简单量子化学问题答疑专帖

sobereva

wang_ 发表于 2024-4-24 20:58
各位老师好，想请教下不同计算软件包（比如CRYSTAL）导出的在笛卡尔坐标系下的简振坐标及红外强度能否直接 ...

应该不会有问题

找个典型体系测试一下便知

498746012

老师您好，进行波函数稳定性分析stable=opt,的时候，出现如下的错误该如何解决呀？The wavefunction has an RHF -> UHF instability.
Search did not lower the energy significantly.
The two search directions are symmetric.
Failed to find a lower point in StbLin:
EE=-2.634403283992253D+03 FVal=-2.634403283992253D+03 0.000000000000000D+00
Error termination via Lnk1e in /share/apps/gaussian/g09D01/g09/l508.exe at Tue Jul 12 13:31:58 2022.

wzkchem5

498746012 发表于 2024-4-26 02:46
老师您好，进行波函数稳定性分析stable=opt,的时候，出现如下的错误该如何解决呀？The wavefunction has an ...

改用其他方法找稳定波函数，例如片段初猜，以三重态为初猜，等等

498746012

wzkchem5 发表于 2024-4-26 16:11
改用其他方法找稳定波函数，例如片段初猜，以三重态为初猜，等等

谢谢老师

cokie

各位老师好，请问ORCA用ESD模块计算振动分辨电子光谱的时候，是否可以通过在输入文件里添加一些关键字，实现缩短计算时间呢？
我的分子比较大，做了频率分析，有将近400个振动模式，不知道有没有命令可以让orca判断，比如我只想考察0-0跃迁和0-1跃迁的振动峰，orca只针对这两个峰进行计算但不计算剩余的振动模式，从而节省计算市场。

wzkchem5

cokie 发表于 2024-4-27 07:39
各位老师好，请问ORCA用ESD模块计算振动分辨电子光谱的时候，是否可以通过在输入文件里添加一些关键字，实 ...

不能，因为orca计算的原理是把整个谱的傅里叶变换算出来，再做逆傅里叶变换。而不是像高斯那样一个峰一个峰地算。
首先应当确认你主要的计算时长是消耗在激发态Hessian、Herzberg-Teller效应的计算还是振动关联函数的计算上，三种情况下缩短计算时间的方法是截然不同的

cokie

wzkchem5 发表于 2024-4-27 15:43
不能，因为orca计算的原理是把整个谱的傅里叶变换算出来，再做逆傅里叶变换。而不是像高斯那样一个峰一个 ...

因为orca计算的原理是把整个谱的傅里叶变换算出来，再做逆傅里叶变换。

明白了

主要耗时在transition dipole derivatives的计算部分，请问老师这部分可以通过什么方式缩短计算时间呢？

p.s. 想顺便问一下王老师，ORCA在近半年到一年的更新中，有可能引入TD-DFT的解析Hessian以及Transfer Integral的计算模块吗？

WOOOOWOOOO

请问算石墨，Pt，Ag团簇吸附苯这三个体系优化用TPSSh/def2-svp em=gd3bj，单点用TPSSh/def2-tzvp em=gd3bj可以吗？
其次，定义基组的时候下图中的内容要一起复制到输入文件中吗？这些是什么呢？

wzkchem5

cokie 发表于 2024-4-27 10:17
明白了

主要耗时在transition dipole derivatives的计算部分，请问老师这部分可以通过什么方式缩短 ...

这个估计除了降低理论级别以外，暂时没有什么加速方法（如果有的话，我们早就做成默认选项了）。
下一版orca不会有TDDFT解析Hessian，但再过一年左右或许会有；transition dipole derivatives在下下版orca可能会有很大加速。你说的transfer integral指的是电子转移积分/能量转移积分吗？那个暂时没有计划做，不过有很多办法对orca算出的绝热态做透热化，进而得到电子转移积分/能量转移积分，只不过往往需要额外的脚本或波函数分析程序而已

wzkchem5

WOOOOWOOOO 发表于 2024-4-28 07:19
请问算石墨，Pt，Ag团簇吸附苯这三个体系优化用TPSSh/def2-svp em=gd3bj，单点用TPSSh/def2-tzvp em=gd3bj ...

可以，不过单点建议考虑BSSE，且如果团簇不大的话，建议显式考虑相对论效应
图里的是赝势，仔细看http://sobereva.com/373

cokie

wzkchem5 发表于 2024-4-28 16:04
这个估计除了降低理论级别以外，暂时没有什么加速方法（如果有的话，我们早就做成默认选项了）。
下一版 ...

