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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-24 01:21:04 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2024-6-23 22:44
各位老师好,请问这种柔性扫描一直升高是什么原因?是反应没有过渡态吗还是扫描的不对。
扫描的13和41的键 ...

大概率本来就是无势垒过程
你也可以对已经拉远的结构做个波函数稳定性测试,判断是否之前扫描的结构的相应的能量是否对应稳定的波函数。如果稳定,而且换成诸如wB97XD也这样,更可以确认是无势垒过程。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-6-24 01:52:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-24 01:21
大概率本来就是无势垒过程
你也可以对已经拉远的结构做个波函数稳定性测试,判断是否之前扫描的结构的相 ...

好的,我再试试。谢谢卢老师

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发表于 Post on 2024-6-25 14:09:36 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,用 # opt=(rcfc,ts,noeigen,gdiis,maxstep=3,notrust,tight) freq scrf=(solve
nt=dmso) def2svp em=gd3 m062x优化过渡态有个小虚频,使用 # opt=(calcall,tight,ts,noeigen,gdiis,maxstep=3,notrust) int=superfine
  freq scrf=(solvent=dmso) def2svp em=gd3 m062x一直震荡是神魔原因呢? desktop.7z (684.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-26 02:02:44 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2024-6-25 14:09
各位老师好,用 # opt=(rcfc,ts,noeigen,gdiis,maxstep=3,notrust,tight) freq scrf=(solve
nt=dmso) def ...

opt freq目的,若无绝对必要甭用M06-2X,容易因为对积分格点精度要求高的原因出现小虚频。下文也提了
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

对主族体系的opt freq,适合B3LYP的时候用B3LYP,不适合的时候优先考虑wB97XD
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发表于 Post on 2024-6-27 23:13:01 | 只看该作者 Only view this author

求助帖:基态结构优化报错Error: segmentation violation

本帖最后由 X6zzZZ 于 2024-6-28 19:38 编辑

各位大佬,请指教一下。优化flrpic的基态结构一直报错,在xhsell中一直显示这个
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 0000150c5b82667b
   rdx 0000000000000000, rsp 00007ffd729bb088, rbp 00007ffd729bb670
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000005134, r8  0000001180001000
   r9  0000150c5c36d080, r10 0000000000000006, r11 0000000000000206
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007ffd729bb6b8
   r15 00000000000003e6
  --- traceback not available
各位老师输出文件已补充,完整的log文件在附件,谢谢各位老师指教

2.png (47.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

输入的gjf文件

输入的gjf文件

1.png (105 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

flrpic构型

flrpic构型

3.png (123.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

输出文件

输出文件

flrpic.log

46.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

输出文件

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发表于 Post on 2024-6-28 02:20:46 | 只看该作者 Only view this author
上传完整输出文件
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-28 04:58:56 | 只看该作者 Only view this author
X6zzZZ 发表于 2024-6-27 23:13
各位大佬,请指教一下。优化flrpic的基态结构一直报错,在xhsell中一直显示这个
Error: segmentation vio ...

光贴终端里的信息毫无用处
所有提问都必须自觉把输出文件里的报错提示给出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-6-28 09:58:23 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好 我想看一下LUMO-HOMO轨道 已经将文件转成fch格式 但visualize选项是灰色的 不可用 想问一下老师们是为什么 怎么解决 谢谢老师

无标题.png (12.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

无标题.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-28 10:00:28 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2024-6-28 09:58
各位老师好 我想看一下LUMO-HOMO轨道 已经将文件转成fch格式 但visualize选项是灰色的 不可用 想问一下老师 ...

机子里没装Gaussian或gview没识别出来

用Multiwfn看轨道效果好得多速度快得多还完全免费。强烈不建议用gview看轨道
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(含视频演示)
http://sobereva.com/447http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)
http://sobereva.com/449http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html
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发表于 Post on 2024-6-28 10:14:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-28 10:00
机子里没装Gaussian或gview没识别出来

用Multiwfn看轨道效果好得多速度快得多还完全免费。强烈不建议 ...

好的 谢谢卢老师!

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发表于 Post on 2024-6-28 19:39:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-28 02:20
上传完整输出文件

抱歉,第一次求助不太了解。输出文件已补充,请老师指教。

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发表于 Post on 2024-6-28 19:39:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-28 04:58
光贴终端里的信息毫无用处
所有提问都必须自觉把输出文件里的报错提示给出来

抱歉,第一次求助不太了解。输出文件已补充,请老师指教。

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发表于 Post on 2024-6-28 21:55:24 | 只看该作者 Only view this author
X6zzZZ 发表于 2024-6-27 16:13
各位大佬,请指教一下。优化flrpic的基态结构一直报错,在xhsell中一直显示这个
Error: segmentation vio ...

报错信息提示得很清楚了,atomic number out of range for 6-31G basis set
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-6-28 22:48:59 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-28 21:55
报错信息提示得很清楚了,atomic number out of range for 6-31G basis set

请问建议更换什么基组呢,还是用什么混合基组

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发表于 Post on 2024-6-28 23:03:15 | 只看该作者 Only view this author
X6zzZZ 发表于 2024-6-28 15:48
请问建议更换什么基组呢,还是用什么混合基组

仔细阅读http://sobereva.com/373
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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