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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-3-22 19:53:12 | 只看该作者 Only view this author
C9999 发表于 2024-3-22 19:46
各位老师,我在LINUX系统进行结构优化,提交直接报错,但是会出log文件,是因为我的泛函有问题,还是结构有 ...

The combination of multiplicity 1 and   231 electrons is impossible.
错误提示很清楚了,检查电荷和自旋多重度。
当前体系为中性,电荷0,自旋多重度1。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-22 20:48:01 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2024-3-22 19:13
老师好,有没有网站解释xtb的高温MD的输出文件?很多输出信息看不懂是什么意思,这些输出信息哪些才是最重 ...

没有
了解足够多理论计算的背景知识,自然能理解主要内容
预计今年举办的北京科音高级量子化学里讲从头算动力学的部分专门有一部分讲xtb做动力学模拟
已经举办了3届的北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里讲第一性原理动力学的部分专门有CP2K跑GFN-xTB做高温模拟的例子,以及CP2K做第一性原理动力学的非常详细的讲解
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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发表于 Post on 2024-3-23 12:12:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 C9999 于 2024-3-23 12:22 编辑
sai77 发表于 2024-3-22 19:53
The combination of multiplicity 1 and   231 electrons is impossible.
错误提示很清楚了,检查电荷 ...

Sob老师但是我鉴定肽段给的数据说带一个正电荷

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发表于 Post on 2024-3-23 15:26:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2024-3-23 17:32 编辑

想请教一下各位老师,pople基组,我看到BSE上显示,它们对副族并没有定义,为什么在算一些含有副族元素配合物(比如含Zn,含Fe)并使用类似6-311G**这种基组的时候,并没有报比如“Zn/Fe元素没有定义”之类的错误,并且可以顺利完成优化呢?

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发表于 Post on 2024-3-23 16:32:49 | 只看该作者 Only view this author
C9999 发表于 2024-3-23 05:12
Sob老师但是我鉴定肽段给的数据说带一个正电荷

什么叫“鉴定肽段”?什么程序鉴定的?
自旋多重度设对了吗?该加的氢原子都加了吗?质子化状态画对了吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-3-23 17:23:17 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好!我按照327博文(http://sobereva.com/327)中推荐的流程计算溶剂环境下溶质自由能,请问可以使用[单点级别]//[优化级别]//M05-2X/6-31G(d)-SMD(溶剂)来简略表示理论级别吗(放在图注中)?
如:PBE0-D3(BJ)/def2-TZVP//PBE0-D3(BJ)/def2-SVP-SMD(DMF)//M05-2X/6-31G(d)-SMD(DMF)
另外QRRHO需要在其中提现出来吗?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-23 21:48:31 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-3-23 15:26
想请教一下各位老师,pople基组,我看到BSE上显示,它们对副族并没有定义,为什么在算一些含有副族元素配合 ...

Gaussian开发者为了让程序里的6-311G系列能涵盖更多元素,把其他人搞的其它元素的基组也对应上了6-311G关键词。手册里有说明来源

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-23 21:49:39 | 只看该作者 Only view this author
做镍人 发表于 2024-3-23 17:23
各位老师好!我按照327博文(http://sobereva.com/327)中推荐的流程计算溶剂环境下溶质自由能,请问可以使 ...

文献里没有用两次//的表示,容易引起混淆,不建议这么表述。直接在computational details里文字描述怎么算的就完了。若用了QRRHO需要文字描述一下
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发表于 Post on 2024-3-24 16:51:04 | 只看该作者 Only view this author
怎么把opt=modredundant和opt(recalc=3)两个opt关键词一起写在一个计算输入文件里
The end.

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发表于 Post on 2024-3-24 17:13:19 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-3-24 09:51
怎么把opt=modredundant和opt(recalc=3)两个opt关键词一起写在一个计算输入文件里

opt(modredundant,recalc=3)
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-3-24 19:43:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-24 17:13
opt(modredundant,recalc=3)

好的,谢谢老师
The end.

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发表于 Post on 2024-3-24 20:46:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2024-3-25 09:28 编辑

请问各位老师,在ORCA 5.0.3中,使用关键词
  1. %tddft
  2. nroots 10
  3. IROOT 1
  4. IROOTMULT TRIPLET
复制代码

依然还会给出10个单重激发态的激发能,请问ORCA里使用这些关键词是否和在Gaussian里使用td(triplets,root=1,nstates=10)效果一样,只是额外输出了10个单重态激发能吗?

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发表于 Post on 2024-3-24 21:22:08 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我利用autodock获得水解脱卤酶蛋白质-邻溴苯酚复合物的过程中发现邻溴苯酚和水解酶结合的活性位点和预期不符:
根据文献中活性位点有两个N-H键,一个C=O键,设想是邻溴苯酚的溴离子和两个N-H键形成双氢键,保证溴离子脱离之后能稳定存在,失去溴的C和C=O键结合,但实际对接中永远是羟基和C=O形成氢键,导致反应无法进行下去,
请问这种情况下我可以先加水分子让氢键饱和,在让水分子-蛋白质复合物和邻溴苯酚再进行分子对接吗,还是说是文献给出的机理有问题。
预想:

实际:

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发表于 Post on 2024-3-24 22:02:39 | 只看该作者 Only view this author
junemu 发表于 2024-3-24 14:22
各位老师,我利用autodock获得水解脱卤酶蛋白质-邻溴苯酚复合物的过程中发现邻溴苯酚和水解酶结合的活性位 ...

文献给出的机理有哪些证据?如果是随手画的机理,没有做任何机理实验,也没有做计算验证的话,不要信。
另外,C-Br键断裂的时候Br形成双氢键,不代表反应前也形成双氢键。我不知道你这个酶水解的机理,假如比如说涉及单电子转移机理的话,可能电子转移到底物以后,底物分子的取向才发生变化,使得Br和N-H形成氢键。
最后,分子对接用的不管是打分函数,还是分子力场,精度都是很低的,必须用DFT优化结构以后才能确定真实的复合物结构。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2024-3-25 01:38:11 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
I try to optimize transition metal complexes that are similar to this article "https://doi.org/10.1038/s41557-018-0200-y". However, every time I optimize those, the results always have Formbx problem or defragmented. Are there any solutions for this problem?
thanks in advance

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