感谢老师的回复！
在经历了3天计算之后我终于拿到了ESD(FLUOR)的计算结果，峰拟合的还是蛮漂亮的哈哈，ORCA大法好！
还想请教老师一下，在对于振动分辨的电子光谱计算产生的一众文件里，应该从哪里找像Gaussian计算结果中给出的比如：0-0, 0-1, 0-2……等等一众跃迁形式所对应的能量（波长），各个振动跃迁对应的主导的振动模式以及相应的振子强度呢？
我看了一下：.spectrum只给了能量（波长），对应的强度，以及FC和HT各自的占比；.out里和property.txt里也没有类似的内容。

wzkchem5

cokie 发表于 2024-4-28 14:00
感谢老师的回复！
在经历了3天计算之后我终于拿到了ESD(FLUOR)的计算结果，峰拟合的还是蛮漂亮的哈哈，O ...

给不出来，因为ORCA以不能直接指认各个峰的振动模式为代价，换取了计算时间的缩短。但是有一些迂回的方法，可以通过做一些额外的ESD计算来获取振动模式的信息，例如利用tcutfreq关键词，参见http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 4&fromuid=21811。这个应该是用orca手册里提及的关键字所能做到的唯一的指认振动分辨峰的方法了。
但是我最近和orca做ESD模块的人（Bernardo de Souza）聊了，其实ESD里面有两个隐藏关键字，可以指定在ESD计算里只考虑特定的几个振动模式，这样只需要排列组合试验考虑哪些振动模式才能得到某个振动分辨峰，就可以知道这个峰的成分是什么。以下是他的原话：

%ESD MODELIST 1,2,3,4 END or %ESD SINGLEMODE 1,2,3,4 END mode starting from 1
MODELIST is a subsection. SINGLEMODE are multiple runs mode by mode.

也就是说，用%ESD MODELIST 1,2,3,4 END可以跑一个只考虑第1~4个振动模式的ESD计算，而%ESD SINGLEMODE 1,2,3,4 END可以跑4个ESD计算，分别只考虑第1，2，3，4个振动模式。巧妙利用这两个关键词，跑若干个ESD计算，不难得知某个峰是由哪些振动模式组成的。
此外还有一种方法，把SPECRES设得极其小，例如%ESD SPECRES 0.01 END，这样会得到由很多极其窄的峰组成的谱，如果运气好的话，不同振动模式的峰不会重叠。然后再按振动频率去指认就行了，写个脚本把所有振动模式的倍频、合频……都算出来，然后和SPECRES设得极其小的振动分辨光谱的各个峰一个一个对应，这样就指认出来了。但要求不同振动模式的峰没有恰好频率一样、互相重叠的。

senpai1919

%mem=80GB
%nprocshared=16
# opt freq b3lyp 5d def2svp empiricaldispersion=gd3bj



Title Card Required

0 1
C                  2.62560000    4.48150000   -1.55020000
O                  1.38340000    4.18040000   -0.95780000
C                  1.11630000    2.87760000   -0.61320000
C                 -0.06820000    2.57080000   -0.05850000
C                 -0.40250000    1.32210000    0.30380000
C                  0.41520000    0.25790000    0.14650000

这是输入文件的前几行
提交任务后得到的.out文件出现segmentation violation报错，.log文件输出文件显示 Charge and Multiplicity card seems defective: Wanted an integer as input.
根据liyuanhe211老师的帖子这种情况应该是高斯读取电荷和自旋多重度时想要读取浮点数而未能读取到，但报错并未显示高斯实际读取到的数据类型，检查输入文件时自旋多重度和电荷数行的值也是浮点数。
过去用相同方式（chemdraw生成.mol，chem3D mm2预优化后使用gauss view转格式）生成的gjf文件从未遇到过类似问题，向论坛的各位求教。

sobereva

senpai1919 发表于 2024-5-1 05:40
%mem=80GB
%nprocshared=16
# opt freq b3lyp 5d def2svp empiricaldispersion=gd3bj

标题行前面显然不能空那么多行。写5d完全多余，本来对def2就是默认的5d

moiumuio

For an IFCT study in Multiwfn, I would like to do a TD-DFT measurement of charge transfer. In a forum post, the professor told me that I could not mix H2O with any other organic solvent, but my solvent is a 1:1 mix of H2O and DMSO. So the question is whether this can be done in gas phase or whether it needs to be done twice with different solvents.
Many thanks