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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-9-29 23:15:08 | 只看该作者 Only view this author
shataq 发表于 2024-9-27 14:28
想利用gaussian对一个药物分子做结构优化处理,但出现L101问题,自己去查找后没有找到具体原因,求助各位大 ...

这是因为你写了geom=connectivity,删掉输入文件里面的这个参数再运行一下就可以了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-30 01:43:57 | 只看该作者 Only view this author
yjk369983454 发表于 2024-9-29 23:14
卢老师你好,我打算用通过gentor、Gaussian、molclus做构象搜索,现在在看《gentor:扫描方式做分子构象搜 ...

先把这个帖子看了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
里面说了MOPAC的模板文件template.mop
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2024-9-30 08:13:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-30 01:43
先把这个帖子看了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1 ...

okk,看到了,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-10-1 17:54:23 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我道听途说 B3LYP对几何优化比较好,老师有这方面的参考文献吗?

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发表于 Post on 2024-10-1 23:33:25 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2024-10-1 10:54
sob老师您好,我道听途说 B3LYP对几何优化比较好,老师有这方面的参考文献吗?

你这个范围太宽泛了,B3LYP只能说对足够常见的有机分子的几何优化比较好,但凡来个大共轭离域自由基,或者过渡金属,就很难讲了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-1 23:41:51 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2024-10-1 17:54
sob老师您好,我道听途说 B3LYP对几何优化比较好,老师有这方面的参考文献吗?

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
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发表于 Post on 2024-10-3 16:32:34 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,我现在在安装MOPAC时,按照您在262帖子《MOPAC的安装方法》中按照Windows安装方法直接安装后,MOPAC安装路径为C:\Program Files\MOPAC,但该路径下无MOPAC.exe文件,反而在C:\Program Files\MOPAC\bin路径中找到了mopac.exe、mopac-bz.exe等数个应用程序文件,使用molclus调用MOPAC时isomers.xyz中未见任何计算结果,请问这怎么解决?我下载的是Latest open-source release (openmopac@gmail.com for support):中的Download MOPAC for Windows (click "more info" and "run anyway" to satisfy Defender)文件

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发表于 Post on 2024-10-3 22:41:54 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,有一个关于“optDFTw”程序使用的问题想要请教。
我选用LC-wPBE / 6-311+G*组合对w进行优化,目前已经20轮,输出文件从第五轮开始,J^2就已经稳定在0.000355±0.000001,同时w一直在0.209~0.215之间“震荡”。我的收敛限对J^2的设置是默认的0.0001,所以计算还在继续。

请问针对这种情况:
1. 我是否无需继续等待,J^2 = 0.000355的收敛限已经足够用(比如我选择一个w = 0.213989来算激发能, J^2 = 0.0003552108)?
2. 我在写文章进行描述时,我该如何讲述我因何选择当前的w值呢(比如说,我采用optDFTw程序对LC-wPBE泛函的w值进行了优化,最终J^2收敛至0.000355±0.000001,因此本文中选择了J^2值最小时对应的w值这样可以吗?)?

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发表于 Post on 2024-10-3 22:50:52 | 只看该作者 Only view this author
yjk369983454 发表于 2024-10-3 16:32
Sob老师您好,我现在在安装MOPAC时,按照您在262帖子《MOPAC的安装方法》中按照Windows安装方法直接安装后 ...

无论是环境变量,还是用比如molclus等程序调用mopac,都要写mopac.exe这个主程序所在的路径。既然在C:\Program Files\MOPAC\bin,那肯定要写这条路径。

另外建议你环境变量调用的程序尽量不要有中文字符和空格,你在修改molclus中settings.ini文件中的路径时,因为有引号,所以这种调用不会出错,但是保不齐其他程序调用时会出错。

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发表于 Post on 2024-10-3 23:36:17 | 只看该作者 Only view this author

请问高斯优化一直不结束是什么原因

本帖最后由 JIYUNHEOU 于 2024-10-3 23:40 编辑

高斯优化时输出文件内容一直停止不继续,也不结束,是什么原因?

微信截图_20241003233058.png (564.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

微信截图_20241003233058.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-4 00:31:55 | 只看该作者 Only view this author
yjk369983454 发表于 2024-10-3 16:32
Sob老师您好,我现在在安装MOPAC时,按照您在262帖子《MOPAC的安装方法》中按照Windows安装方法直接安装后 ...

实际在哪就写哪,和MOPAC版本有关
诸如此类简单问题结合提示解决
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-4 01:04:29 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-10-3 22:41
各位老师好,有一个关于“optDFTw”程序使用的问题想要请教。
我选用LC-wPBE / 6-311+G*组合对w进行优化, ...

收敛限设的是w,而非J^2
当前勉强凑合。也可以用scanDFTw做J^2随w的扫描,然后做曲线拟合,然后取极小点的w
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-4 01:05:25 | 只看该作者 Only view this author
JIYUNHEOU 发表于 2024-10-3 23:36
高斯优化时输出文件内容一直停止不继续,也不结束,是什么原因?

如果确信任务还在跑,等着就完了,纯粹是算得太慢
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发表于 Post on 2024-10-6 00:49:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 2877321934 于 2024-10-6 00:52 编辑

请问老师,计算一种物质如何将另一种物质从表面上脱吸附出来的过程,可以通过Multiwfn分析弱相互作用类型确定吸附机理吗?比如离子交换吸附,静电排斥,配体交换等
放下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-6 01:33:24 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-10-6 00:49
请问老师,计算一种物质如何将另一种物质从表面上脱吸附出来的过程,可以通过Multiwfn分析弱相互作用类型确 ...

只能说可能
得结合具体体系,有些东西本来就是应当从轨迹上基于几何结构分析的(涉及到自己写轨迹分析脚本,可以利用VMD的tcl)
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