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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-4-21 19:06:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-9 15:36
到底是“过渡态减反应物”还是“中间体减反应物”说清楚
优化用更理想的6-311G**,单点用更合理的def2-T ...

老师好,我这样先用小基组优化,找过渡态,后再用大基组算单点得到的过渡态减反应物的能量差算出的是反应的活化能 ΔG吗?还是只是 ΔE ,没有考虑热力学效应呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-22 06:24:48 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-4-21 19:06
老师好,我这样先用小基组优化,找过渡态,后再用大基组算单点得到的过渡态减反应物的能量差算出的是反应 ...

你都没做振动分析,显然不可能得到G
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-4-22 11:07:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-22 06:24
你都没做振动分析,显然不可能得到G

谢谢老师,那原来小基组优化频率计算后得到的活化自由能(过渡态减反应物) 与    再由更高基组单点能量计算后的能垒(过渡态减反应物),哪个更令人信服呢?

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发表于 Post on 2024-4-22 11:13:09 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-4-22 11:07
谢谢老师,那原来小基组优化频率计算后得到的活化自由能(过渡态减反应物) 与    再由更高基组单点能量 ...

看卢老师博文 《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》 4.1 节。
此例我们用B3LYP/6-31G*进行优化和振动分析,而用更好的CCSD(T)/cc-pVTZ级别计算电子能量。如果不理解这么做的原因,看《浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组》(http://sobereva.com/387)。简单来说,电子能量的误差主导了内能、焓、自由能的误差,而电子能量对计算级别的要求又显著高于优化和振动分析,所以电子能量的计算应当用更好的级别。

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发表于 Post on 2024-4-22 12:54:27 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-4-22 11:07
谢谢老师,那原来小基组优化频率计算后得到的活化自由能(过渡态减反应物) 与    再由更高基组单点能量 ...

Typically, we will combine the ΔE from the SP calculation with the correction from vibrational analysis (free energy correction, etc.).

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发表于 Post on 2024-4-23 08:48:22 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian 16计算三重态T1总是报错,计算不出想要的结果

用图片1中的基组和泛函用Gaussian 16 对T0进行了优化,想用优化后的T0坐标计算三重态的激发态T1但是总是报错计算不出来,不知道是哪里出了问题,计算激发三重态的计算过程见图2,报错见图3.需要帮忙指导一下给出具体的计算步骤。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-23 09:17:35 | 只看该作者 Only view this author
eydi 发表于 2024-4-23 08:48
用图片1中的基组和泛函用Gaussian 16 对T0进行了优化,想用优化后的T0坐标计算三重态的激发态T1但是总是报 ...

当前语境下error=误差,根本不是报错
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-4-23 15:16:41 | 只看该作者 Only view this author
请问老师可以指导一下怎么计算T1吗? 用的是官网中的那篇文章里面计算气态的T1的方法,但是总是计算不出来,可以帮忙指导一下泛函和基组以及电荷自旋多重度都是怎么输入呢?

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发表于 Post on 2024-4-23 16:19:57 | 只看该作者 Only view this author
eydi 发表于 2024-4-23 08:16
请问老师可以指导一下怎么计算T1吗? 用的是官网中的那篇文章里面计算气态的T1的方法,但是总是计算不出来 ...

https://mattermodeling.stackexch ... -triplets/9357#9357的方法计算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-4-23 22:03:01 | 只看该作者 Only view this author
老师好,
我想使用G09来做激发态的频率分析,并用Dushin做重组能拆分,由于G09不支持TD-DFT的解析Hessian,但CIS支持解析Hessian
请问我在G16中做基态/激发态几何优化,然后在G09用CIS做激发态频率分析,最后使用Dushin进行重组能拆分的做法是否可行并合理呢?

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发表于 Post on 2024-4-23 23:03:11 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-4-23 15:03
老师好,
我想使用G09来做激发态的频率分析,并用Dushin做重组能拆分,由于G09不支持TD-DFT的解析Hessian ...

不合理,因为(1)CIS太不准了,(2)激发态和基态Hessian理论级别必须一致
要么想办法对G16的输出文件做重组能拆分(即使dushin做不了,应该也有其他的程序可以做),要么在G09里做TDDFT数值频率,要么把G16输出文件手动改成类似G09的格式,让dushin能识别
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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eydi 发表于 2024-4-23 15:16
请问老师可以指导一下怎么计算T1吗? 用的是官网中的那篇文章里面计算气态的T1的方法,但是总是计算不出来 ...

Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
该说的都说了,哪不懂具体问
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发表于 Post on 2024-4-24 08:19:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-24 06:39
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314(http://bbs.keins ...

4.3 气相下计算T1结构和磷光发射能
方法一:
1 优化T1结构:# B3LYP/6-31G* opt,电荷和自旋多重度为0 3。
2 取上一步优化得到的结构,用# B3LYP/6-31G* TD(triplet),电荷和自旋多重度为0 1。第一激发态的激发能就是磷光发射能了。

请问一下,第一步T1的结构是用什么优化的?是最原始的坐标还是进行优化后的S0基态坐标

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发表于 Post on 2024-4-24 15:55:52 | 只看该作者 Only view this author
eydi 发表于 2024-4-24 01:19
4.3 气相下计算T1结构和磷光发射能
方法一:
1 优化T1结构:# B3LYP/6-31G* opt,电荷和自旋多重度为0  ...

参见http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=21811
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2024-4-24 20:58:32 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想请教下不同计算软件包(比如CRYSTAL)导出的在笛卡尔坐标系下的简振坐标及红外强度能否直接用来制作molden文件,通过MfakeG生成伪高斯out文件,最后作为振动模式分配的输入,因为查阅资料后发现不同软件包对振动模式位移的定义似乎不太一样,所以不确定是否通用

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