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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-2 21:39:15 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2024-7-2 20:49
各位老师好,请问IRC曲线走完有突出的点怎样处理(IRC正常结束,关键词irc=(rcfc,maxpoints=150,stepsize ...

怎么提高质量、避免质量下降,下文都说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2024-7-2 21:52:44 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-7-2 13:03
稳定性分析通过stable=opt正在进行,结果还未出来,奇怪的是即使把这些BS态结果中S^2=0的点去掉,耦合常 ...

因为即使<S^2>不等于0,也不一定代表波函数唯一,一个体系完全可能有不止一个对称性破缺波函数。应当检查自旋布居等,确定跳变点前后的波函数成分是否一致
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-7-2 21:55:24 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-7-2 13:08
My structure includes conjugated polymers and a quencher to form a complex through pi-pi stacking. ...

Yes. And also make sure to use cLR (or more accurate methods) to describe the solvation effect, at least in the single point calculations. If you can afford it, it is also recommended to use double hybrid functionals or DLPNO-STEOM-CCSD for the excited state single point energies
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-7-2 23:22:33 | 只看该作者 Only view this author

福井函数计算

用Multiwfn(Version 3.8(dev), update date: 2024-Jul-1)计算亚甲基蓝(MB)福井函数,Gaussian 09W 报错,错误代码2070。已附上错误截图和MB.mol2文件

Gaussian 报错.png (85.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

Gaussian 报错.png

MB.mol2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-3 08:51:08 | 只看该作者 Only view this author
tamm 发表于 2024-7-2 23:22
用Multiwfn(Version 3.8(dev), update date: 2024-Jul-1)计算亚甲基蓝(MB)福井函数,Gaussian 09W 报错 ...

这跟Multiwfn、计算福井函数没直接关系,纯粹是Gaussian基本使用常识问题

参看北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)的ppt:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-7-3 09:50:44 | 只看该作者 Only view this author
这是计算时,Gaussian的输出文件,我找了很久没有找到问题出在哪里,麻烦老师帮我看看,万分感谢!

N.out

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发表于 Post on 2024-7-3 11:07:09 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
I want to calculate free energy of transition state of a complex (GS>TS) in gaussian. My process is
1. Opt freq pbe1pbe/genecp temp=383
2 pbe1pbe/def2tzvp scrf=(SMD,toluene)
Then for free energy of reactants and products, I use electronic energy from step 2 plus thermal correction to Gibbs free energy from step 1
I follow this material "https://gaussian.com/wp-content/uploads/dl/thermo.pdf" (section 4.1) to calculate free energy of reaction.
Am I right to do so?
Thank you.

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发表于 Post on 2024-7-3 11:23:04 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-2 21:52
因为即使不等于0,也不一定代表波函数唯一,一个体系完全可能有不止一个对称性破缺波函数。应当检查自旋 ...

十分感谢您的解答,只是我基础较差不知您说的确定波函数成分是否一致具体还指什么呢?轨道成分吗?另外我使用multiwfn查看了原子自旋布居发现差别不大(每个原子布居差别小于0.05),请问是这么检查吗?

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发表于 Post on 2024-7-3 14:21:35 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-7-3 04:23
十分感谢您的解答,只是我基础较差不知您说的确定波函数成分是否一致具体还指什么呢?轨道成分吗?另外我 ...

就是看前线轨道成分和布居数(不仅看电荷也看自旋)
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-7-3 17:31:22 | 只看该作者 Only view this author

高斯优化阳离子的基态结构

本帖最后由 20x_deng02 于 2024-7-3 18:38 编辑

第一次做开壳层的计算,想问一下用高斯优化阳离子的基态构型,直接修改电荷数和自旋多重度就可以了吗




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发表于 Post on 2024-7-3 18:04:56 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,有一个关于系间窜越速率计算的问题始终没有想明白
以ORCA计算S1-T1的Kisc为例:
我们计算SOC时,基于的是初态几何结构,也就是S1的极小点结构;但是计算Kisc时,使用的delta_Est是S1极小点和T1极小点的绝热能差,而非均基于S1几何结构的S1与T1态的能差,这是为什么呢?
而且系间窜越的发生应该先于几何结构的弛豫吧?也就是处于S1极小点的分子先发生系间窜越到T态(比如T1),然后再弛豫到T1极小点的几何结构。那计算系间窜越速率时,用【基于S1几何结构所计算的S1和T1能量差作为delta_Est】是否才更合理呢?

希望老师们能够解惑,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-3 20:00:21 | 只看该作者 Only view this author
tamm 发表于 2024-7-3 09:50
这是计算时,Gaussian的输出文件,我找了很久没有找到问题出在哪里,麻烦老师帮我看看,万分感谢!

提示得很清楚
The combination of multiplicity 1 and   151 electrons is impossible.
如果当前的净电荷、几何结构没问题,就是自旋多重度没设对。这都是最基本的量子化学常识
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-3 20:01:23 | 只看该作者 Only view this author
20x_deng02 发表于 2024-7-3 17:31
第一次做开壳层的计算,想问一下用高斯优化阳离子的基态构型,直接修改电荷数和自旋多重度就可以了吗

“修改”必须说清楚相对于什么修改
当前实际是什么情况就指定成什么情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-3 20:04:03 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-7-3 11:07
Hi everyone,
I want to calculate free energy of transition state of a complex (GS>TS) in gaussian.  ...

It is usually acceptable, though not the most ideal way. More discussion can be found in http://sobereva.com/327
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发表于 Post on 2024-7-3 20:56:01 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-7-3 11:04
各位老师好,有一个关于系间窜越速率计算的问题始终没有想明白
以ORCA计算S1-T1的Kisc为例:
我们计算SOC ...

ISC速率计算一般假设势能面是谐振的,而且平衡位置、Hessian都已知。所以给绝热能差和垂直能差,所包含的信息是一样的,在谐振近似下知道一者可以算出另一者。程序要求用户提供绝热能差还是垂直能差,完全是程序的惯例所决定的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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