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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-3-21 17:01:33 | 只看该作者 Only view this author

[小白求助]g09在linux上明明设置了核数,但是还是只有一个核在跑

各位老师好,Default.Route文件和输入文件都设置了核数和内存,但是还是只有一个核在跑,麻烦各位老师指导一下。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-21 17:09:51 | 只看该作者 Only view this author
1620034217 发表于 2024-3-21 17:01
各位老师好,Default.Route文件和输入文件都设置了核数和内存,但是还是只有一个核在跑,麻烦各位老师指导 ...

CPU占用率接近600%,显然已经6核并行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2024-3-21 17:10:44 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,找过渡态和用IRC进行验证是否需要相同的积分格点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-21 21:44:26 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2024-3-21 17:10
老师您好,找过渡态和用IRC进行验证是否需要相同的积分格点?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-21 23:30:02 | 只看该作者 Only view this author
1620034217 发表于 2024-3-21 10:01
各位老师好,Default.Route文件和输入文件都设置了核数和内存,但是还是只有一个核在跑,麻烦各位老师指导 ...

高斯这种OpenMP并行的程序,是显示一个进程,但%CPU大于100%,接近N*100%(N为并行的核数)。这个和ORCA等MPI并行的程序不同,MPI并行的程序是显示N个进程,每个进程的%CPU接近100%。此外还有OpenMP、MPI混合并行的程序,显示多个进程,每个进程的%CPU大于100%。
不能把一个程序看top的方法简单套用到另一个程序上面
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-3-22 10:20:03 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2024-3-22 15:58:28 | 只看该作者 Only view this author

输入格式错误

请问大家我这个错误要咋改正啊?第一次用orca

7eadae1b601df7104c6a2781c94c564.png (12.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

7eadae1b601df7104c6a2781c94c564.png

0334a3f394aae0a8cecb9fcb407c649.png (21.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-22 16:10:19 | 只看该作者 Only view this author
Lzw1281 发表于 2024-3-22 15:58
请问大家我这个错误要咋改正啊?第一次用orca

自行看手册,弄清楚怎么定义D3、怎么写泛函名
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-22 16:11:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-22 16:10
自行看手册,弄清楚怎么定义D3、怎么写泛函名

好嘞sob老师

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发表于 Post on 2024-3-22 17:36:45 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,我刚拜读了您的文章(http://sobereva.com/597),讲的是利用簇模型算蛋白质-分子模型,有一些不懂的问题想请教一下:
1.您在文中提到“从蛋白质-小分子复合物中挖团簇可以用VMD模型”,我想请教蛋白质模型和蛋白质-小分子复合物该怎么获得?
2.我想做酶催化反应的反应机理,请问顺序是不是应该是这样:获得蛋白质模型-得到蛋白质小分子复合物-利用VMD获得簇模型-手动修饰(删原子,补氢等)-冻结边缘碳-PM6初猜过渡态-DFT优化

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发表于 Post on 2024-3-22 17:50:27 | 只看该作者 Only view this author
junemu 发表于 2024-3-22 10:36
卢老师好,我刚拜读了您的文章(http://sobereva.com/597),讲的是利用簇模型算蛋白质-分子模型,有一些不 ...

1. 蛋白和蛋白-小分子复合物都有晶体结构的,取晶体结构;蛋白有晶体结构,蛋白-小分子复合物没有的,用分子对接预测蛋白-小分子复合物结构;蛋白没有晶体结构,蛋白-小分子复合物有的,往往可以简单地把小分子从蛋白-小分子复合物里面抠掉来得到蛋白的结构,但需要小心蛋白在结合小分子的时候是否有大幅度的构象变化;蛋白和蛋白-小分子复合物都没有晶体结构的,用AlphaFold预测蛋白结构,再用分子对接把小分子对接进去。不过做酶催化经常不研究底物进入酶pocket的过程(因为这一步本来也不好算准),此时可以不需要算没结合小分子的酶
2. 理想情况下应该用MD把结构预平衡一下,再截取簇,尤其在蛋白-小分子复合物没有晶体结构的情况下更是如此,小分子对接进去以后难免会扰动周围蛋白残基的位置。如果有条件的话,截取簇以后的预优化尽量用GFN2-xTB,PM6的精度比GFN2-xTB差,算得还慢
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-3-22 17:51:29 | 只看该作者 Only view this author
Lzw1281 发表于 2024-3-22 08:58
请问大家我这个错误要咋改正啊?第一次用orca

一个泛函在文章里的写法和在输入文件里的写法经常是不一致的,这点不仅对于orca成立,对于几乎所有量化软件都成立
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2024-3-22 19:13:43 | 只看该作者 Only view this author
老师好,有没有网站解释xtb的高温MD的输出文件?很多输出信息看不懂是什么意思,这些输出信息哪些才是最重要的?

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发表于 Post on 2024-3-22 19:38:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-22 17:50
1. 蛋白和蛋白-小分子复合物都有晶体结构的,取晶体结构;蛋白有晶体结构,蛋白-小分子复合物没有的,用 ...

感谢老师!这对我帮助很大,我现在去学习涉及到的知识。

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发表于 Post on 2024-3-22 19:46:28 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我在LINUX系统进行结构优化,提交直接报错,但是会出log文件,是因为我的泛函有问题,还是结构有问题。还是因为结构不收敛,需要添加赝势基组,感谢回答!

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本版积分规则 Credits rule

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