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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-3-30 16:22:05 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
体系为叔丁基蒽醌结构,蒽醌上的一个羰基氧带一个负电荷

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-30 16:34:28 | 只看该作者 Only view this author
gyp 发表于 2024-3-30 16:21
请问高斯如何建模这种带电体系并计算,小白刚学高斯,可以复现一些文献中不带电分子的HOMO LUMO轨道,但是 ...

照常计算。只需要设置整体的净电荷和自旋多重度,甭管带电状态用文字是怎么标注的
看下文最后一节
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-3-31 09:06:43 | 只看该作者 Only view this author
老师,学生想对DFT上一个单点的任务进行续算来节省一些时间,其中3TS2_sp_01是意外中断的任务,3TS2_sp_02是学生对任务续算所加的关键词:
原任务:
%chk=3TS2_sp_01.chk
%mem=18GB
# B3LYP/def2tzvp
方案1:
%chk=3TS2_sp_02.chk
%oldchk=3TS2_sp_01.chk
%mem=18GB
# B3LYP/def2tzvp guess=read
方案2:
%chk=3TS2_sp_02.chk
%oldchk=3TS2_sp_01.chk
%mem=18GB
# B3LYP/def2tzvp guess=read SCF=restart
老师,请问这两种关键词是否正确呢?
道友请留步

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-31 15:02:57 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2024-3-31 09:06
老师,学生想对DFT上一个单点的任务进行续算来节省一些时间,其中3TS2_sp_01是意外中断的任务,3TS2_sp_02 ...

如果是你连之前的SCF都没跑完,写# B3LYP/def2tzvp scf=restart
如果之前的SCF任务已经跑完了,写# B3LYP/def2tzvp guess=read
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-31 20:53:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-31 15:02
如果是你连之前的SCF都没跑完,写# B3LYP/def2tzvp scf=restart
如果之前的SCF任务已经跑完了,写# B3LY ...

感谢老师解惑
道友请留步

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发表于 Post on 2024-4-1 18:36:17 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,对于一般泛函来说,范围分离泛函(wb97xd或者cam-b3lyp)对CT跃迁的描述应该普遍好于非范围分离且HF成分较小的泛函。但我遇到一个情况,对于一个以苯并噻唑体系为母核的DAD长程共轭的有机小分子,他的垂直跃迁(s1-->s0过程)的电子/空穴重叠比,我是用wb97xd计算,为73,而PBE38计算,为61%,而B3LYP计算,为54%。反而是HF越小,计算出的CT程度越大,这种情况正常吗?还是说事实上范围分离泛函描述的“较小的CT”反而是比较合理的结果呢?

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发表于 Post on 2024-4-1 20:20:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moiumuio 于 2024-4-1 20:30 编辑

Hi,
I would like to ask does it make sense if I use basis set of 6-311G** for optimization and ma-tzvp(-f) (with BSSE) for SPE calculation considering my system is weak interaction one
thank you

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发表于 Post on 2024-4-1 23:29:52 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-4-1 11:36
各位老师好,对于一般泛函来说,范围分离泛函(wb97xd或者cam-b3lyp)对CT跃迁的描述应该普遍好于非范围分 ...

你的计算加了溶剂了吗?有没有用cLR?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-4-2 13:41:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2024-4-2 13:45 编辑
wzkchem5 发表于 2024-4-1 23:29
你的计算加了溶剂了吗?有没有用cLR?

我气相和溶剂都算了,趋势是一样的
在气相下,范围分离泛函计算出的电子/空穴重叠比,都比低HF成分泛函算出的电子/空穴重叠比要大(也就是低HF成分的泛函计算出的结果中,电荷分离情况更明显),计算都用的#P Functional/TZVP IOp(9/40=4)。
溶剂体系我只用了LR(SMD),结果相比气相,电子/空穴重叠比都下降了,但低HF成分泛函下降幅度更大。计算都用的#P Functional/TZVP SCRF(SMD,SOLVENT=THF) IOp(9/40=4)

再请教老师一个题外话:在普通泛函计算有机分子激发能时,cLR绝大多数情况都比LR要更加可靠吗(我看cLR比LR耗时也没增加多少,但是大多数人在计算考虑溶剂模型的激发能时,并没有刻意强调使用cLR)?

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发表于 Post on 2024-4-2 19:40:14 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-4-2 06:41
我气相和溶剂都算了,趋势是一样的
在气相下,范围分离泛函计算出的电子/空穴重叠比,都比低HF成分泛函 ...

可以看看LE、CT跃迁对应的轨道能级差的差别有多大,是否随HF比例的变化而变化。另外也可以留意,不同泛函算出来的激发态里的LE部分是不是都对应的同一对占据轨道/空轨道的激发,CT部分同理。
http://sobereva.com/543第一个图可以看到,单重态激发能主要由三项组成,轨道能级差、库伦积分和交换积分,对于TDDFT还要多一个XC kernel项,这个可以先不管。库伦积分和HF比例成正比(图里讲的是CIS而非TDDFT,因此没有体现),CT态的库伦积分小(因为i和a离得远),LE态的库伦积分大,这是HF比例增加导致CT相比LE的激发能越高的主要原因;交换积分和HF比例没有直接关系,只要轨道形状一样,交换积分必然一样。那么剩下的就是轨道能级差了,可以看看是不是轨道能级差随HF exchange比例变化的趋势和库伦积分的趋势相反

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Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-3 03:25:02 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-4-1 20:20
Hi,
I would like to ask does it make sense if I use basis set of 6-311G** for optimization and ma-t ...

Usually this combination is no problem.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-3 03:28:59 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-4-2 13:41
我气相和溶剂都算了,趋势是一样的
在气相下,范围分离泛函计算出的电子/空穴重叠比,都比低HF成分泛函 ...

“范围分离泛函(wb97xd或者cam-b3lyp)对CT跃迁的描述应该普遍好于非范围分离且HF成分较小的泛函” 这是对于CT态激发能而言的,这和算出来的CT百分比不是一码事。

对于LE激发,cLR不比LR有显著优势,cLR对于CT激发则明显更好。当成cLR普适性更好也可以。

cLR虽然远比特定态便宜,但也比LR贵了不少。而且cLR每次只能对指定的一个激发态使用,不像用LR那样直接就给出所有态的溶剂下的激发能了,所以cLR不适合绘制电子光谱的目的。

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发表于 Post on 2024-4-3 20:48:47 | 只看该作者 Only view this author
Hi,
I would like to ask if there were any solutions to calculate barrier height related to mixed solvent? (e.g. barrier height of reaction between pure DMF and mixture of water/DMF). I tend to do it separately and conclude that "the barrier height will lie between those levels" Is it a proper way to do so?
Thanks

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-3 21:40:41 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-4-3 20:48
Hi,
I would like to ask if there were any solutions to calculate barrier height related to mixed so ...

You can define mixed solvent for implicit solvation model in Gaussian, this point has been mentioned in my post http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html (Section 1.5)
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3045#
发表于 Post on 2024-4-4 00:21:01 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我想咨询一个非常基础的问题,请问对于四周期以后的、特别是过渡金属来说,进行DFT的计算时最低还可以选择2zeta系列的基组吗?尤其是像Kr之后的、def系列开始结合赝势的情况下,即使在几何优化中使用def2-SVP是否可以接受,因为这原则上还是属于应用SDD赝势,但def2-TZVP和def2-SVP的赝势基组区别还是很大的,此时应该如何考虑这样的问题呢?另外一点是在Gaussian中使用SDD赝势+SDD赝势基组这种默认搭配的时候,对过渡金属来说相当于def的哪一级赝势基组呢?

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