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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-8-23 12:29:22 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2024-1-22 15:58
大家好,我用高斯计算过渡态的时候,遇到了一些问题想跟大家请教下。想找一个过渡态的结构是64 66断键,66  ...

应该是opt=recalc=n(n=3~5)吧,我曾经尝试过opt=recalc=3,opt=gdiis,opt=gd3bj一起加,然后自动update 更新关键词,发现报错,说输入的有问题,只留下一个关键词opt=gd3bj就可以运行了,可能是关键词有多余的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-24 06:13:38 | 只看该作者 Only view this author
fuhua 发表于 2024-8-23 12:29
应该是opt=recalc=n(n=3~5)吧,我曾经尝试过opt=recalc=3,opt=gdiis,opt=gd3bj一起加,然后自动upda ...

根本不存在opt=gd3bj关键词
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-8-24 10:31:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 751960653 于 2024-8-24 11:22 编辑

成功找到过渡态后,提高计算级别重算应该用哪个结构作为输入文件?
大家好,我构建了初猜结构(A),并在B3LYP/6-31G(d)级别下成功找到反应的过渡态(B)。现在希望提高计算级别,想用B3LYP/6-31G(d,p)重新算,找这个反应的过渡态,是应该使用初猜结构(A)还是过渡态(B)作为B3LYP/6-31G(d,p)计算的初猜结构,才更有利于节约时间和更有利于找到过渡态?

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发表于 Post on 2024-8-24 19:59:26 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如果一个体系有过渡金属,那么判断其自旋多重度需要根据配位数来判断吗?例如我现在研究的体系是一个普通有机分子,上面的一个羟基上的氢被Zn2+夺去,Zn2+与这个羟基上的氧形成配位键,同时还和这个分子的其他4个原子形成配位键,那么这就是一个5配位的Zn2+,我判断出该结构自旋多重度为1,倘若引入水溶剂或乙醇溶剂,Zn2+可能与乙醇或水中的氧原子再形成一根配位键,那么Zn2+就变成了6配位,此时体系的自旋多重度会发生变化吗?这个问题我也问了其他人,给出的答案都不相同
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-25 01:36:21 | 只看该作者 Only view this author
751960653 发表于 2024-8-24 10:31
成功找到过渡态后,提高计算级别重算应该用哪个结构作为输入文件?
大家好,我构建了初猜结构(A),并在B ...

基于6-31G*得到的确认无误的过渡态结构,用def-TZVP进一步优化
6-31G**和6-31G*在优化结构方面精度和耗时相差甚微,从6-31G*提升到6-31G**一点意思都没有
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-25 01:39:08 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-8-24 19:59
请问老师,如果一个体系有过渡金属,那么判断其自旋多重度需要根据配位数来判断吗?例如我现在研究的体系是 ...

直接对比不同自旋态能量就完了,最严格
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发表于 Post on 2024-8-25 11:35:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-24 06:13
根本不存在opt=gd3bj关键词

不好意思sob老师,应该是em=gd3bj

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发表于 Post on 2024-8-25 16:51:16 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问用CASSCF做具有双激发特征的分子的激发过程分析时,得到的“双自由基特征,y=2*c2^2”,仅在组态分析层面,是否可以等价理解为,双激发组分占比?

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发表于 Post on 2024-8-25 18:51:50 | 只看该作者 Only view this author
请问如何衡量取代基的推拉电子效应大小?

偶极矩的变化、MPI的变化都和实验符合得不好。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-26 03:06:33 | 只看该作者 Only view this author
shalene 发表于 2024-8-25 18:51
请问如何衡量取代基的推拉电子效应大小?

偶极矩的变化、MPI的变化都和实验符合得不好。

基团的片段电荷
论坛里之前我回复过N次类似问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-26 03:08:49 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-8-25 16:51
各位老师好,请问用CASSCF做具有双激发特征的分子的激发过程分析时,得到的“双自由基特征,y=2*c2^2”,仅 ...

看不懂你的意思
对某激发态的所有双激发组态函数的系数求平方和乘以100%就可以得到其双激发特征百分比

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cokie + 3 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-8-26 19:48:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Yi丢丢 于 2024-8-26 20:39 编辑

老师好,现在我搭建了一个几何模型,想要进行优化,但是优化的时候一步都没有跑出来就显示scf不收敛,想问一下是否是因为这个模型一开始就搭建得不合理呢?是否还有必要继续尝试解决scf不收敛的问题呢?以下是我的输入和输出文件。

Rh-yd-carb-TS-4-quan-m06l.gjf

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Rh-yd-carb-TS-4-quan-m06l.log

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发表于 Post on 2024-8-26 22:01:36 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在做一个罗丹明阴离子的垂直激发计算,罗丹明阴离子上有碘重原子,所以优化的时候我选用了6-31+G**/SDD的基组组合,SDD作用在I上。
那么在做含碘的罗丹明阴离子垂直激发时(只考虑较低的几个激发态,nstates=10以内),关于基组的选择,请问是否必须加弥散函数呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-27 05:03:07 | 只看该作者 Only view this author
Yi丢丢 发表于 2024-8-26 19:48
老师好,现在我搭建了一个几何模型,想要进行优化,但是优化的时候一步都没有跑出来就显示scf不收敛,想问 ...

把含硼的分子去掉。倘若你真要研究分子间相互作用,用M06L这样考虑色散作用烂的方法显然也不行,而且两个分子之间距离还太近
N2的位置也很奇怪
并且确保自旋多重度和净电荷设置得当

M06L也不是什么好选择



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-27 05:06:21 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-8-26 22:01
各位老师好,我在做一个罗丹明阴离子的垂直激发计算,罗丹明阴离子上有碘重原子,所以优化的时候我选用了6- ...

甭给I用SDD,连极化函数都没有,太烂,起码用lanl08(d)或def2-SVP,下文说了
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

至少给带显著负电荷的部分的原子带弥散函数(如果这部分原子不牵扯到电子激发倒也无所谓),比如ADCH原子电荷比-0.5更负的原子
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