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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-16 05:31:59 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2024-6-15 21:20
各位老师我想问一下VASP里面的赝势文件中,是不是价电子数目越大计算的精度就会越高呢?还有POTCAR里面应该 ...

VASP不是量子化学程序,应当发到第一性原理版块
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发表于 Post on 2024-6-16 10:36:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-16 05:31
VASP不是量子化学程序,应当发到第一性原理版块

好的老师

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发表于 Post on 2024-6-16 11:28:40 | 只看该作者 Only view this author
请教下各位老师,使用sobereva老师这篇关于氢键本质(http://sobereva.com/513)文章对氢键结合能进行计算,计算结果为-16 kcal/mol,体系为中性体系,这个数值已经超过了分类的范围了,请问下还能用这种方法进行判别吗?如果可以的话,那么这个氢键本质应该归属于哪一类呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-16 19:23:26 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-6-16 11:28
请教下各位老师,使用sobereva老师这篇关于氢键本质(http://sobereva.com/513)文章对氢键结合能进行计算 ...

没具体体系没法说
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发表于 Post on 2024-6-16 20:18:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-16 19:23
没具体体系没法说

sobereva老师,我已将体系的截图上传了,不知道这样是否可以?我比较疑惑分子间甲酸形成的氢键的键能计算出来明显比分子间羟基形成的氢键键能强,分子间甲酸形成的氢键键能有-16kcal/mol,已经超过了分类范围,所以不确定是否可以用氢键本质来判别,也不确定应该将其本质归到哪一类,也想请问下这个对不同体系来说有什么讲究吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-16 22:04:12 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-6-16 20:18
sobereva老师,我已将体系的截图上传了,不知道这样是否可以?我比较疑惑分子间甲酸形成的氢键的键能计算 ...

这一定程度上属于共振辅助氢键,本来强度就比常见的O-H...O更强。另外,必须用和我JCC相同,至少是非常相近的级别,计算的密度才适合代入公式进行预测。还有要注意很多晶体结构文件里氢的位置明显不准确,需要先做合理的优化。
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发表于 Post on 2024-6-16 22:35:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-14 16:33
不能脱离分子结构、所需精度讨论算一个分子够不够。
如果单分子计算结果和实验固体结果对不上,考虑以下 ...

谢谢老师的回复,甲醇是可以确定挥发干了,剩下两个原因我会好好排查一下的。

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发表于 Post on 2024-6-16 23:35:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-16 22:04
这一定程度上属于共振辅助氢键,本来强度就比常见的O-H...O更强。另外,必须用和我JCC相同,至少是非常相 ...

感谢sobereva老师的解答,上面这个体系我已经进行优化并进行单点能计算,想请教下共振辅助氢键比一般O-H...O更强,而O-H...O计算出来的是静电主导的,那么是不是就意味着这个共振辅助氢键静电的主导作用更强呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-17 00:11:46 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-6-16 23:35
感谢sobereva老师的解答,上面这个体系我已经进行优化并进行单点能计算,想请教下共振辅助氢键比一般O-H. ...

静电作用相对于色散作用的比例比常规O-H...O更大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-6-17 00:21:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-17 00:11
静电作用相对于色散作用的比例比常规O-H...O更大

谢谢老师的解答,终于搞明白了

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发表于 Post on 2024-6-17 17:36:31 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
From IFCT analysis, the intrinsic CT% is about 50%, while the apparent CT% is about 15%. Can I use that result and claim that my structure has charge transfer characteristics?
Thank you.

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发表于 Post on 2024-6-17 19:24:24 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-6-17 10:36
Hi everyone,
From IFCT analysis, the intrinsic CT% is about 50%, while the apparent CT% is about 15 ...

I think so, but it's better to stress that the structure has "some" charge transfer characteristics. Otherwise some readers may think that you mean the state is dominated by charge transfer character, which is not true.
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-6-17 21:35:04 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我在计算单分子反应时298.15k算出的能垒为35kal/mol,实验结果是110摄氏度18h转化率只有百分之10,这个能垒是否还是偏大啊

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发表于 Post on 2024-6-17 22:47:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-17 19:24
I think so, but it's better to stress that the structure has "some" charge transfer characteristic ...

Hi teacher,
With those results, should I add IFCT data to my article or just show the atomic charges alone? since the atomic charges could be able to describe charge transfer characteristics without further quantitative results.
Thank you.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-18 00:27:01 | 只看该作者 Only view this author
Nankaier 发表于 2024-6-17 21:35
各位老师,我在计算单分子反应时298.15k算出的能垒为35kal/mol,实验结果是110摄氏度18h转化率只有百分之10 ...

把此文完整看了,心里自然就有数了
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
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