简单量子化学问题答疑专帖

Dempey

输入文件里写“geom=connectivity”在坐标后面需要提供键连信息，把这个关键词删去就好了

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把geom=connectivity删除即可。使用geom=connectivity，软件会从gjf末尾读取连接关系，所以连接关系不能删，否则必报错。但是你删除了，所以报错。连接关系不会影响计算，一般我都是删了的。

shataq

谢谢大佬们，明白了，后面的连接关系我是看视频说删去就删了，忽略了前面的关键词

wxyhgk

看这个 一般的 DFT 的 Gaussian 计算流程图，L101 错误一般就是关键词错误

NEW12138

gaussian16 linux版本，Ubuntu 22.04.2
运行Gaussian显示illegal instruction (core dumped)，搜索发现可能是CPU版本太老，但是工作站所用CPU为i7-13700K，并且支持相关指令集。而且显示illegal instruction (core dumped)的现象只发生在这一个分子上面，分子的结构式如下图：

所以不知道问题出在哪里，求助各位老师们

下面是我写的：
%nprocshared=12
%mem=32GB
%chk=IDT9F.chk
#p opt freq m062x/6-311g(d,p)

这是输出的log文件最后部分的内容，最后一次循环就直接结束了：
Cycle  12  Pass 1  IDiag  1:
RMSU=  5.76D-08    CP:  9.95D-01  1.03D+00  8.49D-01  1.05D+00  1.15D+00
                    CP:  1.19D+00
E= -3641.55141178060     Delta-E=       -0.000000004877 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 1.07D-06 at cycle   7 NSaved=   7.
NSaved= 7 IEnMin= 7 EnMin= -3641.55141178060     IErMin= 7 ErrMin= 1.07D-06
ErrMax= 1.07D-06  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 5.94D-10 BMatP= 1.84D-09
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com:  0.491D-03-0.187D-01-0.150D-01-0.956D-01-0.886D-01 0.405D+00
Coeff-Com:  0.813D+00
Coeff:      0.491D-03-0.187D-01-0.150D-01-0.956D-01-0.886D-01 0.405D+00
Coeff:      0.813D+00
Gap=     0.171 Goal=   None    Shift=    0.000
RMSDP=4.96D-08 MaxDP=7.07D-06 DE=-4.88D-09 OVMax= 4.80D-05

Cycle  13  Pass 1  IDiag  1:
RMSU=  2.81D-08    CP:  9.95D-01  1.03D+00  8.48D-01  1.04D+00  1.22D+00
                    CP:  1.50D+00  9.51D-01
E= -3641.55141178219     Delta-E=       -0.000000001593 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 2.77D-07 at cycle   8 NSaved=   8.
NSaved= 8 IEnMin= 8 EnMin= -3641.55141178219     IErMin= 8 ErrMin= 2.77D-07
ErrMax= 2.77D-07  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 1.15D-10 BMatP= 5.94D-10
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com: -0.125D-03 0.680D-02 0.174D-02-0.568D-01-0.130D+00 0.791D-01
Coeff-Com:  0.443D+00 0.657D+00
Coeff:     -0.125D-03 0.680D-02 0.174D-02-0.568D-01-0.130D+00 0.791D-01
Coeff:      0.443D+00 0.657D+00
Gap=     0.171 Goal=   None    Shift=    0.000
RMSDP=1.79D-08 MaxDP=2.07D-06 DE=-1.59D-09 OVMax= 1.48D-05

Cycle  14  Pass 1  IDiag  1:
RMSU=  1.00D-08    CP:  9.95D-01  1.03D+00  8.46D-01  1.04D+00  1.25D+00
                    CP:  1.57D+00  1.12D+00  9.84D-01

wxyhgk

试试这个命令

1. export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge

复制代码

然后运行看看

sobereva

NEW12138 发表于 2024-9-28 22:00
gaussian16 linux版本，Ubuntu 22.04.2
运行Gaussian显示illegal instruction (core dumped)，搜索发现可 ...

仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

xionglvnan

各位老师好，我想算二氧化铀和我自己材料的结合能，我看有些文献，有些材料是和二氧化铀之间算结合能用实线键连接的，而有一些是用虚线键连接，我想问问材料与二氧化铀之间算结合能应该用实线键还是虚线键？多谢！

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xionglvnan 发表于 2024-9-29 11:13
各位老师好，我想算二氧化铀和我自己材料的结合能，我看有些文献，有些材料是和二氧化铀之间算结合能用实线 ...

实线和虚线有那么重要吗? 图里的实线和虚线只是一种可视化手段,方便读者理解. 完全可以借助软件修改键的显示样式,重要的是键长
关于成键的规则可以看社长的这篇http://sobereva.com/414
上面的图感觉是gview画的,下面的像是VMD 在VMD中,要显示双键三键还有虚线成键很麻烦,所以他图里是给出了长度作为参考.

xionglvnan

Loading0760 发表于 2024-9-29 11:24
实线和虚线有那么重要吗? 图里的实线和虚线只是一种可视化手段,方便读者理解. 完全可以借助软件修改键的 ...

老师你好，我想请问一下比如我材料结构吸附二氧化铀，首先得在小基组进行结构优化和振动分析，然后在大基组进行单点能计算，我想问的是，我的材料与二氧化铀进行上述操作的时候需要将二氧化铀用键和我材料的官能团相连吗？还是说将二氧化铀放在我材料官能团旁边，无需用键将两者连接起来？

Loading0760

xionglvnan 发表于 2024-9-29 15:50
老师你好，我想请问一下比如我材料结构吸附二氧化铀，首先得在小基组进行结构优化和振动分析，然后在大基 ...

不管用不用键将两者连接起, 你体系的原子的坐标是不是不变, 如果不变, 那你连不连都没问题, 像高斯计算的时候, 输入的gjf文件,一般只保留了几何坐标, 连接性(也就是成键信息)都是可以删除, 且不影响结果.

xionglvnan

Loading0760 发表于 2024-9-29 16:15
不管用不用键将两者连接起, 你体系的原子的坐标是不是不变, 如果不变, 那你连不连都没问题, 像高斯计算的 ...

好的，我悟了，多谢老师指点！

NEW12138

sobereva 发表于 2024-9-28 23:17
仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thre ...

好的，谢谢sob老师，我仔细看看

NEW12138

wxyhgk 发表于 2024-9-28 23:12
试试这个命令

好嘞，在sob老师写的文章里也看到了，谢谢

yjk369983454

卢老师你好，我打算用通过gentor、Gaussian、molclus做构象搜索，现在在看《gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具》这篇帖子，这篇帖子里提到了用MOPAC做初步的构象搜索，我之前没有接触过MOPAC，文章里提到确认模板文件是否是PM7水平进行优化，请问在哪能找到这个歌模板文件呢？