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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-6-29 20:46:07 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian16w计算报错

之前所有的内容也没搞错呀,为啥会这样呢

202406292045096053..png (71.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

202406292045096053..png

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发表于 Post on 2024-6-29 22:06:18 | 只看该作者 Only view this author
贴这个报错编号有什么用……

要看输出文件(.out 文件)最后的报错信息

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-30 01:02:42 | 只看该作者 Only view this author
Vincentcanfly 发表于 2024-6-29 20:46
之前所有的内容也没搞错呀,为啥会这样呢

看北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)的ppt:


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-7-1 12:15:03 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
I want to calculate absorption and emission properties of a compound. Here is the step I am going to do
1. Opt freq b3lyp/6-311G** em=gd3bj
2. td cam-b3lyp/def2tzvp (from structure 1)
3. Opt freq td cam-b3lyp/6-311G** em=gd3bj
Is the procedure above logical? or do I have to change somewhere?
Thank you.

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发表于 Post on 2024-7-1 14:22:35 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-7-1 05:15
Hi everyone,
I want to calculate absorption and emission properties of a compound. Here is the step ...

The problem is that, while your absorption and emission wavelengths may be individually reasonably accurate, their difference (Stokes shift) is unreliable, since your absorption and emission calculations are done at different levels.
In general, for projects that involve both absorption and emission calculations, it is advisable (if not mandatory) to do the ground state and excited state geometry optimizations at the same level. If you want to calculate absorption wavelengths at a higher level of theory, you must use the same level of theory to recalculate the emission wavelength as well (but remember to turn on equilibrium solvation).
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-7-1 14:53:00 | 只看该作者 Only view this author

gauss优化后,用gaussview自带的程序计算二面角

本帖最后由 currywen 于 2024-7-1 14:53 编辑

想请教下,经过Gaussian优化后,所呈现的结构图中展现的二面角能否用于文章中?是否有说服力。
谢谢

%T{{8(YJ50U4(FR(QLE2G.png (243.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

%T{{8(YJ50U4(FR(QLE2G.png

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发表于 Post on 2024-7-1 15:43:45 | 只看该作者 Only view this author
用GView 读这个键角没有问题,只要你优化用的方法是合理的就没问题
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2024-7-1 17:05:08 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2024-7-1 15:43
用GView 读这个键角没有问题,只要你优化用的方法是合理的就没问题

好的,谢谢老师的答复。祝您生活愉快。

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发表于 Post on 2024-7-1 20:21:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-1 14:22
The problem is that, while your absorption and emission wavelengths may be individually reasonably ...

Thank you teacher,
Is it reasonable for me to use b3lyp-d3bj for optimization of excited state? or I have to use long-range corrected functionals?

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发表于 Post on 2024-7-1 23:38:00 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-7-1 13:21
Thank you teacher,
Is it reasonable for me to use b3lyp-d3bj for optimization of excited state? o ...

Without knowing the molecular structure it is impossible to tell. Generally, B3LYP-D3BJ is suitable for local excitation states, while CAM-B3LYP-D3BJ is suitable for charge transfer states, but both of the two rules have exceptions.
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2024-7-2 10:25:11 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想分析一个分子的动态磁性(两个单电子),在跑完动力学轨迹中取点算Noodleman提出的耦合常数J时,三重态为基态,而对bs态进行单点计算能量时有相当一部分结果S^2为0,请问此时的能量结果可以作为公式中的Ebs项进行J的计算吗?    2, 取多个单点算出的耦合常数J相差很大(-1200 cm-1到2200cm-1),即使相邻两fs的耦合常数一个是 -1200cm-1,另一个为1750cm-1,请问这样的数据是不是异常,没有意义呢?

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发表于 Post on 2024-7-2 15:39:20 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-7-2 03:25
老师好,我想分析一个分子的动态磁性(两个单电子),在跑完动力学轨迹中取点算Noodleman提出的耦合常数J时 ...

对BS态做稳定性分析了吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2024-7-2 20:03:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-2 15:39
对BS态做稳定性分析了吗?

稳定性分析通过stable=opt正在进行,结果还未出来,奇怪的是即使把这些BS态结果中S^2=0的点去掉,耦合常数J的动态变化也不是连续的,有很多跳点,不知这可能是什么原因呢?

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发表于 Post on 2024-7-2 20:08:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-1 23:38
Without knowing the molecular structure it is impossible to tell. Generally, B3LYP-D3BJ is suitabl ...

My structure includes conjugated polymers and a quencher to form a complex through pi-pi stacking. I want to figure out which quencher will cause charge transfer between those and the polymer. So in this case, do I have to use long-range corrected functionals?
Thank you

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发表于 Post on 2024-7-2 20:49:19 | 只看该作者 Only view this author

各位老师好,请问IRC曲线走完有突出的点怎样处理(IRC正常结束,关键词irc=(rcfc,maxpoints=150,stepsize=20,lqa) 6-31g(d) scrf=(solvent=1,4-
dioxane) em=gd3 m062x guess=read geom=allcheck),要用图发文章

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