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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-8-27 09:52:00 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,我按照博文447和449(使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图)来绘制化合物的HOMO和LUMO轨道等值面图。化合物结构中含有氯,按照博文的方法操作最后得到的图片中氯原子和碳原子的颜色是一样的。也看了624博文(在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法)和论坛,知道了显示一样颜色的原因,但自己没有找到解决办法,请问有什么办法让氯和碳显示不一样的颜色吗?

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发表于 Post on 2024-8-27 10:51:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-27 05:03
把含硼的分子去掉。倘若你真要研究分子间相互作用,用M06L这样考虑色散作用烂的方法显然也不行,而且两个 ...

好的好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2024-8-27 23:41:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 2877321934 于 2024-8-28 00:22 编辑

请问老师,我使用Gaussview搭建一个二聚体,如何在搭建过程中保证其中心对称性,即保证形成该二聚体的两个分子结构是一致的,倘若直接将一个分子复制粘贴并键连再使用扫把整理会出现由于复制粘贴得到的两个分子朝向一致进而整体结构不中心对称的情况
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发表于 Post on 2024-8-27 23:44:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-25 01:39
直接对比不同自旋态能量就完了,最严格

谢谢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-28 08:54:06 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-8-27 23:41
请问老师,我使用Gaussview搭建一个二聚体,如何在搭建过程中保证其中心对称性,即保证形成该二聚体的两个 ...

自己手动旋转一个单体,然后做对称化(默认条件判断不出来实际点群就放宽点群的判断阈值)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-8-28 23:37:23 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,根据您提到的【溶质在溶剂环境下标况(298.15K、1M)时的自由能 = 溶质在1atm气相下的自由能 + 直接通过隐式溶剂模型计算的溶解自由能(始末都是1M) + 1.89kcal/mol(标况下1atm→1M自由能变)】的公式,我目前想得到H+和Zn2+在水中的自由能:

1、我看到您提到“(1) 298K,1atm气相下 G(H+) = -26.3101 kJ/mol”,以及“(2) 质子在水中的溶解自由能为-265.9 kcal/mol”;我是否可以认为水中的质子自由能为:(1)+(2)+1.89kcal/mol(统一单位后相加)?

2、与上面相同的逻辑,我查阅到了Zn2+在水中的溶解自由能为-21.28eV,但我没有查到“298K,1atm气相下的Zn2+的自由能”。那是不是我自己计算Zn2+在1atm气相下的自由能,再加上【-21.28eV】和【1.89kcal/mol】即可(统一单位后相加)?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-29 09:10:35 | 只看该作者 Only view this author
751960653 发表于 2024-8-27 09:52
卢老师好,我按照博文447和449(使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图)来绘制化合物的HOMO和LU ...

博文里该说的都说了,没有可补充的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-29 09:18:08 | 只看该作者 Only view this author
Fencros7y 发表于 2024-8-28 23:37
sob老师好,根据您提到的【溶质在溶剂环境下标况(298.15K、1M)时的自由能 = 溶质在1atm气相下的自由能 +  ...

1 是
2 是。但如果你查到的溶解自由能对应1atm变化到1M的情况,不需要再加1.89 kcal/mol
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发表于 Post on 2024-8-29 10:39:17 | 只看该作者 Only view this author
老师好,体系有两个单电子确定基态时,我分别在BS态和T态下较低水平(6-31G(d,p)基组)优化结构后(都无虚频),将其最后一帧(优化的最终结构)保存为新输入文件,并用更高水平(6-311+G(d,p)基组)算单点并加stable=opt关键词,最终得到的BS态能量和T态能量比较大小确定基态,这样做可以吗?在单点计算+stable=opt的时候,几何结构是不变的对吗?   

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-29 11:31:25 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-8-29 10:39
老师好,体系有两个单电子确定基态时,我分别在BS态和T态下较低水平(6-31G(d,p)基组)优化结构后(都无虚频 ...

可以
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发表于 Post on 2024-8-29 13:47:37 | 只看该作者 Only view this author
问题求助:关于激发态S1的势能面柔性扫描关键词的使用
目的是分析含有烯键分子在光激发后的E、Z异构,机理示意如图:

计算流程如下:
1. 对基态进行几何优化;
2. 优化S1,关键词:opt td=(root=1) rb3lyp/6-31+g(d) em=gd3bj
3. 势能面扫描,以步骤二得到的结果为初始结构,做烯键转动柔性扫描,关键词 opt=modredundant td=(root=1) rb3lyp/6-31+g(d) em=gd3bj

请教老师,这个计算流程和关键词使用是否有问题?

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发表于 Post on 2024-8-29 16:24:41 | 只看该作者 Only view this author
因为用pm做的轨道定域化结果不理想,想尝试加入Cholesky,发现免费软件中只查到了orca,请问还有其他软件可以解决这个问题吗

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发表于 Post on 2024-8-29 23:07:38 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,在ESIPT的计算过程中,CH3CN乙腈作为溶剂出现时使用隐式溶剂模型考虑是否充分,理论上乙腈中的N也能形成氢键影响ESIPT过程,但是我翻阅了目前JPCA,PCCP上的ESIPT研究,基本没有将乙腈作为显式溶剂考虑进计算的,我很好奇他们的计算是否合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-30 07:34:28 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2024-8-29 16:24
因为用pm做的轨道定域化结果不理想,想尝试加入Cholesky,发现免费软件中只查到了orca,请问还有其他软件可 ...

跟Cholesky没直接关系
有的是其它的轨道定域化方法,看下文
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-30 07:40:13 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-8-29 23:07
请问老师,在ESIPT的计算过程中,CH3CN乙腈作为溶剂出现时使用隐式溶剂模型考虑是否充分,理论上乙腈中的N ...

应该不会对转移机制有明显影响。能发表出来的文献普遍这么做也很大程度意味着不当做显式溶剂看待不是大问题
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