计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3046#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-4 02:12:31 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2024-4-4 00:21
老师们好,我想咨询一个非常基础的问题,请问对于四周期以后的、特别是过渡金属来说,进行DFT的计算时最低 ...

几-zeta和第几周期没直接关系

如果是d族过渡金属,几何优化的目的用def2-SVP比SDD赝势结合标配赝势基组或Lanl2TZ往往差一些,对这些元素个人不怎么推荐用def2-SVP。SDD和def系列没有简单对应关系,可以自行对比基组定义了解相对大小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

245

帖子

0

威望

780

eV
积分
1025

Level 4 (黑子)

3047#
发表于 Post on 2024-4-4 10:55:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-4 02:12
几-zeta和第几周期没直接关系

如果是d族过渡金属,几何优化的目的用def2-SVP比SDD赝势结合标配赝势基 ...

好的,谢谢老师,我还以为def系列用SDD作为Kr之后的标配是直接挪用的,比较之后发现完全不同 所以产生了一定的疑惑。

12

帖子

0

威望

71

eV
积分
83

Level 2 能力者

3048#
发表于 Post on 2024-4-5 15:44:26 | 只看该作者 Only view this author

oaca和gs的NTO

最近在用oaca计算的旋轨偶极矩,于是想顺便的输出的分子轨道来分析NTO,想请教下大家orca的NTO和高斯计算激发态的NTO会不会差别太大,哪一个比较准确?

4289

帖子

4

威望

9541

eV
积分
13910

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

3049#
发表于 Post on 2024-4-5 16:23:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-4-5 16:29 编辑

两个软件的名字都打错,也是厉害。是ORCA,  Gaussian,不是oaca和gs。没有“旋轨偶极矩”,倒是有旋轨耦合、偶极矩。

“输出的分子轨道来分析NTO”这说法是不对的,顶多只能说输出基态->某一激发态的NTO,然后分析NTO。试想一下,若你输出一套基态轨道,怎么可能分析NTO呢?风马牛不相及。

相同计算级别下,关键词合理时,ORCA与Gaussian的NTO是几乎一样的,可以互相复现,不同程序之间只是具体实现不一样,没有谁更准确之说。对于个别方法ORCA支持、但Gaussian不支持,没法计算的,这种自然不能互相复现。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

12

帖子

0

威望

71

eV
积分
83

Level 2 能力者

3050#
发表于 Post on 2024-4-5 16:31:16 | 只看该作者 Only view this author
在orca执行文件中加入donot指令后,结果只输出S1-S10的NTO,想请问下为什么没有T1-T10的?

202404051629535823..png (55.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202404051629535823..png

1

帖子

0

威望

11

eV
积分
12

Level 1 能力者

3051#
发表于 Post on 2024-4-6 12:15:04 | 只看该作者 Only view this author

理论计算HOMO分布

本帖最后由 yangyajie 于 2024-4-6 12:17 编辑

均是高度对称结构的分子,用Guassview在相同的基组下计算他们HOMO的离域分布,两个分布在单侧,一个分布在一侧,哪一种正确

44

帖子

0

威望

687

eV
积分
731

Level 4 (黑子)

3052#
发表于 Post on 2024-4-6 14:59:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lyy1 于 2024-4-6 15:12 编辑

各位老师们好,有个关于激发能=Egap-激子结合能的问题。e@C60F60的第一激发态对应HOMO-LUMO激发, 用的是TD,IOP(9/40=3),输出结果用multiwfn在中等格点基础上算了此激发态的激子结合能,为什么会出现homo-lumo gap与激子结合能之差与此时的激发能结果差距大的情况呢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3053#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-7 05:15:54 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2024-4-6 14:59
各位老师们好,有个关于激发能=Egap-激子结合能的问题。e@C60F60的第一激发态对应HOMO-LUMO激发, 用的是TD ...

激子激发能定义不同
Multiwfn手册介绍空穴-电子分析的部分明确说了

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3054#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-7 05:56:33 | 只看该作者 Only view this author
yangyajie 发表于 2024-4-6 12:15
均是高度对称结构的分子,用Guassview在相同的基组下计算他们HOMO的离域分布,两个分布在单侧,一个分布在 ...

计算轨道的是Gaussian而不是GaussView。而且没有叫Guassview的东西,好好看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

算出来是什么样就是什么样。前线轨道简并或几乎简并的时候关注这个问题没意义,此时只关注单一HOMO会造成严重误导
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

44

帖子

0

威望

202

eV
积分
246

Level 3 能力者

3055#
发表于 Post on 2024-4-7 23:08:54 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian09输入文件关键词报错

输入文件是这样的
%chk=5aa-w-es-optfreq.chk
%nprocshared=14
%mem=14GB
#p td opt freq wB97XD-D2/6-311+g(d,p) scrf=(solvent=water) empiricaldispersion=gd3




输出的log文件报错
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p td opt freq wB97XD-D2/6-311+g(d,p) sc
                       '
Last state= "GCL"
TCursr=      3880 LCursr=        22
Error termination via Lnk1e in /home/apps/G16_C01/AVX2/g16/l1.exe at Sun Apr  7 22:16:11 2024
求大佬们指点一下,谢谢大家

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3056#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-7 23:12:03 | 只看该作者 Only view this author
ttdycb 发表于 2024-4-7 23:08
输入文件是这样的
%chk=5aa-w-es-optfreq.chk
%nprocshared=14

本来wB97XD就已经自带D2了,还写-D2、加D3作甚
别凭感觉瞎写,必须看手册
并且仔细看此文
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

44

帖子

0

威望

202

eV
积分
246

Level 3 能力者

3057#
发表于 Post on 2024-4-7 23:22:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-7 23:12
本来wB97XD就已经自带D2了,还写-D2、加D3作甚
别凭感觉瞎写,必须看手册
并且仔细看此文

谢谢sob老师,刚学习量子化学,以后会好好看手册的

33

帖子

0

威望

219

eV
积分
252

Level 3 能力者

3058#
发表于 Post on 2024-4-8 18:16:54 | 只看该作者 Only view this author

高斯结构优化遇到L502报错

各位老师们,我在优化一个钴的金属配合物,log文件最后报错 Error termination via Lnk1e in /opt/data/sfinstall/G16A03//g16/l502.exe;打开chk文件发现苯环在优化过程中异构了,我的输入文件如下,请问这是哪里出差错了呢?

202404081816318185..png (37.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

202404081816318185..png

Co3-mid-1.gjf

2.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

16

帖子

0

威望

229

eV
积分
245

Level 3 能力者

3059#
发表于 Post on 2024-4-8 18:56:01 | 只看该作者 Only view this author
F的基组

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3060#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-8 19:26:41 | 只看该作者 Only view this author
candicechen 发表于 2024-4-8 18:16
各位老师们,我在优化一个钴的金属配合物,log文件最后报错 Error termination via Lnk1e in /opt/data/sfi ...

忘定义F的基组了
只要你看到原子间距离小得离谱,肯定是基组或赝势定义错误所致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 16:05 , Processed in 0.284983 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list