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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-3-25 09:16:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-22 20:48
没有
了解足够多理论计算的背景知识,自然能理解主要内容
预计今年举办的北京科音高级量子化学里讲从头 ...

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-25 11:53:24 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-3-24 20:46
请问各位老师,在ORCA 5.0.3中,使用关键词
依然还会给出10个单重激发态的激发能,请问ORCA里使用这些关键 ...

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cokie + 2 感谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-25 11:54:33 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-3-25 01:38
Hi everyone,
I try to optimize transition metal complexes that are similar to this article "https:/ ...

It is best to upload your input and output file (output file should be compressed before uploading) for checking
formBX problem can be solved by adding "cartesian" in opt keyword.
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发表于 Post on 2024-3-25 20:43:27 | 只看该作者 Only view this author
老师,想跟您请教下,用高斯做二维柔性扫描,扫描两个键同时缩短的时候,要保证扫描的步长步数一致么。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-26 00:24:51 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2024-3-25 20:43
老师,想跟您请教下,用高斯做二维柔性扫描,扫描两个键同时缩短的时候,要保证扫描的步长步数一致么。

这不叫二维扫描。二维扫描没有什么所谓的同时缩短
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发表于 Post on 2024-3-26 16:11:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-24 22:02
文献给出的机理有哪些证据?如果是随手画的机理,没有做任何机理实验,也没有做计算验证的话,不要信。
...

谢谢老师答疑解惑,我会用DFT优化一下看下,再看看文献的依据是否可靠

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发表于 Post on 2024-3-27 13:05:52 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好!有关酶催化反应的问题:
       LinB是一种水解脱卤酶,主要用于卤代烷烃的脱卤,有充足文献证明其计算机理,有文献显示其能降解卤代酚(包括kegg数据库中也收录了这样的反应),但计算机理未知。
      
       机理显示当卤代烷和酶的活性位点对接时,是与卤素相连的碳与ASP124上带电的O相对接,卤素基团脱离形成双氢键,同时碳与氧形成C-O键的SN2反应
       我希望利用此机理来计算该水解酶降解邻溴苯酚的过渡态,做分子对接时发现溴酚的羟基总会和ASP124上带电氧形成氢键,导致卤素碳无法和氧对接,我利用b3lyp/6-31g*进行几何优化刚开始就报错。
       附上计算文件: ts2.gjf (20.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
       我的问题:1. 如果机理没问题,那么我是否需要调整分子对接的参数来调整对接位点;
                       2. 如果机理有问题,那么可能是哪里有问题(这是我通过宏基因数据找到唯一的水解脱卤酶),需要我自己来调整酶的结构吗;


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-28 00:21:21 | 只看该作者 Only view this author
junemu 发表于 2024-3-27 13:05
各位老师好!有关酶催化反应的问题:
       LinB是一种水解脱卤酶,主要用于卤代烷烃的脱卤,有充足文献 ...

这种一堆文字、有图有文件的情况不属于简单问题,应当单独发帖以引起更多人的关注
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发表于 Post on 2024-3-28 01:19:38 | 只看该作者 Only view this author
junemu 发表于 2024-3-27 06:05
各位老师好!有关酶催化反应的问题:
       LinB是一种水解脱卤酶,主要用于卤代烷烃的脱卤,有充足文献 ...

这里最大的问题在于,你给的机理是SN2机理,但卤代芳烃几乎不可能发生SN2取代。如果苯环上有强吸电子基,可能发生SN2Ar反应,但你也没有吸电子基。
建议首先确认一下,实验上邻溴苯酚的降解产物是不是水解产物。搞不好这个酶降解邻溴苯酚的产物不是邻苯二酚,而是苯酚或者邻苯醌

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-3-28 08:54:32 | 只看该作者 Only view this author

优化时能量异常

本帖最后由 @123 于 2024-3-28 09:09 编辑

各位老师好,我在进行优化的时候,本来该是-3700hartree左右的能量,结果变得相差很多,仔细检查了结构,没有多或少原子,电子数也是一样的,有的时候换别的电脑算能量又恢复正常了,请问这是什么原因?关键词如下



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发表于 Post on 2024-3-28 10:23:49 | 只看该作者 Only view this author
因为你有时候忘记写基组了,有时候写了上去。没写基组的时候,Gaussian默认STO-3G。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2024-3-28 11:41:12 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问为何“过渡金属(3d)配位化合物优化配位键长会比较适合纯泛函或者低HF成分的泛函”呢(根据博文http://sobereva.com/272)?
若配体是有机化合物,是否选用HF成分稍高,但可以较好描述有机化合物的B3LYP-D3BJ或PBE0-D3BJ会更好呢?

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发表于 Post on 2024-3-28 12:42:53 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-3-28 10:23
因为你有时候忘记写基组了,有时候写了上去。没写基组的时候,Gaussian默认STO-3G。

刚刚看了一下确实忘了加基组了,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-28 14:13:08 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-3-28 11:41
各位老师好,请问为何“过渡金属(3d)配位化合物优化配位键长会比较适合纯泛函或者低HF成分的泛函”呢(根据 ...

3d过渡金属配合物往往静态相关较强,因此描述其配位键本身就不适合HF成份高的。而且这种HF成份表现理想也是各种benchmark文章普遍的结论。不知道benchmark文章是什么的话看下文
谈谈量子化学研究中什么样的benchmark才有意义
http://sobereva.com/554http://bbs.keinsci.com/thread-17826-1-1.html

如果你关注的不是配位键、和中心金属有直接关系的问题,而更关注配体部分,那可以按你说的
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发表于 Post on 2024-3-28 15:29:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moiumuio 于 2024-3-29 13:27 编辑

Hi prof.
Is it possible for me to downgrade the basis set when I optimize different structures?
My situation are
1. Calculate intermolecular interaction between some monomers (about 50 atoms in total)
2. Structure of an entire polymer chain with long alkyl chains (about 500 atoms)
My plan is
For 1. optimize with B3LYP-D3BJ/6-311G** and calculate SP energy with B3LYP-D3BJ/6-311+G**
For 2. optimize with B3LYP-D3BJ/6-31G*

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