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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-4-9 21:44:41 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-9 13:23
请教各位老师,我计算的体系C8H14,审稿人建议“Increase the basis set size to cc-pVQZ and then extrapo ...

(1)这样有一个问题在于,虽然CCSD(T)/cc-pVQZ算C8H14算不动可以理解,但是DLPNO-CCSD(T)/cc-pVQZ肯定能算得动C8H14,即使用TightPNO也是如此。所以不如用DLPNO-CCSD(T)代替你这里公式里的MP2。再者,E(MP2, large-basis)里面的large-basis应当换成由E(small-basis)和E(large-basis)外推得到的CBS结果,否则你的结果只有cc-pVQZ的精度,而没有cc-pV5Z的精度。
(2)对
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2024-4-10 09:29:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-4-9 21:44
(1)这样有一个问题在于,虽然CCSD(T)/cc-pVQZ算C8H14算不动可以理解,但是DLPNO-CCSD(T)/cc-pVQZ肯定能 ...

谢谢王老师,因为体系里有不少双自由基,DLPNO-CCSD(T)是不是不太行呢?

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发表于 Post on 2024-4-10 11:27:15 | 只看该作者 Only view this author

请问如何画出如下这种可视化的图,谢谢大家。

请问如何画出如下这种可视化的图,谢谢大家。

przpOs.png (73.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

przpOs.png

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发表于 Post on 2024-4-10 11:32:04 | 只看该作者 Only view this author
CYLview软件可以

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发表于 Post on 2024-4-10 11:34:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2024-4-10 11:36 编辑

请教各位老师,我起初用CCSD(T)/cc-pVTZ//M06–2X/6-311G**计算了图示位置C-C键断裂的键解离能,审稿人说CCSD(T) is known to converge slowly with the basis set size, and the cc-pVTZ basis set might
not provide fully converged results for bond dissociation energies. ,并且建议之一是使用G4方法。但是用G4方法计算的时候,双自由基会优化成稳定的反应物结构,①这是不是说明G4方法不适用于当前体系键解离能的计算呢?②或者我该使用G4=SP?谢谢老师

202404101131175031..png (7.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-10 12:20:21 | 只看该作者 Only view this author
wintercherry 发表于 2024-4-10 11:27
请问如何画出如下这种可视化的图,谢谢大家。

使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画(视频演示)
http://sobereva.com/453http://bbs.keinsci.com/thread-11760-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-10 12:22:06 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-10 11:34
请教各位老师,我起初用CCSD(T)/cc-pVTZ//M06–2X/6-311G**计算了图示位置C-C键断裂的键解离能,审稿人说CC ...

用cc-pVQZ。算不动的话用CCSD(T)-F12/cc-pVDZ或者DLPNO-CCSD(T)
不建议用G4,这种组合方法不好控制和监控波函数的收敛
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-4-10 12:46:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-10 12:20
使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画(视频演示)
http://sobereva.com/453(http:/ ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-4-10 12:46:47 | 只看该作者 Only view this author

谢谢watfros老师

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糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-10 02:29
谢谢王老师,因为体系里有不少双自由基,DLPNO-CCSD(T)是不是不太行呢?

嗯,那确实不行。这样的话就用MP2辅助外推就行了,但是用MP2/CBS代替MP2/large-basis,其中MP2/CBS通过MP2/large-basis和MP2/small-basis外推得来。另外建议实际跑一个CCSD(T)/cc-pVQZ计算,如果确实发现因为内存不足等原因跑不动,就可以告诉审稿人说你试过了确实算不动
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本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2024-4-10 19:39 编辑
wzkchem5 发表于 2024-4-10 17:39
嗯,那确实不行。这样的话就用MP2辅助外推就行了,但是用MP2/CBS代替MP2/large-basis,其中MP2/CBS通过MP ...

先谢谢王老师。老师,我还有一些疑问想请教您,①您说的MP2/CBS是不是要先进行MP2/cc-pVTZ和MP2/cc-pVQZ计算,然后通过图片1外推得到MP2/CBS的HF能量;再通过图片2得到相关能的外推能量,二者相加就可以得到cc-pVTZ和cc-pVQZ外推的MP2/CBS的能量。②图片1里的E_SCF(N)和图片2里的E_corr(M)是相应MP2/cc-pVnZ和MP2/cc-pVmZ的out文件里得到的吗,具体是什么表示呢?E_SCF(N)是out文件末尾HF=后面的数值吗?那么E_corr(M)呢?谢谢老师

202404101924083928..png (36.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 70)

图片1 HF外推

图片1 HF外推

202404101938136025..png (34.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 63)

图片2 相关能外推

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发表于 Post on 2024-4-10 20:12:28 | 只看该作者 Only view this author

gaussview的results出错

使用xyz2QC拆分cluster.xyz,得最优结构1-ipa.gjf,使用gaussview6.1打开并勾选左下角选项,但results多数选项仍未灰色无法选择
cluster.xyz文件为molclus调用Gaussian优化后,使用isostat排序去重生成,均正常结束运行。

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发表于 Post on 2024-4-10 20:20:06 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-10 12:37
先谢谢王老师。老师,我还有一些疑问想请教您,①您说的MP2/CBS是不是要先进行MP2/cc-pVTZ和 ...

(1)对
(2)对。E_corr(M)就是MP2 correlation energy(注意不是MP2 total energy),只要懂英文,不难自行发现输出文件哪一行是这个数值
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-4-10 20:31:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-4-10 20:20
(1)对
(2)对。E_corr(M)就是MP2 correlation energy(注意不是MP2 total energy),只要懂英文,不 ...

王老师,外推计算出MP2/CBS后要代入这个图片里的Elarge-basis,①那么外推的MP2/CBS结果就是电子能量?②这个图片里的E也都指的是电子能量,例如Esmall-basis就是CCSD(T)/small-basis计算的out文件结尾处CCSD(T)=后的数值?

202404102030578955..png (10.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

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发表于 Post on 2024-4-10 20:31:44 | 只看该作者 Only view this author
应拖入输出文件,而非输入文件

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