简单量子化学问题答疑专帖

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-30 01:43:57

yjk369983454 发表于 2024-9-29 23:14
卢老师你好，我打算用通过gentor、Gaussian、molclus做构象搜索，现在在看《gentor：扫描方式做分子构象搜 ...

先把这个帖子看了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
里面说了MOPAC的模板文件template.mop

yjk369983454 · 发表于 Post on 2024-9-30 08:13:50

sobereva 发表于 2024-9-30 01:43
先把这个帖子看了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1 ...

okk，看到了，谢谢老师

498746012 · 发表于 Post on 2024-10-1 17:54:23

sob老师您好，我道听途说 B3LYP对几何优化比较好，老师有这方面的参考文献吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-10-1 23:33:25

498746012 发表于 2024-10-1 10:54
sob老师您好，我道听途说 B3LYP对几何优化比较好，老师有这方面的参考文献吗？

你这个范围太宽泛了，B3LYP只能说对足够常见的有机分子的几何优化比较好，但凡来个大共轭离域自由基，或者过渡金属，就很难讲了

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-1 23:41:51

498746012 发表于 2024-10-1 17:54
sob老师您好，我道听途说 B3LYP对几何优化比较好，老师有这方面的参考文献吗？

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

yjk369983454 · 发表于 Post on 2024-10-3 16:32:34

Sob老师您好，我现在在安装MOPAC时，按照您在262帖子《MOPAC的安装方法》中按照Windows安装方法直接安装后，MOPAC安装路径为C:\Program Files\MOPAC，但该路径下无MOPAC.exe文件，反而在C:\Program Files\MOPAC\bin路径中找到了mopac.exe、mopac-bz.exe等数个应用程序文件，使用molclus调用MOPAC时isomers.xyz中未见任何计算结果，请问这怎么解决？我下载的是Latest open-source release (openmopac@gmail.com for support):中的Download MOPAC for Windows (click "more info" and "run anyway" to satisfy Defender)文件

cokie · 发表于 Post on 2024-10-3 22:41:54

各位老师好，有一个关于“optDFTw”程序使用的问题想要请教。
我选用LC-wPBE / 6-311+G*组合对w进行优化，目前已经20轮，输出文件从第五轮开始，J^2就已经稳定在0.000355±0.000001，同时w一直在0.209~0.215之间“震荡”。我的收敛限对J^2的设置是默认的0.0001，所以计算还在继续。

请问针对这种情况：
1. 我是否无需继续等待，J^2 = 0.000355的收敛限已经足够用（比如我选择一个w = 0.213989来算激发能, J^2 = 0.0003552108）？
2. 我在写文章进行描述时，我该如何讲述我因何选择当前的w值呢（比如说，我采用optDFTw程序对LC-wPBE泛函的w值进行了优化，最终J^2收敛至0.000355±0.000001，因此本文中选择了J^2值最小时对应的w值这样可以吗？）？

cokie · 发表于 Post on 2024-10-3 22:50:52

yjk369983454 发表于 2024-10-3 16:32
Sob老师您好，我现在在安装MOPAC时，按照您在262帖子《MOPAC的安装方法》中按照Windows安装方法直接安装后 ...

无论是环境变量，还是用比如molclus等程序调用mopac，都要写mopac.exe这个主程序所在的路径。既然在C:\Program Files\MOPAC\bin，那肯定要写这条路径。

另外建议你环境变量调用的程序尽量不要有中文字符和空格，你在修改molclus中settings.ini文件中的路径时，因为有引号，所以这种调用不会出错，但是保不齐其他程序调用时会出错。

JIYUNHEOU · 发表于 Post on 2024-10-3 23:36:17

本帖最后由 JIYUNHEOU 于 2024-10-3 23:40 编辑

高斯优化时输出文件内容一直停止不继续，也不结束，是什么原因？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-4 00:31:55

yjk369983454 发表于 2024-10-3 16:32
Sob老师您好，我现在在安装MOPAC时，按照您在262帖子《MOPAC的安装方法》中按照Windows安装方法直接安装后 ...

实际在哪就写哪，和MOPAC版本有关
诸如此类简单问题结合提示解决

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-4 01:04:29

cokie 发表于 2024-10-3 22:41
各位老师好，有一个关于“optDFTw”程序使用的问题想要请教。
我选用LC-wPBE / 6-311+G*组合对w进行优化， ...

收敛限设的是w，而非J^2
当前勉强凑合。也可以用scanDFTw做J^2随w的扫描，然后做曲线拟合，然后取极小点的w

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-4 01:05:25

JIYUNHEOU 发表于 2024-10-3 23:36
高斯优化时输出文件内容一直停止不继续，也不结束，是什么原因？

如果确信任务还在跑，等着就完了，纯粹是算得太慢

2877321934 · 发表于 Post on 2024-10-6 00:49:59

本帖最后由 2877321934 于 2024-10-6 00:52 编辑

请问老师，计算一种物质如何将另一种物质从表面上脱吸附出来的过程，可以通过Multiwfn分析弱相互作用类型确定吸附机理吗？比如离子交换吸附，静电排斥，配体交换等

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-6 01:33:24

2877321934 发表于 2024-10-6 00:49
请问老师，计算一种物质如何将另一种物质从表面上脱吸附出来的过程，可以通过Multiwfn分析弱相互作用类型确 ...

只能说可能
得结合具体体系，有些东西本来就是应当从轨迹上基于几何结构分析的（涉及到自己写轨迹分析脚本，可以利用VMD的tcl）

2877321934 · 发表于 Post on 2024-10-6 02:19:49

sobereva 发表于 2024-10-6 01:33
只能说可能
得结合具体体系，有些东西本来就是应当从轨迹上基于几何结构分析的（涉及到自己写轨迹分析脚 ...

好的，谢谢老师

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

请问高斯优化一直不结束是什么原因