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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-4-10 20:41:13 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2024-4-10 13:31
王老师,外推计算出MP2/CBS后要代入这个图片里的Elarge-basis,①那么外推的MP2/CBS结果就是 ...

对。你肯定清楚你最后要求的结果(公式左边)是电子能,计算电子能只需要电子能,不可能需要诸如零点能、自由能校正之类的东西,所以公式右边的所有能量都只可能是电子能
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-4-10 20:46:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-4-10 20:41
对。你肯定清楚你最后要求的结果(公式左边)是电子能,计算电子能只需要电子能,不可能需要诸如零点能、 ...

好的,谢谢王老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-10 22:35:48 | 只看该作者 Only view this author
喵喵喵喵? 发表于 2024-4-10 20:12
使用xyz2QC拆分cluster.xyz,得最优结构1-ipa.gjf,使用gaussview6.1打开并勾选左下角选项,但results多数 ...

gjf里当然没有结果,自然选不了result
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-4-10 23:51:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moiumuio 于 2024-4-11 00:04 编辑

Hi everyone,
I have a cation-anion reaction that involves iodine anion. I tend to use lanl08(d) because the original paper stated that it has diffuse function or I should use ma-SVP for optimization process? will lanl08(d) cost less than ma-svp? (other atoms I use 6-311G**)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-11 01:07:41 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-4-10 23:51
Hi everyone,
I have a cation-anion reaction that involves iodine anion. I tend to use lanl08(d) bec ...

lanl08(d) doesn't have diffuse function, only LANL2TZ+ and LANL08+ have diffuse functions for transition metals.

Use ma-def2-SVP for iodine anion for geometry optimization purpose, and ma-def2-TZVP for single point energy evaluation.
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发表于 Post on 2024-4-11 10:15:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moiumuio 于 2024-4-11 10:20 编辑

sobereva 2024-4-11 01:07
lanl08(d) doesn't have diffuse function, only LANL2TZ+ and LANL08+ have diffuse functions for tran ...


Thank you prof.. On BSE site they write that it has diffuse function, so it made me confused :(
BTW, I use 6-311G** for other atoms and ma-def2-svp for Iodine anion, or use ma-def2-SVP for every atoms since other reactants don't have negative charge?

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发表于 Post on 2024-4-11 10:48:41 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问在用Gaussian 16模拟纯有机聚合物性质(如HOMO-LUMO分布,分子光谱等)的时候,对于优化/单点能等任务,对比PBC-DFT寡聚物用氢(或甲基)封端这两种手段,哪种更好一些呢?在我学习到的一些光电相关文章(有机聚合物)几乎全部都是用寡聚物封端的方法,极少有人用到PBC-DFT,是否可以代表绝大多数情况下,寡聚物封端的方法更加可靠和普适呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-12 05:09:37 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-4-11 10:15
sobereva 2024-4-11 01:07
lanl08(d) doesn't have diffuse function, only LANL2TZ+ and LANL08+ have di ...

For geometry optimization and frequency analysis purpose, using ma-def2-SVP for other atoms is also acceptable, but the diffuse functions are redundant and increase computational cost significantly.
So, "6-311G** for other atoms and ma-def2-svp for Iodine anion" is best choice.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-12 05:10:52 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-4-11 10:48
各位老师好,请问在用Gaussian 16模拟纯有机聚合物性质(如HOMO-LUMO分布,分子光谱等)的时候,对于优化/ ...

原理上,做周期性计算最为理想
当成寡聚物计算最大问题是需要做结果随重复单元数目的收敛性测试。而且如果要得到无穷长的聚合物的性质,往往还得做额外的外推,麻烦。
PBC-DFT计算方式你见得少是因为你文献搜索得不充分,以及很多人只会用量化程序而被迫用有限长度模型,以及有些计算和分析只在主流量化程序里有而第一性原理程序里普遍不支持。此外,有的文章目的就是计算有限长度的寡聚物(例如我之前的RSC Adv., 2013, 3, 25881,以及http://sobereva.com/679介绍的文章)。将聚合物当周期性做DFT计算,用CP2K就很理想,有免费又快功能又全。
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发表于 Post on 2024-4-15 09:31:41 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,采用G4=SP计算单点能,正常运行结束。但是out文件末尾结果显示情况如图所示,这是不是有问题呢?

202404150931004634..png (52.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 64)

202404150931004634..png

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发表于 Post on 2024-4-15 09:54:33 | 只看该作者 Only view this author
社长好,请教一个分子轨道计算的问题。A B分子1:1在某晶体中平行堆叠形成共晶。最近我计算了某共晶晶体中抽取的1:1团簇时候发现,HOMO LUMO仅在其中一个分子上出现。和那些HOMO LUMO分布在不同分子上的晶体比较起来,这个可以推断出什么结论,比如激发行为,导电行为等?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2024-4-15 10:33:11 | 只看该作者 Only view this author

优化和频率计算的问题

大佬们,请问一下优化结构收敛,频率计算确收敛不了是怎么回事,这要怎么改?(我的体系过渡金属掺杂硼团簇,关键词为:# PBE1PBE/def2tzvp freq int=ultrafine SCF=maxcyc)

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发表于 Post on 2024-4-15 16:31:29 | 只看该作者 Only view this author

求助:在GaussView中进行计算终止问题

本帖最后由 kun 于 2024-4-15 17:22 编辑


请教各位老师,在chem3d中进行了分子能量最小化之后,用GaussView5.0中进行半经验计算出现下图的问题,查看输出文件也没提醒是哪里错误

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发表于 Post on 2024-4-15 18:55:44 | 只看该作者 Only view this author
好像是逗号引起的问题?

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发表于 Post on 2024-4-15 19:53:39 | 只看该作者 Only view this author
Yaocy 发表于 2024-4-15 18:55
好像是逗号引起的问题?

你好,我把逗号和横线都删除,可以跑运算了,但是跑了几秒钟又突然终止,出现了下面的提示
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RPM6) =  0.105694619161     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.1969D-05             -V/T =  1.0024
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in D:\G09W\l502.exe at Mon Apr 15 19:48:24 2024.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  1.0 seconds.
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