简单量子化学问题答疑专帖

hehe321123 · 发表于 Post on 2024-4-9 10:23:25

报错信息：
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 2523 IXCFnc= 35 ScaHFX= 0.100000 IDFTD=4
Error termination via Lnk1e in /share/home/wangmy/apps/g09/l301.exe at Tue Apr 9 09:53:05 2024.

计算方法：
# opt tpssh/def2svp em=gd3bj nosymm

希望各位老师能够指导一下，谢谢

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2024-4-9 10:48:09

请教各位老师，我用CCSD(T)/cc-pVTZ//M06–2X/6-311G**方法计算了一个反应体系，审稿人的意见如图，请问审稿人提到的“CCSD(T)/cc-pwCVTZ with core electrons frozen and CCSD(T)/cc-pwCVTZ with all electrons correlated”如何进行呢？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-9 11:11:52

hehe321123 发表于 2024-4-9 10:23
报错信息：
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.

DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

看上文自定义D3参数

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-9 11:12:49

糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-9 10:48
请教各位老师，我用CCSD(T)/cc-pVTZ//M06–2X/6-311G**方法计算了一个反应体系，审稿人的意见如图，请问审 ...

Gaussian默认就是冻核（core electrons frozen）
不冻核，即考虑所有电子的相关效应，写CCSD(T,full)
相应基组去BSE上拷定义使用

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2024-4-9 13:22:29

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2024-4-9 13:40 编辑

sobereva 发表于 2024-4-9 11:12
Gaussian默认就是冻核（core electrons frozen）
不冻核，即考虑所有电子的相关效应，写CCSD(T,full)
...

谢谢sob老师，还有些问题请教您①那么什么情况下需要考虑冻核近似对于计算的影响呢？②我算的就是氢提取和四元环C-C断键的开环裂解反应。C8H14，这样的分子考虑所有电子相关效应计算量大吗（64核的机子）？③能不能使用ORCA计算呢，就是ORCA能不能进行CCSD(T）冻核和不冻核的计算呢？谢谢您

candicechen · 发表于 Post on 2024-4-9 15:03:20

sobereva 发表于 2024-4-8 19:26
忘定义F的基组了
只要你看到原子间距离小得离谱，肯定是基组或赝势定义错误所致

谢谢sob老师！！

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2024-4-9 17:30:27

请教一下各位老师，我想要进行双自由基的CCSD(T)/cc-pwCVTZ 不冻芯计算。第一步UHF计算我的输入文件为“#p UHF/gen guess=mix stable=opt nosymm ”，自定义的cc-pwCVTZ基组附在坐标后慢；之后读取波函数继续
“#p CCSD(T,full) guess=read

title

0 1
坐标

自定义基组” 计算，但是很快就计算完了，不冻芯应该计算量更大才对。请老师们检查一下我的操作正确吗？谢谢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-9 17:46:07

糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-9 10:30
请教一下各位老师，我想要进行双自由基的CCSD(T)/cc-pwCVTZ 不冻芯计算。第一步UHF计算我的输入文件为“#p ...

计算多快？
不冻芯每步计算量大，但是迭代次数未必多。假如迭代次数变少很多，是有可能计算量减少的

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2024-4-9 19:20:01

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2024-4-9 19:36 编辑

wzkchem5 发表于 2024-4-9 17:46
计算多快？
不冻芯每步计算量大，但是迭代次数未必多。假如迭代次数变少很多，是有可能计算量减少的

老师您觉得输入文件正确吗？C8H14差不多五分钟就结束了，我放出输出文件您可以看看。这个out文件里 CCSD(T)=-307.8147878，和默认的冻芯计算-312.536869099379相差有点大呢.。老师我发现了一个问题，就是输入文件应该是#p CCSD(T,full) guess=read

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-9 19:38:38

糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-9 12:20
老师您觉得输入文件正确吗？C8H14差不多五分钟就结束了，我放出输出文件您可以看看。这个out文件里 CCSD( ...

基组没有指定正确吧，导致程序用了默认的STO-3G基组

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2024-4-9 19:41:01

wzkchem5 发表于 2024-4-9 19:38
基组没有指定正确吧，导致程序用了默认的STO-3G基组

王老师，我就是从BSE拷过来的基组，开始UHF的输入文件是，不对吗？
%chk=CV-gauche1.chk
%nprocs=8

#p UHF/gen guess=mix stable=opt nosymm

FROM gauche1_2-1.out
cc-pwCVTZ

0 1
省略坐标

C    0
S 1 1.00
   8.828000             1.000000
S 10 1.00
8236.0000000             0.0005310
1235.0000000             0.0041080
280.8000000             0.0210870
   79.2700000             0.0818530
   25.5900000             0.2348170
   8.9970000             0.4344010
   3.3190000             0.3461290
   0.9059000             0.0393780
   0.3643000          -0.0089830
   0.1285000             0.0023850
S 1 1.00
   3.474000             1.000000
S 1 1.00
   0.9059000             1.0000000
S 10 1.00
8236.0000000          -0.0001130
1235.0000000          -0.0008780
280.8000000          -0.0045400
   79.2700000          -0.0181330
   25.5900000          -0.0557600
   8.9970000          -0.1268950
   3.3190000          -0.1703520
   0.9059000             0.1403820
   0.3643000             0.5986840
   0.1285000             0.3953890
S 1 1.00
   0.1285000             1.0000000
P 1 1.00
   21.55200             1.000000
P 1 1.00
   5.442000             1.000000
P 1 1.00
   0.3827000             1.0000000
P 5 1.00
   18.7100000             0.0140310
   4.1330000             0.0868660
   1.2000000             0.2902160
   0.3827000             0.5010080
   0.1209000             0.3434060
P 1 1.00
   0.1209000             1.0000000
D 1 1.00
   4.950000             1.000000
D 1 1.00
   1.0970000             1.0000000
D 1 1.00
   0.3180000             1.0000000
F 1 1.00
   0.7610000             1.0000000
****

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2024-4-9 19:45:53

wzkchem5 发表于 2024-4-9 17:46
计算多快？
不冻芯每步计算量大，但是迭代次数未必多。假如迭代次数变少很多，是有可能计算量减少的

老师，我忘记加gen关键词了

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2024-4-9 20:23:05

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2024-4-9 20:30 编辑

请教各位老师，我计算的体系C8H14，审稿人建议“Increase the basis set size to cc-pVQZ and then extrapolate from cc-pVTZ and cc-pVQZ to reach the cc-pV5Z answer”，计算成本有点大，我可不可以①选择如图所示的近似外推？即只需要计算MP2水平的cc-pVTZ和cc-pVQZ两种基组的能量，再结合本来就算好的CCSD(T)/cc-pVTZ的能量。②我这个体系涉及双自由基，双自由基计算单点能的话，MP2方法下第一步构造初猜波函数的输入文件怎么写呢，是第一步#p UHF cc-pVTZ guess=mix stable=opt nosymm，然后#p UMP2 guess=read geom=allcheck 吗？还是谢谢老师

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2024-4-9 21:37:41

请教各位老师，双自由基如何做 “CCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12” 计算呢？尤其是第一步构造稳定初猜波函数的时候，输入文件怎么写呢？谢谢各位老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-9 21:41:47

糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-9 14:37
请教各位老师，双自由基如何做 “CCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12” 计算呢？尤其是第一步构造稳定初猜波函数的时 ...

构造稳定初猜波函数的方法和是否做F12计算无关

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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