简单量子化学问题答疑专帖

senpai1919

sobereva 发表于 2024-5-1 10:12
标题行前面显然不能空那么多行。写5d完全多余，本来对def2就是默认的5d

谢谢老师，问题解决了，想请教一下为什么会出现这样的情况

wzkchem5

senpai1919 发表于 2024-5-1 07:35
谢谢老师，问题解决了，想请教一下为什么会出现这样的情况

标题前面只能空一行，如果空的行数太多，程序以为你的标题是空的，然后把你写的标题当作自旋多重度来读，结果发现读不到数字，因此报错

wzkchem5

moiumuio 发表于 2024-5-1 04:31
For an IFCT study in Multiwfn, I would like to do a TD-DFT measurement of charge transfer. In a foru ...

It's only with the SMD solvation model that you cannot mix H2O with organic solvents. But in many other solvation models (e.g. IEFPCM and CPCM) you can. The method is completely analogous to defining a mixed solvent of two organic solvents: simply define the dielectric constant as the weighted average of the dielectric constants of the constituent solvents, with the weight given by the volumetric ratio of the two solvents.

moiumuio

wzkchem5 发表于 2024-5-1 15:06
It's only with the SMD solvation model that you cannot mix H2O with organic solvents. But in many  ...

So I could only define the polar part of the mixed solvent right? Or, should I use scrf(read,SMD,solvent=DMSO) with average eps and epsinf of the mixed solvent?
Thank you

〇66

调整过好几次结构以后还是会出现以下报错信息，这是哪里出了问题呀，麻烦大佬指教一下，非常感谢。
报错信息：slurmstepd: error: Detected 11 oom-kill event(s) in StepId=8539903.batch. Some of your processes may have been killed by the cgroup out-of-memory handler.
关键词：%nprocshared=32
%mem=96GB
%chk=O2-C+L-double.chk
# opt freq b3lyp scrf=(smd,solvent=water) tzvp

sobereva

moiumuio 发表于 2024-5-1 17:58
So I could only define the polar part of the mixed solvent right? Or, should I use scrf(read,SMD,s ...

There is no reason to use SMD specifically in this case. The only advantage of SMD w.r.t. IEFPCM is that SMD defines nonpolar part, which is important for evaluating energy in solvent environment. For studying charge-transfer via TDDFT purpose, SMD doesn't have any advantage compared to IEFPCM, for which only eps and epsinf are needed for defining a mixed solvent.

sobereva

〇66 发表于 2024-5-1 22:42
调整过好几次结构以后还是会出现以下报错信息，这是哪里出了问题呀，麻烦大佬指教一下，非常感谢。:handsha ...

确保%mem没超内存可分配量上限，不清楚的话咨询管理员

wang_

各位老师好，我打算做晶体的弱相互作用分析，基于AIM理论进行拓扑分析得出了临界点，想请教下几个小问题：
1. 化学键和弱键在AIM里面都是（3，-1），我是要靠结构式判断里面是化学键还是氢键之类的吗，但是这个尿素例子出现了N-N键，意思是他们也成键了吗，我不太能理解这一块
2. sobereva老师有一篇文章讲述氢键本质（http://sobereva.com/513），里面提到可以用临界点电子密度估计结合能，从而对氢键进行分类，计算结果给出了键之间的密度，想询问下晶体情况下这种分类方式也适用吗？
3. 另外，在氢键本质（http://sobereva.com/513）这片博文中也提到套用该式的前提是，算出的结合能必须确实只由某个氢键作用所主导，我如何才能确定这点呢

sobereva

wang_ 发表于 2024-5-2 11:04
各位老师好，我打算做晶体的弱相互作用分析，基于AIM理论进行拓扑分析得出了临界点，想请教下几个小问题：
...

波函数分析问题发到1L提到的波函数分析专门的答疑专贴里

wang_

sobereva 发表于 2024-5-2 14:08
波函数分析问题发到1L提到的波函数分析专门的答疑专贴里

好的好的，不好意思，我下次会注意的

〇66

sobereva 发表于 2024-5-1 23:22
确保%mem没超内存可分配量上限，不清楚的话咨询管理员

内存可分配量上限在哪里看呀，谢谢sob老师回复

wzkchem5

〇66 发表于 2024-5-3 04:29
内存可分配量上限在哪里看呀，谢谢sob老师回复

sob老师已经说了，不清楚的话咨询管理员

〇66

wzkchem5 发表于 2024-5-3 15:32
sob老师已经说了，不清楚的话咨询管理员

麻烦问一下您是管理员吗， 在哪里可以找到管理员朋友呢

wzkchem5

〇66 发表于 2024-5-3 15:48
麻烦问一下您是管理员吗， 在哪里可以找到管理员朋友呢

sob老师的意思是你们服务器的管理员。因为你要知道的是你们服务器的内存可分配量上限，不是世界上随便一个服务器的内存可分配量上限，所以当然要问你们服务器的管理员，你们服务器是谁在管，就问谁，如果不止一个人管，就问其中最懂技术的那个

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2024-4-10 20:20
（1）对
（2）对。E_corr(M)就是MP2 correlation energy（注意不是MP2 total energy），只要懂英文，不 ...

王老师，抱歉再打扰您一下。在完成了MP2/cc-pVTZ计算后，我在输出文件里并没有找到MP2 correlation energy相关能。老师，是不是因为我只做了单点能计算，相关能要做opt freq MP2/cc-pVTZ 计算呢？谢谢您