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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-4-15 21:18:16 | 只看该作者 Only view this author
kun 发表于 2024-4-15 19:53
你好,我把逗号和横线都删除,可以跑运算了,但是跑了几秒钟又突然终止,出现了下面的提示
>>>>>>>>>>  ...

看卢老师博文《解决SCF不收敛问题的方法》。

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发表于 Post on 2024-4-15 23:17:40 | 只看该作者 Only view this author

求助:高斯优化分子结构,分子出现了变形

在chemdraw里建了分子模型,经过高斯优化结构后,分子结构出现严重扭曲,有些分子的位置不对,请各位老师帮忙解答一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-16 00:37:56 | 只看该作者 Only view this author
kun 发表于 2024-4-15 23:17
在chemdraw里建了分子模型,经过高斯优化结构后,分子结构出现严重扭曲,有些分子的位置不对,请各位老师帮 ...

输入文件给出来再说

8成是自定义基组错误,导致有的原子没定义基组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-16 00:38:18 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-15 09:31
请教各位老师,采用G4=SP计算单点能,正常运行结束。但是out文件末尾结果显示情况如图所示,这是不是有问题 ...

就该这样
仔细看G4原文搞清楚它的电子能量是怎么定义的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-16 00:47:32 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2024-4-15 09:54
社长好,请教一个分子轨道计算的问题。A B分子1:1在某晶体中平行堆叠形成共晶。最近我计算了某共晶晶体中 ...

光通过HOMO、LUMO分布讨论是很不严格、往往可能导致错误的结论
比如可能HOMO在A上、HOMO-1在B上,而且二者能量相差极小,此时光拿HOMO说事显然非常不妥。用那些不仅仅依赖一个前线轨道的方法讨论可以避免这种问题,例如用Multiwfn的空穴-电子分析讨论电子激发(而不仅仅看HOMO、LUMO)、讨论导电时用CP2K支持的CDFT等较严格方法算电子耦合(而不仅仅基于HOMO-HOMO、LUMO-LUMO算转移积分)、讨论反应位点时用Multiwfn算福井函数/轨道权重福井函数/ALIE/LEAE/双描述符等(等不只是根据前线轨道理论看HOMO、LUMO的分布)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-16 03:48:25 | 只看该作者 Only view this author
XiaoZeng 发表于 2024-4-15 10:33
大佬们,请问一下优化结构收敛,频率计算确收敛不了是怎么回事,这要怎么改?(我的体系过渡金属掺杂硼团簇 ...

说清楚具体什么不收敛,说不清楚就上传输出文件
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发表于 Post on 2024-4-16 09:32:22 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2024-4-15 21:18
看卢老师博文《解决SCF不收敛问题的方法》。

好的,谢谢

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发表于 Post on 2024-4-16 09:43:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-16 00:38
就该这样
仔细看G4原文搞清楚它的电子能量是怎么定义的

谢谢社长。但是我是在热力学组合方法关键词后面写了=SP,G4Energy=后面的数值和另一个不加SP计算的电子能量( G4(0 K)减去ZPE)完全就不在一个量级,就该这样吗?

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发表于 Post on 2024-4-16 12:48:15 | 只看该作者 Only view this author

求助:l906报错

请问,gaussian计算l906报错怎么解决?在36核机子150G内存上计算15个原子的单点,基组def2qzvpp下报错l906,def2tzvpp基组下正常。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-16 14:45:29 | 只看该作者 Only view this author
limen 发表于 2024-4-16 12:48
请问,gaussian计算l906报错怎么解决?在36核机子150G内存上计算15个原子的单点,基组def2qzvpp下报错l906 ...


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糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-16 09:43
谢谢社长。但是我是在热力学组合方法关键词后面写了=SP,G4Energy=后面的数值和另一个不加SP计算的电子能 ...

拿具体输出文件说事
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发表于 Post on 2024-4-16 15:35:38 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好!我现在在使用高斯进行一个过渡金属配合物催化过程的过渡态搜索。目前已知反应物和产物,但是高斯计算结果报错:Error termination via Lnk1e in /opt/data/sfinstall/G16A03//g16/l502.exe,查看log文件后发现结构完全不符合预期,恳请各位老师指教;以下是我的输入文件和输出文件。

202404161535341430..png (45.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202404161535341430..png

CO3-ts-2.gjf

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CO3-ts-2.zip

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发表于 Post on 2024-4-16 19:06:58 | 只看该作者 Only view this author
candicechen 发表于 2024-4-16 15:35
各位老师好!我现在在使用高斯进行一个过渡金属配合物催化过程的过渡态搜索。目前已知反应物和产物,但是高 ...

B和O没有指定基组

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发表于 Post on 2024-4-16 20:49:43 | 只看该作者 Only view this author

chk转化formchk出现Permission denied错误

第一次用高斯进行DFT仿真,想咨询一下chk转formchk出现Permission denied错误,应该怎么处理?谢谢~

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发表于 Post on 2024-4-17 00:39:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-12 05:09
For geometry optimization and frequency analysis purpose, using ma-def2-SVP for other atoms is als ...

Hi prof.
If there is existence of other anions (like cyanide CN-) and the impact of Iodine anion on the overall structure is not large at all. Should I use ma-def2-svp for all atoms, or are there any other recommendations?

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