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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-7-7 09:55:19 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
Is it logical that I use 6-311G(d,p) for GS optimization and def2-TZVP for vertical excitation ? Should I add diffuse function to the basis set? Considering that my structure is conjugated structure and there is charge transfer characteristic
Thank you

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-7 15:53:17 | 只看该作者 Only view this author
wanghawk 发表于 2024-7-6 12:33
请问卢老师,我在用g16进行柔性扫描二面角的时候,实际扫描的步数比设置的值多,是怎么回事?谢谢

可能gview当前给出的是柔性扫描本质上所经历的一系列限制性优化的总步数(相对于微迭代步数),而不是柔性扫描的步数
gview版本和Gaussian版本不兼容可能会有这样的问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-7 15:54:42 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-7-7 09:55
Hi everyone,
Is it logical that I use 6-311G(d,p) for GS optimization and def2-TZVP for vertical ex ...

You can.

Only anion systems, and Rydberg excitations, need adding diffuse functions explicitly. Conjugated system and CT excitation are not direct reasons for adding diffuse functions.
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发表于 Post on 2024-7-7 16:34:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liustone 于 2024-7-7 16:51 编辑

请问sob老师,在按照您的帖子《http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html》使用SAPT进行EDA分解时,想考虑隐式溶剂模型的影响,有两个问题想请教老师:
第一是请问老师使用超分子构型分别计算溶剂中和真空中相互作用能时该怎么操作?是直接在生成sapt文件的原文件基础上分别计算溶剂下和真空中的单点能吗?还是需要新的结构优化?
第二是计算中使用什么基组泛函?是使用原有结构优化中的基组泛函?还是用跟SAPT计算时使用的基组泛函?
谢谢老师解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-7 16:39:08 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2024-7-7 16:34
请问sob老师,在按照您的帖子《http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html》使用SAPT进行EDA分解时,想 ...

用sobEDAw多好,比SAPT0更准确还更便宜
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html

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发表于 Post on 2024-7-7 16:54:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-7 16:39
用sobEDAw多好,比SAPT0更准确还更便宜
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分 ...

我尝试了,银级别的SAPT分解更贴近我自己算的相互作用能,我参照您的文章例sobEDA中溶剂效应校正项计算方法,也引用了文章,想举一反三地问一下该怎么算?计算两种环境下相互作用能时需要再结构优化吗?还是直接算?以及是否该使用跟SAPT一样的基组泛函?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-7 17:47:29 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2024-7-7 16:54
我尝试了,银级别的SAPT分解更贴近我自己算的相互作用能,我参照您的文章例sobEDA中溶剂效应校正项计算方 ...

如果你感兴趣的是溶剂环境中复合物结构下的分子间相互作用能,在溶剂模型下做复合物结构的优化,用这个结构做真空下的能量分解。然后对复合物和每个片段计算溶剂模型和真空下的电子能量差,然后求差作为溶剂效应的项,其中对于sobEDA的情况用做能量分解时用的级别,SAPT的情况从原理来说没有唯一合适的选择。

另外,不说sobEDA具体用了什么级别、以什么作为相互作用能的参照,具体数值是多少、是什么类型的相互作用,说谁更准没意义。
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发表于 Post on 2024-7-7 18:18:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-7 17:47
如果你感兴趣的是溶剂环境中复合物结构下的分子间相互作用能,在溶剂模型下做复合物结构的优化,用这个结 ...

好的,明白了,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-7-7 21:05:21 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问对于由有机小分子构成的层状晶体,在分子模拟/量化计算的角度,我应该如何衡量它的导电性能呢?

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发表于 Post on 2024-7-8 02:07:01 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-7-7 14:05
各位老师好,请问对于由有机小分子构成的层状晶体,在分子模拟/量化计算的角度,我应该如何衡量它的导电性 ...

MOMAP等软件可以计算电荷迁移率,需要用其他软件计算电荷转移积分
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-7-8 11:15:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-8 02:07
MOMAP等软件可以计算电荷迁移率,需要用其他软件计算电荷转移积分

谢谢老师的建议!
还有一点不明:我看到momap的mannual(https://pyminds.readthedocs.io/en/latest/transport.html#id7)里有提到转移积分的计算,需要用其他软件计算电荷转移积分是因为这里的转移积分≠电荷转移积分吗?(我看到单位是meV,就下意识以为转移积分和电荷转移积分等价了)

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发表于 Post on 2024-7-8 16:06:28 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-7-8 04:15
谢谢老师的建议!
还有一点不明:我看到momap的mannual(https://pyminds.readthedocs.io/en/latest/tra ...

“计算完成后会产生 Gaussian 计算得到的重整能和转移积分计算结果”,这里Gaussian就是我说的其他软件
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2024-7-8 16:37:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-8 16:06
“计算完成后会产生 Gaussian 计算得到的重整能和转移积分计算结果”,这里Gaussian就是我说的其他软件

现在说起高斯、ORCA已经下意识不当成“其他软件”了,尴尬了

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发表于 Post on 2024-7-8 16:41:15 | 只看该作者 Only view this author

几何优化出现l9999错误怎么办?

我在做几何优化的时候一直出现Error termination request processed by link 9999.错误,试了opt=loose,symm=loose,guess=read,一直这样,下面是输入文件和输出文件,请各位老师帮忙看看是什么原因,该怎么解决?

Au4-1.gjf

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Au4-1.log

226.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

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发表于 Post on 2024-7-8 18:53:58 | 只看该作者 Only view this author
观察你的输出文件第3819、3820行,明确说明了是因为优化步数而停止的。
且程序优化后的结果与你的初猜相差比较大,你还要考虑你的初猜、所用的方法的正确性
如果你就是想这样优化,且有收敛趋势的话,可以使用“maxcyc”设置步数上限

本版积分规则 Credits rule

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