简单量子化学问题答疑专帖

cokie · 发表于 Post on 2024-7-3 22:53:15

本帖最后由 cokie 于 2024-7-3 22:55 编辑

wzkchem5 发表于 2024-7-3 20:56
ISC速率计算一般假设势能面是谐振的，而且平衡位置、Hessian都已知。所以给绝热能差和垂直能差，所包含的 ...

原来是这样，谢谢老师的解惑！
请问老师，如果要将计算所得的delta_Est写在论文中，此时应该提供基于初态极小点几何结构的垂直能差作为delta_Est（例，文中要描述delta_E_S1-T1，那么这个数值应该由S1极小点的几何结构所计算的E_S1 - E_T1得到）对吗？

LZN · 发表于 Post on 2024-7-4 10:31:25

老师好，能推荐几篇解释现象的文献吗，比如我通过计算知道了侧链可以影响脂肽的水解稳定性这个现象，但是我想从电子结构或别的方面去解释这种现象，我该如何搜索此类解释现象的文献呢？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-7-4 18:51:16

cokie 发表于 2024-7-3 15:53
原来是这样，谢谢老师的解惑！
请问老师，如果要将计算所得的delta_Est写在论文中，此时应该提供基于初 ...

写清楚是垂直能差还是绝热能差就行了，报哪个取决于你们小领域一般报哪个。有的时候可能还要报0-0能差

Vincentcanfly · 发表于 Post on 2024-7-4 20:45:32

gaussian16w直接报错，输出文件是空白的

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-5 09:03:49

LZN 发表于 2024-7-4 10:31
老师好，能推荐几篇解释现象的文献吗，比如我通过计算知道了侧链可以影响脂肽的水解稳定性这个现象，但是我 ...

把关键词往google学术里输就完了
side chain、lipopeptid、hydrolysis、stability
同时加上quantum chemistry或electronic structure等

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-5 09:22:45

Vincentcanfly 发表于 2024-7-4 20:45
gaussian16w直接报错，输出文件是空白的

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

看此文了解当前版本内存最大能设多少

VanChester · 发表于 Post on 2024-7-5 11:16:22

用Gaussian在B3LYP/6-31G(d)级别计算孤立R6G体系的基态，the direction of the Dipole Moment and Dipole Derivative Unit Vector 能不能粗粒化地理解并区分为固有偶极矩方向和瞬时偶极矩的变化方向？
具体情况：通过direction of the Dipole Moment and Dipole Derivative Unit Vector 与R6G中氧杂蒽的α平面和芳香取代基的β平面之间的简单几何关系粗糙地判断R6G中连接氧杂蒽生色团与芳香取代基的C-C单键的旋转受限状态（分子内旋转受限）。
这里只把分子间作用力区分为溶剂效应（H2O-R6G）和自身聚集作用（R6G-R6G），来作用于这个孤立的R6G分子。
这里参考Kasha的分子激子模型：“分子激子模型是一种态相互作用理论。如果分子间（发色团间）电子重叠很小，使得分子（发色团）单元在复合分子或聚集体中保持它们的个性，则分子激子模型将满足微扰理论的要求。”（机翻）
分子中C-C单键旋转的能量可以视为微扰，但分子内运动受限包括振动+转动想用红外和拉曼光谱确定，似乎只能用从头算方法了。

Miao · 发表于 Post on 2024-7-5 14:45:40

各位老师好，为了确定异丁苯自氧化反应的活性位点，我使用Multiwfn计算了异丁苯的CFF（M062X/def2TZVPP level），结果显示侧链上的H13（αH）的f0值最大，请问是否符合化学常识？H11是否可能是反应位点？

cokie · 发表于 Post on 2024-7-5 17:31:13

各位老师好，请问想用TDA方法计算【共轭有机物激发态之间的跃迁偶极矩】，对基组和泛函选择的考量，是否和计算【偶极矩】类似呢？即尽量避免使用pople基组、基组要加弥散函数、泛函选择wB97M-V或双杂化泛函revDSD-PBEP86-D3(BJ)更好对吗？如果选用普通泛函的话，对HF成分会有需求吗？

(软件是用ORCA5.0.3，任务是想计算S1态的瞬态吸收，加入关键词DOTRANS TRUE，用TDA是因为ORCA的瞬态吸收任务只支持CIS或TDA的方法）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-7-5 19:34:10

cokie 发表于 2024-7-5 10:31
各位老师好，请问想用TDA方法计算【共轭有机物激发态之间的跃迁偶极矩】，对基组和泛函选择的考量，是否和 ...

如果要把跃迁偶极矩算到一般算偶极矩需要的精度，那么是的。但是对于跃迁偶极矩需要的精度往往较低（因为实验观测到的是吸收强度，要把吸收强度算准需要做振动分辨光谱计算，振动分辨光谱计算引入的误差可能比跃迁偶极矩的误差还大），所以一般不需要特意加弥散函数。泛函的选取一般以把激发能和激发成分算准为准，只要激发成分是准的，跃迁偶极矩的精度一般都能满足要求。再者因为你做的是TDA，TDA也会对跃迁偶极矩引入一些误差，一般比基组引入的误差要大

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-7-5 19:36:52

Miao 发表于 2024-7-5 07:45
各位老师好，为了确定异丁苯自氧化反应的活性位点，我使用Multiwfn计算了异丁苯的CFF（M062X/def2TZVPP lev ...

本质上是在比较脂肪三级碳和苄位二级碳的C-H键哪个弱。查一下乙苯和异丁烷的键能数据就可以发现确实是苄位二级碳的C-H更弱

cokie · 发表于 Post on 2024-7-5 19:49:08

wzkchem5 发表于 2024-7-5 19:34
如果要把跃迁偶极矩算到一般算偶极矩需要的精度，那么是的。但是对于跃迁偶极矩需要的精度往往较低（因为 ...

谢谢老师的回复！
那么如果想要在ORCA中模拟化合物S1态的瞬态吸收光谱，那么比起用TDA方法结合 DOTRANS TRUE 关键词来得到其他激发态与S1之间的振子强度，不如直接用TDDFT方法计算激发态之间的跃迁偶极矩，再用f=2/3*delta_E^2*TDM^2得到振子强度来的更加准确吗？

Miao · 发表于 Post on 2024-7-5 21:05:04

wzkchem5 发表于 2024-7-5 19:36
本质上是在比较脂肪三级碳和苄位二级碳的C-H键哪个弱。查一下乙苯和异丁烷的键能数据就可以发现确实是苄 ...

感谢老师解答！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-7-5 22:42:51

cokie 发表于 2024-7-5 12:49
谢谢老师的回复！
那么如果想要在ORCA中模拟化合物S1态的瞬态吸收光谱，那么比起用TDA方法结合 DOTRANS ...

两者等价。任何能算激发态之间的跃迁偶极矩的方法，基本上都会同时把振子强度给出来

wanghawk · 发表于 Post on 2024-7-6 12:33:23

请问卢老师，我在用g16进行柔性扫描二面角的时候，实际扫描的步数比设置的值多，是怎么回事？谢谢

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

Gaussian计算显示 severe Error Message #2070，输出文件空白

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