出文件,检查能量和力的变化,如果离收敛甚远,或者一直在振荡,那就应该kill掉任务。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-7 14:51:52 | 只看该作者 Only view this author
AlexGerry 发表于 2024-3-7 14:34
老师们好,我正在用Gaussian16计算一个有机体系(132个原子)的optical gap,之前看过sob老师的帖子:正确 ...




没事甭写多余的norman,好好看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

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发表于 Post on 2024-3-7 20:59:02 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下用高斯结构优化的出来的各个原子电荷分布,可以直接用于定义lammps分子动力学里面原子所带电荷吗?

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发表于 Post on 2024-3-7 23:36:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-7 14:13
“对应不同能量的差异” 显然你有坐标就能算能量

“沿着不同路径运动” 没有具体信息没法判断你说的具 ...

老师我的意思是比如说类似于N-C-C-C-O这样的一个有机物,一个Fe离子沿着这个链,从N这个位点运动到O这个位点这个过程中铁离子和有机物结合能的变化,主要是想突出铁离子从一个原子到另一个原子这个过程能量的变化

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发表于 Post on 2024-3-8 00:00:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 KSeGaSn 于 2024-3-8 00:10 编辑

老师们好,请问在使用w调控的LC-PBE泛函优化激发态的时候,该如何使用DFT-D3校正呢?我目前计算的体系中存在一定的弱相互作用且不确定是否对激发态结构有明显影响,虽然之前用CAM-B3LYP结合DFT-D3BJ计算时确实不同结构的色散校正能量差异很小(~0.0005Eh)。

PS: 打扰了 在ORCA 5.0.4用TD做优化的时候计算梯度就报了Error: Invalid or unknown value for Exchange in DFT GXC Please try using LibXC instead! 但手册里提到TDDFT nuclear gradient是支持计算的(手册Figure 9.1下面)


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发表于 Post on 2024-3-8 00:43:43 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2024-3-7 17:00
老师们好,请问在使用w调控的LC-PBE泛函优化激发态的时候,该如何使用DFT-D3校正呢?我目前计算的体系中存 ...

个人觉得如果能找到一种现成的、有DFT-D3参数的范围分离泛函,是最好的。w调控对于DFT-D3参数的影响应该不好简单忽略,而且至少我不知道有没有什么办法能自动产生调控过w的泛函的DFT-D3参数,虽然借用类似泛函的DFT-D3参数可能是可行的,但是也得找到文献依据才好这么做。
报错信息说得很清楚了,Please try using LibXC instead,所以应当去看手册,如何让程序用LibXC库里面实现的你的这个泛函,而不是用ORCA自带的泛函库里的这个泛函,关键词怎么写手册说得非常清楚。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-3-8 01:17:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-8 00:43
个人觉得如果能找到一种现成的、有DFT-D3参数的范围分离泛函,是最好的。w调控对于DFT-D3参数的影响应该 ...

谢谢老师的解答,我确实暂且没找到某个w调控下的LC-PBE泛函用的D3参数;我之前是参考optw的文献,用的几何结构还是CAM-B3LYP+D3BJ优化后的,但我研究的一个分子在这个条件下计算同实验就有极大的差别,所以我是怕势能面形状根本就不对,就想类似用调控后的LC-wPBE+D3BJ重新优化,但这点看上去确实是行不通了。

调用libxc来实现这个新泛函我按照手册里的尝试一下。

另外多请教您,w调控这个手段,J^2或者J随着w是单调变化的吗?比如在常见的0.05~0.6之间其实有两个差别很大的w值,都对应很小的J值,此时算出来激发态的结果差距想必是比较大的,比如我注意到对我计算的分子而言,w值在一定区间内增大会导致激发能比较明显的蓝移。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-8 02:19:33 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2024-3-7 20:59
各位老师我想问一下用高斯结构优化的出来的各个原子电荷分布,可以直接用于定义lammps分子动力学里面原子所 ...

先要搞清楚原子电荷计算方法多了去了,仔细看
《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
要弄清楚什么样的原子电荷适合什么力场

比如Multiwfn算的RESP、RESP2(0.5)原子电荷适合用于AMBER/GAFF力场,看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html

Multiwfn算的1.2*CM5电荷适合用于OPLS-AA力场,看
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html

还有的力场,比如MMFF94,直接定义了计算原子电荷的方法。

所以不说力场问这个没意义
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